Однако в 1822 году масонские организации и Общество шубравцев были запрещены, а в 1823 году были арестованы члены тайных организаций вильнюсской молодежи. 20 человек из них, включая А. Мицкевича, были отправлены в ссылку. Разгромлены были и ученические организации. Их членам были даны смертные приговоры, но затем казни были замены каторжными работами или солдатчиной.

Разгром тайных обществ не остановил бунтарские настроения и контакты интеллигенции Литвы с польской подпольной организацией "Национальное масонство", затем преобразованное в "Патриотическое общество".

После начала восстания в Польше в ноябре 1830 года, во главе которого стояло "Патриотическое общество", в Виленской губернии, в Белоруссии и части Украины было введено военное положение. Полиция арестовывал лиц, внушавших ей подозрение. Несмотря на это в январе 1831 года в Вильнюсе был создан Главный комитет для подготовки и руководства восстанием в Литве. Как сказано в "Истории Литовской ССР", комитет "главным образом состоял из оппозиционно настроенных помещиков… Он предпринял усилия для создания уездных комитетов и подготовки восстания на местах".

В конце марта 1831 года началось восстание в Расейнском уезде. Воспользовавшись тем, что царские войска направили большую часть сил из Литвы в восставшую Польшу, повстанцы в течение весны сумели овладеть почти всей территории Литвы. В первой половине апреля 1831 года повстанцы попытались овладеть Каунасом и Вильнюсом, но потерпели неудачу.

Вскоре в Литву прибыли крупные воинские силы России (более 30 тысяч солдат и офицеров). Им противостояли 25 – 30 тысяч плохо вооруженных повстанцев. С середины мая восставшие перешли к партизанским действиям.

25 мая 1831 года польские повстанцы были разбиты русскими в сражении под Остроленкой, потеряв 8 тысяч человек. Тогда руководство восстания решило нанести удар в тыл по русским войскам, подняв против них Литву, Белоруссию и Украину. Во второй половине мая польское повстанческое правительство направило в Литву часть своих регулярных войск (12 700 человек). Они соединились с литовскими повстанцами. Вскоре польское войско овладело Каунасом.

При штабе командования литовских повстанцев во главе с А. Гелгудом, было создано Временное центральное правительство в Литве, в состав которого, помимо польских генералов, вошли местные помещики (Т. Тышкевич, Г. Огиньский).

К литовскому побережью Балтийского моря плыли корабли с грузами оружия, закупленными в Англии и Франции. Войска поляков и восставших литовцев двинулись к Вильнюсу. Против их сил (12 600 человек) выступила русская армия во главе с виленским генерал-губернатором М. Храповицким (26 тысяч человек). 19 июня в ходе битвы на Панеряйских холмах русские разбили польско-литовские повстанческие силы.

Отступая от русских войск, повстанческая армия разделилась на три части. Войска, которыми командовал А. Гелгуд, отступили в Пруссию. Один из офицеров, разочаровавшись в Гелгуде как командующем, застрелил его. Два других отряда ушли в Польшу. Груз с оружием из Англии и Франции прибыл к литовскому побережью, когда повстанцы уже ушли из Литвы. Временное польское центральное правительство в Литве прекратило свое существование. Вскоре распались и уездные органы власти.

Однако в лесах вплоть до весны 1832 года продолжали действовать партизанские отряды повстанцев. Всего в восстании приняло участие около 20 тысяч человек.

На Западе развернулась широкая кампания солидарности с восстанием в Польше и Литве. Справедливое негодование по поводу лишения народов этих стран права на свободы, сопровождалось огульными нападками на Россию как страну и русских как народа. Великий Пушкин с негодованием осудил эту руссофобскую кампанию в своей стихотворении "Клеветникам России". Он указывал на давние истоки недавних событий и родство судеб Литвы, Польши и России. ("Что возмутило вас? Волнение Литвы? Оставьте: это спор славян между собою, домашний, старый спор, уж взвешенный судьбой, вопрос, которого не разрешите вы".) Одновременно поэт осуждал лицемерие тех, кому были глубоко безразличны и даже ненавистны народы Центральной и Восточной Европы. ("Для вес безмолвны Кремль и Прага; бессмысленно прельщает вас борьбы отчаянной отвага – и ненавидите вы нас…")

Поражение восстание в Литве было в значительной степени связано с тем, что его организаторы не опирались на широкие крестьянские массы. В своих политических программах они даже не ставили задачу решения крестьянского вопроса. Между тем трудности крестьянства в Литве в 20 – 30-е годы возросли в связи с ухудшением условий хлебного рынка. Помещики пытались переориентировать свои хозяйства на другие отрасли (овцеводство, свеклосахарное производство). Расширение помещичьего производства сопровождалось обезземеливанием крестьян. Между тем повторявшиеся из года в год неурожаи оставляли крестьян ставили их на грань голодной смерти.

Проявлением невозможности крестьян сводить концы с концами стал их уход на заработки. Многие литовские крестьяне уходили в города России и становились рабочими. Началась и массовая эмиграция литовцев за пределы России. Другими свидетельствами отчаянного положения литовских крестьян стали восстания 1830, 1831, 1838, 1842, 1843, 1847 годов.

Новой причиной для волнений стала подготовка крестьянской реформы. 20 ноября 1857 года в царском рескрипте генерал-губернатору трех западных провинций В.Н. Назимову было разрешено помещикам Витебской, Гродненской и Ковненской губерний образовать дворянские губернские комитеты для составления проектов освобождения крепостных. В основу проектов были положены следующие принципы: 1) считать всю землю в дворянских имениях помещичьей и предоставлять крестьянам в собственность за выкуп только усадьбы, а земельные наделы давать лишь в пользование за установленные законом повинности; 2) сохранить полицейскую власть помещиков над крестьянами; 3) обеспечить исправное поступление в казну податей и других денежных сборов с крестьян. Фактически правительство передавало отмену крепостного права в руки помещиков, сохраняя за ними их земельную собственность и власть над крестьянами.

В 1859 году в Литве (как и в ряде других западных российских губерниях) произошли крестьянские выступления против откупщиков. Крестьяне громили питейные лавки, избивали продавцов вина, местных чиновников.

Новые волнения в Литве вспыхнули после объявления о крестьянской реформе 19 февраля 1861 года. Как говорится в "Истории Литовской ССР", "крестьяне считали, что в результате отмены крепостного права, они сразу же приобретали личную свободу, а провозглашаемые перемены в землепользовании толковали по-своему как безусловное и безвозмездное получение земли, которой пользовались. Они отказывались отбывать помещикам повинности, особенно барщину". Наибольшие волнения (всего их было 145) произошли в Вильнюсском и Швенческом уездах Вильнюсской губернии и Каунасском, Расейнском, Паневежеском и Зарасайском уездах Ковненской губернии.

В следующем, 1862 году крестьяне выступали против создания сословного крестьянского управления и института мировых посредников, а также против взыскания натуральных повинностей и введения уставных грамот.

В городах же в 1861 году были проведены сотни политических манифестаций под религиозно-патриотическими лозунгами национального возрождения и защиты католической религии. Эти манифестации проводились одновременно с подобными манифестациями в Польше. Особенно мощной была манифестация 12 августа 1861 года по случаю 300-летия Люблинской унии. В загородном лесу под Вильнюсом состоялось собрание 20 тысяч человек, в ходе которого звучали религиозные гимны, произносили патриотические речи, пели песни на польском и литовском языках. Массовое шествие, состоявшееся в этот же день в Каунасе, пробилось через кордон полиции и казаков и прошло по мосту через Неман, где соединилось с таким же шествием на польском берегу.