Находясь во Фрауенбурге, Коперник, конечно, ощущал, как и другие, всю тягость войны. Некоторые каноники и прелаты Вармийского капитула при приближении рыцарей и их жестоких кнехтов к Фрауенбургу позорно бежали: одни — в Данциг, а некоторые — подальше, в другие города Германии, спасаясь от военной грозы и неурядицы. Коперник остался во Фрауенбурге. Более того, он как раз в это тревожное время все-таки находил возможность заниматься научной работой и производил нужные ему наблюдения со своим излюбленным параллактическим инструментом и квадрантом.

Во время нападения рыцарей на Фрауенбург Коперник проявил большую энергию и распорядительность. Рыцарские войска не смогли взять города и, наконец, сняв осаду, ушли. Вообще война сравнительно мало отразилась на городах и крепостях Вармии, где отсиживались привилегированные; вся тяжесть войны пала на крестьянское население, беззащитное перед закованными в латы рыцарями.

Епископ Фабиан, как мы говорили, вел политику нейтралитета. Поэтому оба противника — и король польский, и гохмейстер ордена — считали его своим тайным врагом, и оба брали всякого рода контрибуции с Вармийской епархии.

Значительным событием во время описываемой войны было взятие войсками Альбрехта самого большого и богатого города Вармии — Браунсберга в новогоднюю ночь 1520 года. Альбрехт взял этот богатый город военной хитростью. Епископ Фабиан находился в это время в городе Эльбинге; узнав, что Браунсберг взят, он спешно выехал в Гейльсберг, свою резиденцию. Там он нашел ожидавшие его письма от великого магистра Альбрехта, приглашавшие его прибыть в Браунсберг для переговоров Епископ Фабиан сам ехать не решился, но послал для переговоров с Альбрехтом двух наиболее способных из оставшихся в Вармии каноников. Одним из этих каноников, посланных для переговоров с грозным Альбрехтом, был Николай Коперник.

Сохранилась охранная грамота, присланная на имя Николая Коперника из только-что взятого орденскими войсками Браунсберга. С этой охранной грамотой Коперник ездил на свидание с гохмейстером Альбрехтом. Переговоры с Альбрехтом ни к чему не привели, ибо последний требовал, чтобы епископ и капитул присягнули ему в верности.

После неудачной попытки взять Фрауенбург этот город больше не подвергался военным набегам, так как гохмейстер Альбрехт свои главные силы направил в восточные и южные части Эрмеланда. Когда же король Сигизмунд послал большие силы навстречу и в обход орденских войск, причем польские войска проникли не только к Браунсбергу, но и достигли даже Кенигсберга, войскам Альбрехта пришлось уже обратиться к обороне и прекратить свои набеги и экспедиции. К тому же и великий князь московский заключил мир с королем польским, а у ордена стало нехватать денежных средств на военные действия. Все это привело к тому, что великий магистр Альбрехт вынужден был просить перемирия. Переговоры о перемирии начались в Торне в июне месяце, но были прекращены после прибытия новых свежих войск из Германии на помощь ордену.

Военные действия снова начались; Альбрехт двинулся со своими войсками к замку Гейльсбергу и в течение нескольких недель своей артиллерией обстреливал резиденцию епископа.

Но Гейльсберга он не взял и вынужден был снять осаду. Зато, отступив от Гейльсберга, великий магистр занялся завоеванием маленьких беззащитных неукрепленных городков и местечек Вармийской епархии, и это завоевательное шествие «огнем и мечом» тевтонского воинства наносило, конечно, страшный ущерб владениям капитула.

Весь почти 1520 год, вплоть до ноября, Коперник находился во Фрауенбурге. Большая часть административных дел, ввиду бегства многих членов капитула, лежала на нем.

В конце 1520 года Коперник во второй раз вернулся в Алленштейн, так как срок его пребывания в должности управителя имениями капитула еще не окончился. К этому времени большая часть имений капитула была занята войсками ордена, многие селения были сожжены или разрушены, а крестьяне убиты, взяты в плен или где-нибудь укрывались от жестокостей рыцарей и их кнехтов. В начале 1521 года орденские войска окружили Алленштейн со всех сторон, намереваясь подвергнуть крепкий замок осаде. Коперник стал готовиться к защите крепости. Но к этому времени война стала постепенно затихать, и, наконец, в апреле 1521 года в городе Торне было заключено перемирие на четыре года. Начались и длительные переговоры о мире. В этих переговорах принимал участие и Николай Коперник. Ему же капитул поручил составить жалобу против тевтонского ордена, не исполнявшего условий перемирия. Коперник составил обширную записку об убытках, причиненных войсками ордена имениям капитула.

После торнского перемирия Коперник находился до конца 1521 года в Алленштейне. В конце 1521 года Коперника на посту управляющего имениями ордена в южной части Эрмеландии сменил его друг Тидеман Гизе, после чего Коперник получил возможность снова вернуться во Фрауенбург — город, из которого он уже не выезжал до конца своей жизни: почти целых двадцать два года он прожил во Фрауенбурге, «в отдаленнейшем уголке Земли», покидая его лишь на малое время.

В 1521 году в Грауденце собрался польский сейм, где, между прочим, заслушана была записка Коперника об убытках и разрушениях, причиненных Вармии орденскими войсками. Коперник и Гизе представляли на сейме Вармийский капитул. На этом же сейме обсуждалась и другая записка, составленная Коперником еще в 1519 году; она касалась вопроса об упорядочении монетного обращения в Пруссии и соприкасающихся с нею областях.

После войны, когда прежние экономические отношения еще не были вполне восстановлены, этот вопрос имел первостепенную важность. Дело в том, что достоинство монет, выпускаемых в Польше, Пруссии и Литве, было различное: всем было известно, что тевтонский орден, например, чеканил серебряные монеты, в которых количество меди превосходило количество серебра. Города Данциг, Эльбинг и Торн также имели право чеканить собственную монету и этим правом всегда широко пользовались. Благодаря этому в Пруссии имели хождение монеты различной чеканки, причем стоимость одноименных монет не была одинаковой. Вследствие этого хорошая монета в обращении почти не появлялась, так как отправлялась за границу.

Записка Коперника о монетном обращении носит заглавие: «Соображения о чеканке монеты». Она разделяется на три части: в первой — говорится о монетном обращении вообще; во второй — доказывается и поясняется примерами последовательное ухудшение качества ходячей монеты в прусских провинциях; в третьей части указываются различные практические мероприятия.

Приведем небольшую выдержку из этой записки:

«Между многими бедствиями, угрожающими царствам и республикам, особенно важны четыре: раздор, смертность, неурожай и упадок стоимости монеты. Три первые причины очевидны и известны всякому; что же касается четвертой причины — упадка стоимости монеты — то многие не обращают на нее внимания именно потому, что она вредит государству не вдруг, но оказывает вредное действие мало помалу, как бы втайне.

Монета есть золото или серебро, носящее известное название, коим обусловливается цена вещей сообразно государственным постановлениям; следовательно, монета должна представлять собой общую меру ценности. Мера эта, по этому самому, должна быть постоянна и неизменна, так как в противном случае следует опасаться потрясения общественного порядка и торговых сношений… Под постоянной ценностью я разумею номинальное достоинство монеты, зависящее от действительной ценности входящих в нее металлов. Монета же может иметь ценность высшую или низшую против действительной ее ценности».

«…Существование монеты необходимо, хотя обмен мог бы производиться также с помощью известного количества золота и серебра. Но весьма неудобно было бы носить с собою постоянно весы для взвешивания металлов, тем более, что еще было бы затруднительнее удостоверяться каждый раз в чистоте последних. Вот почему во всех государствах признано необходимым ставить на монете известное клеймо, обозначающее внутреннее ее достоинство и вместе с тем отвечающее перед обществом за правильность установления этого достоинства».