25 сентября Сталин сообщил германскому послу графу Фридриху-Вернеру фон дер Шуленбургу, что «Советский Союз немедленно возьмется за решение проблемы прибалтийских государств в соответствии с протоколом от 23 августа».

Договоры о взаимопомощи с прибалтийскими государствами заключались под угрозой применения силы. 28 сентября был заключен советско-эстонский пакт о взаимопомощи. На территорию Эстонии был введен 25-тысячный советский воинский контингент. Сталин сказал Сельтеру при его отъезде из Москвы: «С вами могло бы получиться, как с Польшей. Польша была великой державой. Где теперь Польша?»

5 октября пакт о взаимопомощи был подписан с Латвией. В страну вошел 25-тысячный советский воинский контингент. А 10 октября с Литвой был подписан «Договор о передаче Литовской республике города Вильно и Виленской области и о взаимопомощи между Советским Союзом и Литвой». Когда министр иностранных дел Литвы Юозас Урбшис заявил, что предлагаемые условия договора равнозначны оккупации Литвы, Сталин возразил, что «Советский Союз не намерен угрожать независимости Литвы. Наоборот. Вводимые советские войска будут подлинной гарантией для Литвы, что Советский Союз защитит ее в случае нападения, так что войска послужат безопасности самой Литвы». И добавил с усмешкой: «Наши гарнизоны помогут вам подавить коммунистическое восстание, если оно произойдет в Литве». В Литву также вошли 20 тыс. красноармейцев.

После того как в мае 1940 года Германия молниеносно разгромила Францию, Сталин решил в ускоренном порядке осуществить аннексию прибалтийских государств и Бессарабии. 4 июня сильные группировки советских войск под видом учений начали выдвигаться к границам Литвы, Латвии и Эстонии. 14 июня Литве, а 16 июня – Латвии и Эстонии были предъявлены ультиматумы аналогичного содержания с требованием допустить на свою территорию значительные по численности советские воинские контингенты, по 9—12 дивизий в каждую из стран и сформировать новые, просоветские правительства с участием коммунистов, хотя численность компартий составляла в каждой из республик по 100–200 человек. Предлогом для ультиматумов послужили провокации, будто осуществляемые против расквартированных в Прибалтике советских войск. Но этот предлог был шит белыми нитками. Утверждалось, например, будто литовская полиция похитила двух советских танкистов, Шмовгонца и Носова. Но уже 27 мая они вернулись в свою часть и заявили, будто их сутки держали в подвале, пытаясь получить сведения о советской танковой бригаде. При этом Носов таинственным образом превратился в Писарева.

Ультиматумы были приняты. 15 июня советские войска вошли в Литву, а 17 июня – в Латвию и Эстонию. В Литве президент Антанас Сметана требовал отвергнуть ультиматум и оказать вооруженное сопротивление, но, не получив поддержки большинства кабинета, бежал в Германию.

Реально оказать вооруженное сопротивление советской агрессии армии прибалтийских государств не могли ни осенью 1939 года, ни тем более летом 1940 года. В трех странах можно было бы в случае мобилизации поставить под ружье 360 тыс. человек. Однако, в отличие от Финляндии, в Прибалтике не было собственной военной промышленности, не было даже достаточных запасов стрелкового оружия, чтобы вооружить такое количество людей. Если Финляндия также могла получать поставки вооружения и боевой техники через Швецию и Норвегию, то путь в Прибалтику через Балтийское море был закрыт советским флотом, а Германия соблюдала пакт Молотова – Риббентропа и отказала в помощи прибалтийским государствам. Кроме того, Литва, Латвия и Эстония не обладали пограничными укреплениями, и их территория была гораздо более доступна для вторжения, чем покрытая лесами и болотами территория Финляндии.

Новые просоветские правительства провели выборы в местные парламенты по принципу – один кандидат от нерушимого блока беспартийных на одно место. Причем этот блок во всех трех государствах Прибалтики назывался одинаково – «Союз трудового народа», а выборы прошли в один и тот же день – 14 июля. Присутствовавшие на участках люди в штатском брали на заметку тех, кто кандидатов вычеркивал или бросал в урны пустые бюллетени. Нобелевский лауреат польский писатель Чеслав Милош, находившийся в то время в Литве, вспоминал: «Голосовать на выборах можно было за единственный официальный список «трудового народа» – с одинаковыми программами во всех трех республиках. Голосовать приходилось, так как каждому избирателю в паспорт ставился штамп. Отсутствие штампа удостоверяло, что владелец паспорта – это враг народа, уклонившийся от выборов и тем самым обнаруживший свою вражескую сущность». Естественно, коммунисты получили во всех трех республиках более 90 % голосов – в Эстонии 92,8 %, в Латвии 97 %, а в Литве даже 99 %! Явка тоже была впечатляющей – 84 % в Эстонии, 95 % в Латвии и 95,5 % в Литве.

Неудивительно, что 21–22 июля три парламента одобрили декларацию о вхождении Эстонии в состав СССР. Кстати, все эти акты противоречили конституциям Литвы, Латвии и Эстонии, где говорилось, что вопросы независимости и изменения государственного строя можно решать только путем всенародного референдума. Но в Москве спешили аннексировать Прибалтику и на формальности не обращали внимание. Верховный Совет СССР удовлетворил написанные в Москве обращения о приеме в состав Союза Литвы, Латвии и Эстонии в период с 3 по 6 августа 1940 года.

Сначала многие латыши, литовцы и эстонцы видели в Красной Армии защиту от германской агрессии. Рабочие были рады открытию предприятий, бездействовавших из-за мировой войны и вызванного кризиса. Однако вскоре, уже в ноябре 1940 года, население Прибалтики оказалось полностью разорено. Тогда местные валюты приравняли к рублю по резко заниженным курсам. Также национализация промышленности и торговли привела к инфляции и дефициту товаров. Перераспределение земли от более зажиточных крестьян к беднейшим, принудительное переселение хуторян в деревни и репрессии против духовенства и интеллигенции вызвали вооруженное сопротивление. Появились отряды «лесных братьев», названные так в память о повстанцах 1905 года. И уже в августе 1940 года начались депортации евреев и других нацменьшинств, а 14 июня 1941 года очередь дошла и до литовцев, латышей и эстонцев. Накануне Великой Отечественной войны из Эстонии было депортировано 10 тыс. человек, из Литвы – 17,5 тыс. человек и из Латвии – 16,9 тыс. человек.

Захват Советским Союзом стран Прибалтики принципиально ничем не отличался от захвата Германией Австрии в 1938 году, Чехословакии в 1939-м и Люксембурга и Дании в 1940-м, также осуществленного мирным путем. Факт оккупации (в значении захват территории против воли населения этих стран), являвшийся нарушением норм международного права и актом агрессии, был признан преступлением на Нюрнбергском процессе и вменен в вину главным нацистским военным преступникам. Как и в случае с Прибалтикой, аншлюсу Австрии предшествовал ультиматум о создании в Вене прогерманского правительства во главе с нацистом Зейссом-Инквартом. И уже оно пригласило в Австрию германские войска, которых ранее на территории страны вообще не было. Аннексия Австрии была осуществлена в такой форме, что она сразу же была включена в состав Рейха и разделена на несколько рейхсгау (областей). Аналогичным образом Литва, Латвия и Эстония после короткого периода оккупации были включены в состав СССР на правах союзных республик. Чехия, Дания и Норвегия были превращены в протектораты, что не мешало и в ходе войны, и после нее говорить об этих странах как оккупированных Германией. Эта формулировка отразилась и в приговоре Нюрнбергского процесса над главными нацистскими военными преступниками в 1946 году.

Российское правительство до сих пор не признает факта советской оккупации государств Прибалтики и утверждает, что ввод войск в июне 1940 года не был непосредственно связан с последующей аннексией государств Прибалтики. В Литве, Латвии и Эстонии считают ввод советских войск и последующее присоединение стран Балтии к СССР одним из многочисленных сталинских преступлений.