Затянувшаяся осада Кром дала Самозванцу возможность вполне оправиться от своего поражения под Добрыничами и выжидать благоприятного момента.

Пребывая в хорошо укрепленном Путивле, он деятельно занимался набором и устроением своего войска. Поляки после поражения снова хотели его покинуть и уже двинулись на родину; но некоторые польские его клевреты отправились за ними и упросили их большею частью воротиться. Из них было опять сформировано несколько хоругвей. В то же время, по совету некоторых русских изменников, Лжедимитрий с особым усердием занимался рассылкою своих грамот или манифестов, в которых снова рассказывал басню о своем спасении в Угличе и убеждал народ, особенно ратных людей, служить ему как своему законному государю. Грамоты сии не остались без последствий: передавшиеся украинские города пребыли ему верны, а некоторые вновь перешли на его сторону, так что в его руках находилось до 18 городов. Из них многие ратные люди откликнулись на призыв и собрались под его знаменами. Между прочим, из Цареборисова пришло 500 стрельцов в своих красных кафтанах. Прибыли также новые дружины донцов и терских казаков или собственных пятигорцев. Для вящего убеждения русских людей в том, что Борис ложно назвал его расстригою Гришкою Отрепьевым, Самозванец призвал в Путивль настоящего Григория Отрепьева и показывал его народу.

С своей стороны Годунов продолжал бороться против Самозванца грамотами и тайными кознями. Так в Путивль явились три монаха, которые имели при себе увещательные к народу и духовенству письма от царя и патриарха. Царь требовал, чтобы путивляне взяли обманщика живым или мертвым и отправили в Москву, если хотят заслужить прощение; а патриарх предавал проклятию ослушников и изменников. Но монахи были схвачены, представлены Лжедимитрию и подвергнуты пытке. Один из них не выдержал мучений и, если верить иноземному свидетельству, открыл, что в сапоге его товарища спрятан страшный яд и что двое из русских знатных людей, окружавших названого Димитрия, уже вошли в заговор о его отравлении. Эти двое заговорщиков будто бы потом сами сознались в своем умысле и были выданы гражданам Путивля, которые, привязав их к столбу, расстреляли из луков и пищалей. Сознавшийся монах помилован, а товарищи его брошены в тюрьму.

В Путивле Лжедимитрий, при всех военных заботах и занятиях, имел много праздного времени, которое он задумал употребить с пользою. Когда он выступал в поход из Самбора, то просил иезуитского провинциала в Польше и Литве дать ему двух патеров для совершения церковных треб в польском отделе его ополчения. Тот отрядил из ближней к Самбору Ярославской коллегии иезуитов Николая Чировского и Андрея Лавицкого, которые во время похода ревностно отправляли католическое богослужение в особой палатке и исполняли разные требы при войске. И вот в Путивле весною 1605 года Лжедимитрий вдруг призывает обоих патеров и, в присутствии трех русских бояр, высказывает свое горячее желание заняться с ними школьным учением. По его словам, наилучшее достоинство государя составляют две вещи: знание военного искусства и основательное знакомство с науками. Иезуиты возражали, указывая на неудобное время и на ожидавшие его трудности при изучении основных элементов древнего языка. Самозванец настаивал и назначил следующий день для начала. Патеры явились в условленный час; причем Лавицкий держал том Квинтильяна, который успел достать у какого-то польского воина. Самозванец взял книгу и, повертев ее в руках, просил что-нибудь прочесть, перевесть и объяснить. Ему отвечали, что так вдруг нельзя, а надобно сначала заняться предварительным учением. Решили, что Чировский каждое утро будет преподавать ему один час философию, а Лавицкий столько же времени будет учить его после обеда риторике. И Лжедимитрий целых три дня усердно предавался сим занятиям, в присутствии некоторых русских и поляков из своей свиты; причем удивлял своих учителей острою памятью и быстрым пониманием. Но затем, очевидно, у него не хватило терпения. Под предлогом каких-то возникших по сему поводу и невыгодных для него толков, он отложил учебные занятия до другого времени и потом более к ним не возвращался. Вместо сих занятий, он нередко беседовал с иезуитами о том, как, воцарясь в Москве, немедленно начнет заводить школы, коллегии и академии, в которых наставники, конечно, будут набираться по преимуществу из них же, т. е. иезуитов. А между тем Самозванец пользовался их услугами для сочинения латинских писем, которые посылал нунцию Рангони и кардиналу-епископу Мацеевскому. Пример его, однако, не остался без подражателей: если верить тем же патерам, некоторые из русских приходили к ним и просили научить их читать и писать по-латыни; в числе таких желающих учиться был и один русский священник.

Вынужденное бездействие и выжидательная роль начали уже тяготить Самозванца и окружавших его, как вдруг в Путивле получено было известие о внезапной кончине Бориса Годунова. После того события пошли ускоренным ходом.

Несмотря на свои нестарые годы, Борис уже страдал разными недугами; по некоторым известиям у него была сильная подагра, а по другим и водяная. Тяжелые заботы и огорчения, испытанные после появления Самозванца, окончательно подорвали его здоровье. Вопреки неограниченной власти и могуществу, он видел свое бессилие справиться с этим страшным призраком, видел постоянные крамолы, неохоту воевод сражаться за него и даже прямую измену. Недостойное поведение их под Кромами и новое усиление Самозванца, без сомнения, терзали его душу и не давали ему покою, хотя наружно он старался сохранять вид бодрости и спокойствия. 13 апреля, после торжественного приема иноземных послов (датских), Борис угощал их в Золотой палате; но едва встал из-за стола, как у него открылось сильнейшее кровотечение из носу, рта и ушей. Тщетно врачи пытались остановить кровь. Через два часа он скончался, едва успев постричься в иноки с именем Боголепа. Такая внезапная кончина, естественно, не осталась без разных толков и догадок; прошел слух, повторенный и некоторыми иностранцами, будто Годунов принял яду — слух по всем признакам недостоверный.

Борис умер 53 лет от роду, после царствования, продолжавшегося с небольшим семь лет. Хотя сам он, как говорят, будто бы не умел ни читать, ни писать, тем не менее оказывал большое уважение к образованию вообще и особенно заботился о книжном учении своего сына Феодора. Для себя лично недостаток грамотности он восполнял своею опытностию, огромною памятью и другими умственными дарованиями. Но печальные, смущавшие его обстоятельства царствования не дозволили ему вполне развернуть свои выдающиеся правительственные способности. А подозрительность и доступность злым наветам своей жены и родственника Семена Годунова сделали из него тирана и лишили его народного расположения. Поэтому кончина его была встречена в Москве с явным равнодушием. На следующий день его погребли в Архангельском соборе; а народ начали приводить к присяге на верность новому царю, шестнадцати летнему Федору Борисовичу, вместе с его матерью Марьей Григорьевной и сестрой Ксенией Борисовной. Разослали гонцов по городам с присяжными листами, по которым служилые люди, между прочим, давали клятву никого иного не хотеть на государство Московское, ни Симеона Бекбулатовича, ни того вора, который называет себя князем Димитрием Углицким.

Новый государь Федор Борисович вместе с цветущей, красивой наружностию, по словам современников, соединял и ум, и доброе сердце, и значительные книжные сведения; но, при крайней молодости и неопытности, ему недоставало главного: мужества и энергии. Тщательно воспитывая сына, Борис совсем упустил из виду обстоятельства времени. В спокойную эпоху, при упроченном престолонаследии, из юного Феодора мог выйти хороший правитель, подающий подданным пример добрых семейных нравов; но теперь более всего требовались решительность и воинская отвага. Вместо того, чтобы сесть на коня и, окружив себя опытными воеводами, явиться во главе царской рати, Федор Борисович неподвижно оставался в кремлевских палатах, продолжая оказывать сыновнее повиновение своей матери. Марья Григорьевна и сделалась собственно правительницею государства, не имея к тому никаких способностей и пользуясь недоброю славою в народе. Вместо энергичных мер новое правительство занималось исполнением старых обычаев; например, раздавало щедрую милостыню на помин о царе Борисе и заставляло служить панихиды во всех монастырях; а относительно борьбы со Лжедимитрием семья Годуновых всю надежду свою возложила на одного человека: на Петра Басманова. Его наконец отправили начальствовать войском, осаждавшим Кромы, взяв с него клятву, что он будет служить Феодору так же верно, как служил его отцу. Однако и в этом случае поступили согласно старому обычаю: чтобы не нарушать местнических счетов, Басманов назначен был собственно товарищем воеводы большого полку; а титул этого воеводы дан князю Михаилу Петровичу Катыреву-Ростовскому, человеку знатному родом, но незначительному по способностям и характеру. Ф.И. Мстиславский и оба брата Шуйские отозваны в Москву, под предлогом занять первые места в Боярской думе, чтобы помогать юному государю своими советами.