Что затем случилось в Сибири, об этом царь Иоанн Васильевич не узнал: в начале 1584 года он умер на 54 году жизни, оставив своим преемникам титул царя Казанского, Астраханского и Сибирского, оставив по себе и печальное прозвание Грозного.

Царь Иоанн Васильевич Грозный оставил двоих сыновей: старшего Федора от первой жены, Анастасии Романовны, и маленького Димитрия, от последней жены, Марьи Нагой. Федор был провозглашен царем, а Димитрия с матерью и родными ее, Нагими, отослали в Углич, из боязни, чтоб под именем Димитрия кто-нибудь не вооружился против Федора; боялись этого потому, что Федор был слаб, неспособен к правлению; вместо него должен был управлять кто-нибудь из приближенных. Самым близким к нему человеком был родной его дядя по матери, боярин Никита Романович Юрьев, человек, чрезвычайно любимый народом; сначала он и был правителем; но он скоро занемог тяжкою болезнью и умер; тогда правление перешло в руки другого близкого человека к царю, шурина его, Бориса Федоровича Годунова, брата царицы Ирины. Но были другие бояре, князья, которые считали себя знатнее Годунова и не хотели подчиниться ему как правителю; самые знатные из них были тогда князья Мстиславские и Шуйские. Они стали действовать против Годунова, на их стороне был митрополит Дионисий, на их стороне был народ московский; но Годунов поборол врагов своих, одних казнил, других разослал в ссылку; митрополита Дионисия свергнул и на его место поставил Иова, Ростовского архиепископа, который был совершенно ему предан, и, таким образом, утвердился в правлении.

В это время русская власть утверждалась в далеких странах северной Азии, в Сибири. Ермак Тимофеевич не дождался царских воевод, посланных к нему Иоанном Грозным: хан Кучум напал на него нечаянно ночью, и Ермак, спасаясь от него, утонул в реке Иртыш. Но смерть храброго казацкого атамана не уничтожила дела, им начатого: русские воеводы уже шли в Сибирь по проложенной казаками дороге, за ними следовали другие воеводы; малочисленным и диким туземцам нельзя было с ними бороться, должны были или бежать подальше к другим народам, как сделал Кучум, или покориться и платить дань, ясак. Русские строили среди них городки и шли все дальше и дальше, плывя преимущественно по рекам, не встречая больших препятствий от жителей, которых было очень мало и которые притом жили рассеянно. Сибирь особенно была важна тем, что доставляла в казну меха, самый дорогой товар, которым торговали русские.

Но хотя дорогих мехов и прибавилось в казне царской, а все она была бедна, все не из чего было платить жалованье ратным людям, а ратные люди были надобны, врагов было много. Вместо денег ратные люди получали земли, поместья, ими кормились и должны были являться на войну людны, конны и оружны. Но когда нужно выступать в поход, когда разосланы повсюду повестки, чтоб помещики собирались, воеводы начинают перекличку, вызывают: «Такой-то?» — «Есть!» — откликается помещик, и его пишут в «естех»; вызывают другого — молчание, значит, нет его, не явился, и его пишут в «нетех». И стало оказываться, что в «нетех» очень много, а кто и в «естех», у того плохое оружие, плоха лошадь или людей не столько, сколько он должен был привести со своей земли. Что за причина? Помещики оправдываются, что служить им нельзя, земля есть, но ее нужно обрабатывать, а рабочих нет; крестьяне были вольные, свободно переходили с одной земли на другую, за две недели до Юрьева дня осеннего (26 ноября) могли отказываться, уходить. Небогатый помещик призовет их к себе, порядится с ними, а тут подле богатый, многоземельный вотчинник светский или монастырь, работники им нужны, потому что везде земли много, а рабочих рук нет, они и переманивают крестьян от бедных помещиков, давая им больше выгод, каких бедный помещик дать не мог, и вот бедный помещик остается без крестьян, земля не обработана, доходов нет, и когда придет повестка идти на службу, собраться нечем. Помещики не являются на службу, войска нет, беда страшная, потому что первая надобность для народа — защита от врагов; как же быть? Надобно дать помещику средство обрабатывать свои земли, получать доход и быть в состоянии являться на службу, но для этого надобно было дать ему постоянного работника, крестьянина, который бы от него не уходил, и вот крестьян прикрепили к земле, запретили им переходить в Юрьев день с одной земли на другую.

В царствование же Федора Иоанновича, в 1589 году, произошла перемена в русской церкви: главный архиерей вместо митрополита начал называться патриархом. Мы видели, что уже с половины XV века, со взятия Константинополя турками, русская, или московская, церковь была независима от константинопольского патриарха, ее митрополиты ставились в Москве своими архиереями с согласия государя. Союз русской церкви с восточными православными церквами и патриархами их не прерывался; так как они находились в печальном положении под турецким игом, то из России шла им богатая милостыня. Было странно, однако, что церкви, находившиеся в бедственном положении, управлялись патриархами, а русская церковь, единственная из православных церквей, которая была сильна, находясь в стране независимой, с православным государем, управлялась митрополитом. Эта странность выказалась явно, когда приехал в Москву старший из патриархов, Иеремия Константинопольский; приехал он бедный, с просьбою о помощи, а между тем ему принадлежало первенство. Тут-то в Москве решили, чтоб в ней быть пятому патриарху; Иеремия согласился и посвятил митрополита Иова в патриархи; другие три патриарха — Иерусалимский, Александрийский и Антиохийский — также прислали свое согласие на установление патриаршества в России.

Это событие было выгодно для правителя Годунова, потому что приятель его, Иов, своим новым титулом патриарха стал выше прежнего. Годунову надобно было в это время подумать о будущем. Если бы наследником царя Федора был сын его, то при нем Годунов, как дядя, мог надеяться остаться на прежнем месте, по крайней мере в прежнем чине; но у царя Федора не было детей; наследником его был брат его, Димитрий, удаленный в Углич. Димитрий рос при матери и ее родственниках Нагих, которые не могли быть благодарны за то, что их заставляли жить в ссылке, и потому воспитывали ребенка во враждебных чувствах к Годунову, которому поэтому нечего было ждать добра при воцарении Димитрия. И вот в мае 1591 года разнеслась по Русской земле весть, что царевич Димитрий погиб в Угличе от убийц, подосланных Годуновым, и что эти убийцы умерщвлены жителями Углича. Для розыска про дело и для погребения Димитрия посланы были в Углич князь Василий Иванович Шуйский, Андрей Клешнин, человек преданный Годунову (ему-то приписывают главное распоряжение насчет убийства), и Крутицкий митрополит Геласий. Из следствия оказывалось, что царевич накололся на нож сам в припадке падучей болезни; но следствие было произведено недобросовестно: следователи спешили собрать побольше свидетельств о том, что царевич накололся сам, не обратили внимания на противоречия и на открытие главных обстоятельств. Несмотря на то, патриарх Иов на соборе из духовенства и вельмож объявил, что смерть царевичу приключилась судом Божиим и что угличане невинно умертвили несколько человек, на которых Нагие указали как на убийц Димитрия. Вследствие этого царицу Марью постригли под именем Марфы и заточили в пустынь на Бело-озеро; Нагих всех разослали по городам в тюрьмы; угличан — одних казнили смертью, другим резали языки, засадили в тюрьмы, много людей свели в Сибирь. В январе 1598 года царь Федор Иоаннович занемог предсмертною болезнью; когда патриарх и бояре спросили его: «Кому приказываешь царство?» — то он отвечал: «Во всем царстве и вас волен Бог: как Ему угодно, так и будет». По смерти Федора поспешили присягнуть жене его, царице Ирине, чтоб не было междуцарствия. Но Ирина уехала из дворца в Новодевичий монастырь и постриглась там под именем Александры. Надобно было выбирать царя. Вельможи знатные, князья крови Рюриковой и Гедиминовой, считали себя вправе на престол, но им трудно было бороться с Годуновым. За Годунова был патриарх Иов, на которого все смотрели как на главное лицо, от которого все ждали совета и решения; Годунов так долго был правителем, повсюду правительственные должности занимали люди, им посаженные, ему преданные; при царе Федоре он и родственники его приобрели большое богатство, которым теперь могли воспользоваться для приобретения новых приверженцев; наконец, только что присягнули царице, а царица была его родная сестра. Патриарх с духовенством, боярами и гражданами московскими отправились в Новодевичий монастырь просить царицу, чтоб благословила брата на престол, просили и самого Годунова принять царство; но он отказался: ему хотелось быть избранным всею Россиею, собором, на котором бы были выборные изо всех городов, советные люди, как тогда говорили. За советными людьми послали, собор открылся, и патриарх объявил, что, по его мнению, также по мнению всего духовенства, бояр и всех москвичей, мимо Бориса Федоровича Годунова другого государя искать нечего; никто не посмел противоречить, и советные люди отвечали, что их мнение такое же. Отправились опять к Годунову, который был у сестры в Новодевичьем монастыре, и опять получили отказ. Тогда патриарх пошел в монастырь с крестным ходом и со множеством народа; патриарх с духовенством и боярами вошли в келью к царице и долго упрашивали ее со слезами, стоя на коленях, чтоб благословила брата на царство; на монастыре и около монастыря народ, стоя на коленях, вопил о том же. Царица наконец благословила, и Годунов принял царство. Остались известия, что народ был пригнан неволею, грозили, что, если кто не пойдет, с того будут взыскивать деньги.