Ограничения, установленные властями для трансатлантических переходов в составе флотов, были очень строгими. Корабли, водоизмещением менее 100 тонн, к плаванию в Вест-Индию не допускались. Каждое судно должно было нести на борту не менее 4 тяжёлых и 16 лёгких орудий, а каждый человек, поднимавшийся на борт, – огнестрельное оружие. Два самых больших галеона назывались Capitana (корабль капитан-генерала – командующего флотом) и Almiranta (адмиральский корабль – второй флагман флота). Они были вооружены сильнее других и несли меньше груза, но именно на них возлагалась обязанность перевозить золото и серебро, как самые ценные из американских товаров. Для обеспечения безопасности в состав флотов со временем стали включать несколько небольших лёгких судов – авизо, в задачу которых входили разведка пути и своевременное предупреждение о грозящей опасности.

Каждый год из Севильи и Кадиса отправлялся флот, чтобы пересечь Атлантику. Достигнув Карибского моря, он разделялся.

Флот Новой Испании (Nuevo Espania Flota) имел конечной целью Мексику, проплывая мимо Антильских островов и Гондураса. Обычно корабли достигали порта Веракруз спустя два-три месяца после отплытия из Севильи. Они прибывали на место только в апреле, чтобы иметь возможность собрать сокровища, добываемые на копях в Мексике. Обратно отправлялись приблизительно в феврале следующего года, поскольку с сентября по январь в Карибском море наступает сезон ураганов, делающий навигацию в Мексиканском заливе практически невозможной, и останавливались в Гаване, где ждали прибытие второго флота.

Флот Материка (Tierra Firme Flotta) (после 1648 года назывался Los Galeones) достигал Портобелло обычно в августе, его главной задачей был сбор сокровищ с копей Перу и Чили, которые доставляли в Панаму. Первоначально портом, куда он следовал, был Номбре-де-Диос, однако он был крайне неудобен, поэтому с 1596 года галеоны следовали к Портобелло, который был лучше защищен и имел более просторную бухту, а затем в Картахену, где ожидал начала января, чтобы отправиться в Гавану, где соединялся с флотом Новой Испании.

Затем Объединённому флоту (более известному как Серебряный или Золотой флот, из-за характера его груза) предстояло совместное путешествие в Испанию через Багамский пролив, используя попутные ветры и Гольфстрим. Объединённый флот проходил вдоль американского побережья, затем огибал Бермудские острова и после этого двигался в строну Испании.

Система, созданная испанцами, не отличалась особой оригинальностью. Плохая погода, противные ветры или плохая навигация, опасность пиратов или какие-либо другие напасти постоянно заставляли испанский флот, посланный из метрополии, задерживаться в пути. Как только часть флота Материка прибывала в Картахену, на территории нынешней Колумбии, во все испанские поселения тихоокеанского побережья немедленно рассылались гонцы с вестью о необходимости сбора тех ценностей, которые скопились в Арике, Антофагосте, Кокимбо и Вальпараисо. Всё золото и серебро, добытое на копях Чили и Перу, доставляли в Лиму, откуда переправляли в Кальяо, где уже стояли галеоны Флота Южного моря, готовые доставить сокровища в Панаму.

Перевозка занимала обычно три недели. В Панаме, тяжелогружёные мешки и сундуки, наполненные серебряными слитками и золотыми монетами, перегружали на мулов и тайными тропами доставляли с Тихоокеанского на Атлантическое побережье. Многочисленный и хорошо вооружённый конвой затрачивал примерно 22 дня на пересечение Дарьенского перешейка

В конце XVI века в Серебряный флот входило до 60 военных и торговых кораблей. Флот Новой Испании имел, по крайней мере, два тяжело вооруженных галеона, а флот Материка, по крайней мере, шесть, поскольку нёс основную часть ценностей. В дальнейшем, из-за увеличения производства серебра на копях в Потоси и увеличения количества парусных кораблей во флоте Материка, его стали называть просто Флот галеонов.

Если торговые суда периодически оставались в Карибском море на зиму, то военные стремились как можно быстрее покинуть его, оставляя поселения незащищенными. Именно поэтому испанским властям пришлось создать целую систему защиты торговых коммуникаций. Она состояла из следующих боевых подразделений:

Флот Новой Испании (Armada de Nueva España) – эскортировал галеоны от Веракруза до Гаваны (не стоит путать его с торговым флотом с тем же названием).

Флот Южного моря (Armada del Mar del Sur) – от Перу до Панамы.

Флот защиты перевозок из Индий (Armada de la Guardia de la Carrera de las Indias, с 1576 года). Состоял из 8 галеонов, трёх малых судов, 1100 моряков и 1000 солдат.

Флот Наветренных островов (Armada de Barlovento) – создан в 1595 году для постоянной защиты поселений и коммуникаций в Карибском море, от Флориды до Малых Антильских островов. Главная задача состояла в поимке пиратов и защите торговых флотов.

Флот Открытого моря (Armada del Mar Océano) – постоянный атлантический флот, основанный в 1590 году. Состоял из 46 военных кораблей. Защищал побережье и торговые конвои от Испании до Индий.

Флот де Эстрехо (Armada del Estrecho) – базировался в Кадисе, защищал Гибралтарский пролив и прибывающие из Индий корабли.

В 1545 году были открыты серебряные прииски в Перу. С этого момента изменился способ получения сокровищ из Нового Света. Раньше их отнимали у индейцев, теперь добывали на рудниках. В следующем году серебряные шахты были открыты в Мексике, обеспечив второй источник серебра для Испании.

Для добычи драгоценных металлов была необходима ртуть, которую в огромных количествах стали добывать на рудниках Альмадена. Испанское правительство отдало их в руки банкирского дома Фуггеров, которые получали от них около 100 % прибыли. Галеоны, отправлявшиеся в Новый Свет, ежегодно перевозили до 3000—4000 тысяч центнеров ртути, а на обратном пути везли золото и серебро.

Объёмы перевозок драгоценных металлов и камней и прочих колониальных товаров постоянно увеличивались. В 1508 году корабль привёз в Испанию ценностей на 50 тысяч песо, что вызвало невиданное оживление в Испании. Уже в 1523 году эта сумма составила 400 тысяч, а в 1535 году достигла 2,5 миллиона, в основном за счёт потока золота и серебра из Перу. После открытия в Америке огромных залежей золота и серебра поток сокровищ ещё более усилился.

За первые два десятилетия XVI века испанцы только с Карибских островов вывезли около четырнадцати тонн золота (14 118 кг). По примерным подсчётам, серебряные рудники только вице-королевства Новая Испания в 1521—1548 годах дали около 40,5 миллиона песо, а в 1548—1561 годы – 24 миллиона. Добыча драгоценных металлов достигла своего пика в 1590—1600 годы, превысив 16 миллионов из одной только Мексики.

Для более удобной перевозки по морю в 1535 году в Мексике начинается штамповка монет. Производство было строго лимитировано, чтобы не допустить обесценивания. Самая большая серебряная монета, штамповавшаяся на монетном дворе, – 4 реала. С 1535 года начинают штамповать золотые эскудо, равные приблизительно 16 реалам. Самая большая золотая монета, штамповавшаяся на монетном дворе, – 8 эскудо – весила 27 граммов и имела 92 % золота. Это производство продолжалась почти 300 лет.

Из отсылавшихся в Испанию ценностей приблизительно 25 % принадлежало королю, остальное – торговцам и инвесторам. На слитках ставился штамп, означавший, что владелец заплатил «квинто», или королевскую пятину, и его можно было перевозить на галеонах.

Однозначного мнения относительно того, каковы объёмы поставок драгоценных металлов в Испанию за колониальный период, не существует, различные историки приводят самые различные цифры. Так, английский учёный Д. Гамильтон путём сопоставления архивных материалов подсчитал количество золота и серебра, вывезенного испанцами из Америки. В 1503—1660 годы общее количество вывезенных драгоценных металлов оценивается в 447 820 932 песо. Причём это только то, что было вывезено официально. Но огромное количество драгоценных металлов было вывезено контрабандным путём, и указанную сумму можно увеличить на 10—50 %.