Докучаев ненавидел в бурсе и методы обучения, и изучаемые схоластические предметы, и меры воздействия. Метод обучения был один — зубрежка, или, как говорили в бурсе, долбня. Учение в долбежку непонятных богословских предметов становилось еще более нелепым потому, что педагоги не считали нужным объяснять ученикам смысл вдалбливаемых наук, а просто задавали «от сих до сих». Естественно, что такое учение приносило только страдания несчастным бурсакам, сложившим по этому поводу песню:

По некоторым предметам педагоги допускали так называемые «возражения»: ученикам позволяли спорить и выступать по одному и тому же вопросу с различных, но строго определенных начальством позиций. Темы были такие: «Может ли дьявол согрешить?», «Первородный грех содержит ли в себе, как в зародыше, грехи смертные, произвольные и невольные?», «Спасется ли Сократ и другие благочестивые философы язычества или нет?».

Подобные схоластические упражнения, наполненные пустой, никчемной софистикой, считались венцом премудрости и поэтому допускались очень редко. Особенную ненависть Докучаева вызывала так называемая «гомилетика» — учение о церковном проповедничестве. Докучаев переименовал ее в «гуммиластику», видимо, она напоминала своей тягучестью резину. «Гуммиластика» преследовала его не один год. Многолетний курс ее был разбит на несколько больших самостоятельных частей: гомилетика фундаментальная, или принципиальная, гомилетика материальная, гомилетика формальная, или конструктивная, гомилетика евангельская, гомилетика апостольская. Этот необъятный схоластический предмет надо было зубрить день за днем, год за годом.

Многие бурсаки, отчаявшись преодолеть подобную премудрость, записывались в «вечные нули», — авдитор, не спрашивая у них урока, ежедневно в ногате ставил против их фамилий нуль. Они переезжали на «Камчатку», играли, а то и просто спали под партами. Розог не боялись и ждали счастливого дня, когда их, сидевших в каждом классе по нескольку лет, на основе «закона о великовозрастен» выгонят из бурсы и отправятся они на поиски подходящего места — пономаря, звонаря, церковного сторожа. Докучаев не принадлежал к числу вечных нулей. Его природные способности и блестящая память давали ему возможность сравнительно легко одолевать эти ненавистные предметы. Но если он отличался от вечных нулей успехами в науках, то в поведении он следовал всем традициям бурсацкого товарищества А главное в этих традициях было чинить всякие неприятности начальству, итти на любые жертвы, если этим можно досадить инспектору.

Строже всего в бурсе запрещалось пьянство и игра в карты. Но из ненависти к притеснителям и то и другое считалось особенно почетным среди бурсаков. После того как было объявлено, что за пьянство станут исключать из семинарии, оно стало принимать большие размеры и в дальнейшем губительно влияло на судьбы очень многих бурсаков. В известной мере не избежал этого порока и Докучаев.

Последние годы пребывания Докучаева в семинарии совпали с бурными годами в истории России и русской общественной мысли. Проблемы ликвидации крепостничества, волновавшие все передовые умы страны, оказались неразрешенными и после крестьянской реформы 1861 года. Но все революционно-демократические силы страны уже пришли в движение и плодотворно влияли на развитие русской науки. Работы и статьи А. И. Герцена, В. Г. Белинского, Н. Г. Чернышевского, Н. А. Добролюбова, Д. И. Писарева дали большой толчок материалистическому развитию естественных наук в России. В той или иной форме революционно-демократические идеи русских просветителей доходили и до затворников духовных семинарий. Об этом сохранилось любопытное свидетельство одного из реакционных церковников, архиепископа Никанора Херсонского, писавшего: «…в начале шестидесятых годов были общины либералов, которые ловили семинаристов в свои сети, навязывали им книги своего духа для развития, книги по преимуществу естественно-научного содержания». И действительно, даже бурсаки в этот период принимали участие в обсуждении общественных и научных проблем. Ненависть к схоластике и ко всем методам бурсацкого воспитания, проявлявшаяся прежде только во всякого рода «подвигах», направленных против начальства, стала выливаться в другие, более зрелые формы: «вольномыслие заводилось даже внутри семинарии», с прискорбием говорил архиепископ Никанор.

Докучаев окончил семинарию с отличием и как лучший ученик был послан на казенный счет в Петербург, в Духовную академию.

В. В. Докучаев — семинарист.

Летом 1867 года Докучаев приехал в Петербург. Этот высокий, широкоплечий юноша с густой шапкой каштановых волос и внимательными синими глазами, одетый в традиционный семинарский сюртук, вынес из семинарии ненависть к церковной схоластике, возмущение против неуважения к человеческой личности. Еще в бурсе Докучаев с большим вниманием относился к изучению «светских предметов»: физики, математики, естественной истории, словесности, истории России.

Стремление к знаниям выделяло Докучаева из среды семинаристов и расширяло его кругозор.

Но Докучаев обладал твердым характером и сильной волей, которая закалилась в годы пребывания в бурсе, где каждый день приходилось отстаивать свои права, проявлять исключительную выносливость в борьбе за человеческое существование.

В Духовной академии приходилось снова начинать с гомилетики — здесь она изучалась еще более подробно, чем в семинарии.

В Смоленске у Докучаева не было выбора. Но здесь, в Петербурге шестидесятых годов, другое дело.

Это была блестящая эпоха в развитии русской общественной мысли и русского естествознания. Идеи революционных демократов широко распространились в кругах русских естествоиспытателей. Материалистическая философия Чернышевского была тесно связана с развитием и успехом естественно-научных знаний в России. Характерное взаимодействие философии и научного естествознания в этот период было особенно плодотворным. Большой популярностью пользовались в эти годы статьи Писарева и «Письма об изучении природы» Герцена.

Поражает разнообразие талантов, проявившихся в этот период в русской науке. На первом месте по своему научному значению были русские химики, так называемая казанская школа. Основателем ее был профессор Казанского университета Н. Н. Зинин, работавший в эти годы в Петербурге и создавший при Медико-хирургической академии превосходную химическую лабораторию. Этот ученый с мировым именем был учителем другого выдающегося казанского химика — А. М. Бутлерова, тоже работавшего в шестидесятых годах в Петербурге. В это же время развернулась в Петербурге деятельность сподвижников и преемников Н. Н. Зинина — Д. И. Менделеева, Н. А. Меншуткина, H. H. Бекетова. К. А. Тимирязев писал: «…едва ли какой европейский научный центр в ту эпоху мог выставить столько выдающихся деятелей по химии… Английский химик Франкланд мог с полным убеждением сказать, что химия представлена в России лучше, чем в Англии».

Русское естествознание, развиваясь самостоятельно и часто обгоняя европейское, в то же время разрабатывало и углубляло открытия европейских ученых. Стоит напомнить, что совершившая переворот в естествознании работа Ч. Дарвина «Происхождение видов», опубликованная в Англии в конце 1859 года, уже через несколько месяцев стала широко известна в России не только ученым, но и студентам. В начале 1860 года профессор Петербургского университета С. С. Куторга изложил первокурсникам основы дарвинизма. «Дарвинизм вскоре стал, — говорил К. Тимирязев, — лозунгом молодых русских зоологов, и под его флагом они завоевали себе почетное место в европейской науке». Почетное место в мировой науке завоевал и автор приведенных слов, великий русский ученый-революционер, успешно развивавший учение Дарвина, Климент Аркадьевич Тимирязев, который свою научную деятельность начал в шестидесятых годах.