В самой Москве слухи о спасении Димитрия вызывали сильное волнение в умах черни; в то же время против Шуйского стала действовать крамола его соперников, как прежде против Годунова и Лжедимитрия. Однажды на воротах некоторых бояр, а также иностранцев появилась надпись, что царь отдает народу на разграбление дома сих изменников. Около них стала собираться буйная толпа, которую с трудом разогнали. В другой раз кто-то созвал чернь перед дворцом под предлогом, что царь хочет говорить с народом. Выходя из дворца к обедне, Шуйский увидал эту толпу, и, узнав, в чем дело, начал плакать и укорять окружавших его бояр в том, что они строят против него ковы и хотят низвести его с престола. В порыве негодования он даже снял с себя царскую шапку и вместе с посохом отдал ее близ стоявшим, восклицая: «Если я неугоден, выбирайте другого!» Однако тотчас опомнился и, взяв обратно знаки власти, сказал с горечью: «Мне уж надоели эти козни. Если почитаете меня царем, то накажите виновных». Все окружающие стали уверять его в своей преданности. Чернь опять разогнали; причем схватили пятерых крикунов, которых потом били кнутом на площади и сослали. Однако крамолы не прекратились; а волнение умов еще усилилось при появлении подметных писем, которые именем спасшегося Димитрия угрожали москвичам местью за их измену своему государю. Бояре, посланные во главе царских войск против мятежников, действовали вяло и показывали мало усердия сражаться за Шуйского. Это обстоятельство также способствовало первым успехам мятежников, как и прежде при Годунове. А именно, князья Трубецкой, Барятинский и Воротынский, отряженные еще в начале восстания и не наблюдавшие никакой связи друг с другом, потерпели полную неудачу. Первый, осадивший Кромы, был разбит Болотниковым; а Воротынский, стоявший под Ельцом, услыхав об отступлении и рассеянии полков Трубецкого, тоже отступил; его дворяне и дети боярские на пути также стали разъезжаться по домам. Эти неудачи царских воевод собственно и ускорили помянутое выше широкое распространение мятежа.

Болотников усердно рассылал всюду грамоты, в которых именем царя Димитрия обещал холопам и крестьянам вольность и разрешал им грабеж богатых людей. Поэтому чернь везде охотно к нему приставала и толпы его быстро росли; а когда с ним соединились отряды Пашкова и мятежных рязанцев, он очутился во главе многочисленной рати, которую смело повел прямо на Москву. Царские воеводы пытались загородить ему дорогу. Но только юный племянник Василия Михаил Скопин-Шуйский имел удачную стычку с отрядом мятежников на берегах Пахры; а в главной битве, у села Троицкого, московское войско под начальством князя Мстиславского потерпело решительное поражение. В октябре 1607 года Болотников расположился станом и укрепился острогом в селе Коломенском, в семи верстах от столицы, которую и начал держать в осаде. Московские власти поспешили расставить на стенах тяжелые орудия и сделали все приготовления к обороне; составили списки всем молодым людям старше 16 лет и вооружили их; послали просить помощи во все города, а московское население вновь привели к присяге на верность царю Василию. Часть войска расположилась вне стен подле Данилова монастыря в укрепленном обозе. Пытаясь возмутить жителей против Шуйского, Болотников, по своему обычаю, обратился к московской черни с подметными листами, в которых приказывал холопам побивать своих бояр, а их имение и жен брать себе, гостей и торговых людей грабить; призывал их также в свое ополчение, обещая отличившихся награждать боярством, воеводством и другими высшими званиями. Но это наглое обращение к самым низким страстям и побуждениям сильно возбудило домовитую часть населения; оно поняло, что от мятежников, в случае их успеха, никакой пощады ожидать нельзя и потому решило мужественно обороняться. Те же подметные листы подорвали сочувствие к Болотникову у многих соединившихся с ним дворян и детей боярских. Они с омерзением увидали себя в товариществе с ворами, разбойниками, беглыми холопами и воровскими казаками, которые объявляли войну не Шуйскому только, но даже таким священным началам, как общественный порядок, семья и собственность. А между тем, хотя все распоряжения шли от имени спасшегося и будто бы законного государя, Димитрий все еще не появлялся.

Первыми отложились от Болотникова Сумбулов и Ляпунов с своими рязанцами. Они ушли в столицу и били челом о прощении Василию Ивановичу. Чтобы привлечь и других мятежников, царь принял их ласково, а Ляпунова даже наградил званием думного дворянина. В то же время некоторые северные и западные области, которые остались верными царю Василию, отозвались на его призыв и прислали ему ратных людей на помощь; между прочим, пришли дружины стрельцов и даточных людей из Холмогор с Северной Двины и из Смоленска. Тогда московские власти ободрились, решили выйти в поле и всеми силами сразиться с неприятелем. Чтобы укрепить дух войска, по желанию царя, патриарх Гермоген соборне служил молебен у гробницы царевича Димитрия, освятил воду и окропил ею ратных людей; после чего взяли покров с гробницы и в торжественной процессии понесли его к Калужским воротам. Сам царь сел на коня и со скипетром в руке, окруженный воеводами, выехал в поле. Войско действительно одушевилось и храбро вступило в бой с полчищами Болотникова у деревни Котлов, 2 декабря. Несмотря на отчаянное сопротивление, мятежники были разбиты; из главных московских воевод особенно отличился здесь царский племянник Михаил Васильевич Скопин-Шуйский. Победе московитян много помогло то обстоятельство, что во время боя Истома Пашков со своим отрядом перешел на сторону Шуйского; присоединяясь к мятежникам, он надеялся играть первую роль и очень неохотно принужден был уступить ее Болотникову. Пашков и его товарищи с клятвами начали уверять москвичей, что никакого Димитрия они не видели, что их обманывали и что Димитрий, конечно, убит. Это уверение подействовало, и многие, сомневавшиеся в смерти Димитрия, укрепились в верности Василию.

Болотников заперся в своем Коломенском остроге; целые три дня царские воеводы тщетно пытались разбить его пушечными снарядами и зажечь калеными ядрами. Как при осаде Кром, казаки и холопы укрывались от падавших снарядов в землянках, а каленые ядра тушили мокрыми кожами. Наконец воеводы устроили ядра с какою-то хитростию («с некоею мудростию») и зажгли острог. Тогда мятежники покинули его и побежали; причем множество их было отчасти избито, отчасти взято в плен. С остатками своих полчищ Болотников удалился в Калугу; а часть их заперлась в Веневе и Туле. Захваченные в плен мятежники наполнили собою все московские тюрьмы, так что не было более места, куда их девать. Царские воеводы двинулись вслед за уходившими толпами. Во время их отступления часть казаков засела в деревне Заборье (под Серпуховом), окружила себя тройным рядом саней, наполненных снегом, политым водою, и отчаянно оборонялась за этим ледяным укреплением. Однако Скопин-Шуйский принудил их наконец сдаться под условием пощады. Добровольно сдавшихся Шуйский велел щадить; а взятых с оружием в руках предавал казни. Один иноземец говорит, что на Москве их ежедневно топили сотнями. Это обстоятельство заставляло мятежников оказывать самое отчаянное сопротивление; так что многие из них предпочитали взорвать себя на воздух, а не сдаваться. Отсюда междоусобие приобретало все более и более ожесточенный характер.

После поражения Болотникова некоторые отпавшие области начали возвращаться к покорности царю Василию. По обычаю своему, он спешил новыми церковными торжествами и напоминаниями о Самозванце произвести впечатление на народ и тем подкрепить свой колеблющийся престол. Во-первых, он велел тела Бориса Годунова, его жены и сына вынуть из могил у Варсонофьевского монастыря, торжественно перенести в Троицкую Лавру и там похоронить с царским великолепием. Во время погребального шествия за гробом своих родителей и брата ехала несчастная царевна-инокиня Ксения в закрытых санях, со слезами и обычными причитаниями. Во-вторых, Василий Иванович вызвал из Старицы в Москву слепого престарелого патриарха Иова. В Успенском соборе после молебна подана была ему челобитная от торговых людей и черного народа с просьбою разрешить им клятвопреступление перед Борисом и Федором Годуновыми, которым они изменили ради Самозванца. На это челобитье от имени обоих патриархов, Иова и Гермогена, читана была грамота, в которой снова повторялось сказание о убиении царевича Димитрия, воцарении Годунова, пришествии Лжедимитрия и его злодеяниях, а в заключение патриархи прощали и разрешали народу грех его клятвопреступления. Нельзя сказать, чтобы подобные торжества с участием архипастырей и всего освященного собора не действовали на умы набожных москвичей. Но они слишком мало отражались в областях, где партия мятежников или «воров» — как их тогда называли московские грамоты — в это время снова усилилась. Осада Калуги, в которой заперся Болотников, затянулась. Чтобы избавиться от опасного врага, Василий Шуйский был не прочь прибегнуть к чрезвычайной мере, несогласной с его царским достоинством. Он принял предложение лекаря-немца Фидлера отравить предводителя воровских шаек; взял с него страшную клятву, дал ему коня и 100 талеров, обещая щедрые награды в случае успеха. А Фидлер, прибыв в Калугу, все открыл Болотникову.