Сочинены были две грамоты, искусно подделанные под руку Ляпунова: в одной он будто бы приказывал по всем городам хватать казаков и предавать казни, а в другой будто предлагал полякам предать казаков в их руки. При обмене какого-то пленного казака Гонсевский велел сообщить эти грамоты атаману Заварзину. Разумеется, тот показал их товарищам. Произошло большое волнение: казаки собрали круг и послали звать Ляпунова. Он сначала отказывался; но некоторые дворяне сами уговорили его пойти в круг, уверяя, что ему легко будет оправдаться и что казаки ничего ему не сделают. Ляпунов наконец согласился и пошел, сопровождаемый кучкою дворян и детей боярских. Когда ему показали грамоты, он сказал, что рука похожа на его руку, но писал не он. Тут поднялся большой шум; клевреты Заруцкого с криком изменник бросились на Ляпунова и изрубили его саблями. Из дворян только Иван Ржевский, хотя недруг Прокопия, пытался защитить его и тоже был изрублен.

Так погиб этот замечательный деятель Смутного времени, «бодренный воевода» и «властель Московского воинства», по выражению летописцев. К сожалению, несомненная храбрость и талантливость соединялись у него с недостатком осмотрительности и рассудительности. Одушевленный главною идеей очистить Россию от поляков, он не затруднился заключать сомнительные союзы: готов был призвать опять шведов, думал даже воспользоваться Сапегою, а, главное, слишком неосторожно то враждовал, то дружил с такою ненадежною силою, каково тогда было казачество, да еще во главе со столь злонравною личностью как Иван Заруцкий. Впрочем, в сем отношении нельзя осуждать Ляпунова: казачество все-таки считалось служилым сословием, и, если оно более других классов обнаружило наклонности к своеволию и воровскому образу действия, то существовало и могучее звено, связывавшее его с земством, именно православие и русская народность казачества; а борьба велась тогда главным образом под знаменем православия. Но, по-видимому, в самом служилом сословии дворян и детей боярских еще была какая-то шатость или крамола в отношении Ляпунова; иначе трудно объяснить, почему он принужден был пойти почти на явную смерть и почему земское ополчение так мало оказало ему защиты. Без сомнения, своею гордостию и повелительным тоном он вооружил против себя даже многих товарищей. Будучи только думным дворянином Ляпунов, по словам летописца, «вознесся не по своей мере»: он высокомерно обращался не только с боярскими детьми, но и с самими боярами; приходившие к нему на поклон прежде, нежели допускались в его избу, многое время стояли перед нею. Он был слишком горяч, невоздержан на язык и легко разражался крупною бранью, не обращая внимания на заслуги и знатную породу. Во всяком случае, его недостатки не могут в глазах истории затмить его славу как даровитого, энергичного вождя и ревностного патриота, положившего свой живот на службе погибавшему отечеству.

По смерти Ляпунова Заруцкий, наружно как бы не принимавший участия в его гибели, сделался действительным главою русского ополчения, стоявшего под Москвою. Хотя правительственные грамоты писались теперь от лица двоих, т. е. его и Трубецкого; но последний по слабости характера обыкновенно подчинялся Заруцкому. Чтобы утвердить за собою это верховенство, он воспользовался новым подкреплением, пришедшим из Казани и низовых областей и принесшим с собою образ Казанской Божией Матери (собственно, список с нее), и взял приступом Новодевичий монастырь. Засевшие там поляки и немцы были большею частию изрублены; а старицы отправлены во владимирские монастыри. Но тем и ограничились успехи русского ополчения. Смерть Ляпунова все-таки произвела в нем большое расстройство. Казаки сделались еще необузданнее в своих грабежах и насилиях; а осиротелые дворяне и дети боярские, поступившие теперь под главное начальство Заруцкого, упали духом, подверглись обидам, побоям и даже убийствам от казачества, и многие из них разъехались по домам. Впрочем, нашлись и такие, которые «купили» себе у Заруцкого разные прибыльные места, например, областных воевод или заведующих приказами, и уехали в города.

Вообще наступившее под Москвою исключительное господство казацкого ополчения ознаменовалось насилиями и жестокостями этой необузданной вольницы, не разбиравшей ни своих, ни чужих, ни пола, ни возраста, ни состояния. Вот какими чертами изображает ее неистовства грамота сидевшего в Москве временного боярского правительства, отправленная (в январе 1612 года) в некоторые северные города с увещанием оставаться верными королевичу Владиславу. «Беспрестанно ездя по городам из подмосковных таборов, казаки грабят, разбивают и невинную кровь христианскую проливают; боярынь и простых жен и девиц насилуют, церкви Божии разоряют, святые иконы обдирают и ругаются над ними так, что и писать о том страшно. А когда Ивашка Заруцкий с товарищами взяли Новодевичий монастырь, они также разорили церковь и ободрали образа, и таких черниц, как бывшую королеву (Ливонскую) дочь Владимира Андреевича и Ольгу, дочь царя Бориса, на которых прежде и глядеть не смели, ограбили до нага, а иных бедных черниц грабили и насиловали; а как пошли из монастыря, то его выжгли. Они считаются христианами, а сами хуже жидов». При сем боярское правительство, впрочем, с явным пристрастием, уверяет, будто польские и литовские люди, хотя и чужеземцы, но жалеют жителей и скорбят об их разорении.

В начале августа, после месячного отсутствия, воротился под Москву Ян Сапега с большим обозом собранных им припасов. Прибытие его немедля поправило дела поляков: они опять овладели частью укреплений Белого города; разорили острожки, поставленные русскими в Замоскворечье, и восстановили свои сообщения по Можайской дороге. Но вскоре после своего прибытия Сапега занемог, и через две недели умер. Тело его отвезли на родину. Столь неожиданно и в цвете лет, подобно Рожинскому, окончил свою хищническую деятельность и этот польско-русский кондотьер Смутного времени. В погоне за славою и добычею он расстроил и обременил долгами собственные имения и почти в бедности оставил свою жену и детей. Войско его, отступив в окрестные села, занялось набегами и грабежами и тревожило наше ополчение с тыла.

По смерти Сапеги дело поляков снова ухудшилось. Русские калеными ядрами зажгли Китай-город, так что внутри он выгорел дотла, и гарнизон его должен был перебраться в Кремль; отчего там произошла великая теснота. Съестные припасы истощились, и вновь начался голод. В октябре на помощь полякам пришел давно ожидаемый ими литовский гетман Ходкевич, но всего с 2000 человек; так что освободить гарнизон от осады он не мог; а после нескольких стычек отошел на зимнее время в село Рогачово (Дмитров, уезда), и занялся преимущественно снабжением гарнизона съестными припасами, за которыми приходилось посылать отряды в дальние места. Но около того времени со стороны русского населения начался род партизанской или народной войны. Разоренное и озлобленное крестьянство, которое не могло защищаться в своих открытых селах, стало собираться в шайки, вооруженные чем попало, и выбирало себе предводителей. Эти партизаны, получившие общее название шишей, укрывались в лесах и дебрях, оттуда высматривали и выслеживали неприятелей, неожиданно нападали на них, били, отнимали у них собственное или в других местах награбленное имущество, а иногда совершенно истребляли. Наступившая зима благоприятствовала их действиям. Между тем как польская конница затруднена была глубокими снегами, шиши пользовались лыжами для быстрых нападений, а в случае неудачи для бегства. Они особенно сделались опасны неприятельским отрядам, ходившим за съестными припасами; а потому доставка сих последних все более и более затруднялась.

Гетман Ходкевич, то уходивший, то возвращавшийся к Москве, кроме недостатка людей и припасов должен был еще бороться с неповиновением полковников и ротмистров, которые устраивали конфедерации, требовали уплаты жалованья и подкреплений или смены своей другими войсками; в противном случае грозили покинуть столицу и уйти в отечество. Кое-как гетману удалось убедить одних обещаниями, других дорогими вещами из царской казны, которые московские бояре согласились дать пока в залог, обязуясь их выкупить, когда приедет и сядет на царство королевич Владислав. Летом 1612 года Ходкевич опять приехал на короткое время и устроил оборону столицы. Он принужден был отпустить большую часть ее гарнизона; а с оставшеюся частию водворил в Кремле вновь принятых на королевскую службу многих сапежинцев (именно полк Будила) и, кроме того, полк хельминского старосты Струся. Начальник гарнизона Гонсевский, вероятно предвидя плохой исход польского дела, в июле 1612 года уступил свое начальство Струсю и уехал из Москвы. Около того же времени от московской Боярской думы было снаряжено посольство к королю или собственно на сейм. Во главе сего посольства поставлены князь Юрий Никитич Трубецкой, известный боярин Мих. Глеб. Салтыков и думный дьяк Василий Янов. Таким образом два последние изменника заблаговременно ускользнули от угрожавшей им кары.