Руководство созданной группировкой поручили Мёльдерсу, который занял пост, именуемый Angriffsfhrer Krim. Он полностью справился с возложенной на него задачей, четко организовав взаимодействие штурмовиков и истребителей. 18–24 октября в боях над Перекопским перешейком, закрывавшим путь в Крым, «Мессершмитты» сбили 124 советских самолета, еще 16 записали на счет зенитчики. И в последующие дни советская авиация в Крыму продолжала нести тяжелые потери. Так, например, за последние семь дней октября 5-я эскадрилья 32-го ИАП ВВС ЧФ потеряла пятнадцать из семнадцати имевшихся Як-1. В конце октября части немецкой 11-й армии прорвали советские оборонительные позиции и уже 1 ноября взяли Симферополь. Вскоре в руках немцев был уже весь Крымский полуостров, за исключением Севастополя.
Было бы удивительно, если Мёльдерс, находясь на фронте, не воспользовался бы этим, чтобы снова подняться в воздух. Несмотря на запрет, он использовал любой повод, чтобы сесть в кабину «Мессершмитта», чем доставлял огромное беспокойство своему штабу.
Утром 8 ноября Мёльдерс в паре с обер-фельдфебелем Гербертом Кайзером из III./JG77 вылетел в район Севастополя. Над линией фронта они обнаружили летевшую без прикрытия «шестерку» Ил-2, собиравшуюся штурмовать немецкие позиции в долине реки Бельбек, приблизительно в 20 км северо-восточнее Севастополя. Сбив с ходу один штурмовик, Мёльдерс предоставил возможность атаковать врага ведомому, и за десять минут Кайзер отправил на землю еще два Ил-2. 13 ноября в паре с унтер-офицером Гюнтером Белингом из III./JG77 Мёльдерс совершил боевой вылет уже над Керченским полуостровом. Всего в ходе своих «нелегальных» вылетов он одержал по крайней мере три победы, но, естественно, официально их не заявлял, чтобы не вызвать недовольства руководства.
17 ноября покончил жизнь самоубийством генерал-оберст Эрнст Удет. Гитлер распорядился, чтобы на его похоронах присутствовали все высшие офицеры Люфтваффе. Мёльдерса срочно вызвали в Берлин, но плохая погода помешала ему немедленно вылететь. Наконец 21 ноября Мёльдерс вместе со своим адъютантом майором Венцелем все-таки вылетел с аэродрома Чаплинка на борту бомбардировщика Не-111Н-6 W.Nr.4513 «1G+TH» из KG27. Самолет пилотировал один из опытнейших пилотов эскадры обер-лейтенант Колбе, который, так же как и Мёльдерс, участвовал в войне Испании в составе «Легиона „Кондор“. До наступления темноты „Хейнкель“ успел долететь до аэродрома во Львове и приземлился там на ночевку.
Утром 22 ноября, несмотря на плохую погоду, самолет поднялся в воздух. Вскоре после взлета пришло сообщение о дальнейшем ухудшении погоды по маршруту полета, и Колбе предложил вернуться обратно, но Мёльдерс приказал лететь дальше. Между тем погода все ухудшалась, усиливался встречный ветер, видимость была минимальной. Между Литцманнштадтом и Бреслау (ныне соответственно Лодзь и Вроцлав, Польша) у «Хейнкеля» заглох левый двигатель, и запустить его снова не удалось.
Вместо того чтобы приземлиться на ближайшем полевом аэродроме, Колбе решил дотянуть до имевших бетонные взлетно-посадочные полосы аэродромов Шёнгартен (ныне Страховице) и Гандау (ныне Гадов), располагавшихся соответственно около западной и северо-западной окраины Бреслау. Можно только гадать, повлиял ли Мёльдерс на решение пилота или нет. В непосредственной близости от аэродрома Гандау бортрадист «Хейнкеля» обер-фельдфебель Тенц передал по радио: «Идем на одном двигателе. На борту оберст Мёльдерс».
Тем временем самолет быстро терял высоту. Прыгать с парашютами было поздно, так как высота была уже слишком мала. На земле слышали, как «Хейнкель» дважды облетел аэродром Шёнгартен, но из-за густого тумана так и не смогли его увидеть. Когда он стал заходить на посадку в третий раз на обоих аэродромах, расположенных на небольшом расстоянии друг от друга, включили все наземное освещение. Одновременно пуская зеленые сигнальные ракеты, с земли пытались хоть как-то показать экипажу направление взлетно-посадочной полосы.
В это время «Хейнкель» на очень малой высоте летел прямо в направлении расположенной поблизости от аэродрома подвесной канатной дороги. Увидев прямо по курсу возникшую из тумана одну из кирпичных опор этой дороги, Колбе попытался немного набрать высоту и отвернуть в сторону, чтобы избежать лобового столкновения. Однако именно в этот момент отказал правый и последний двигатель. Задев левой плоскостью кирпичную стену опоры, «Хейнкель» в 11.30 упал на землю. Его развернуло на 180°, и фюзеляж разломился на две части.
Когда спасатели смогли добраться до носовой кабины и взломать ее, то они обнаружили безжизненное тело Мёльдерса. Он был уже мертв – у него был перелом позвоночника и сильный ушиб грудной клетки. Возможно, он остался бы жив, если бы воспользовался привязными ремнями. Пилот «Хейнкеля» обер-лейтенант Колбе, пристегнутый ремнями, был еще жив, когда его вытащили из-под обломков, но по дороге в госпиталь он скончался. Погиб также и бортмеханик обер-фельдфебель Хоббе. Майор Венцель, получив тяжелое сотрясение мозга и несколько переломов рук и ног, остался жив. Пережил аварию и бортрадист Тенц, отделавшийся лишь переломом лодыжки.
После трагической гибели Мёльдерса в Германии объявили национальный траур. В тот же день JG51, которую он ранее возглавлял, получила почетное наименование «Мёльдерс». 25 ноября траурный поезд доставил гроб с его телом из Бреслау в Берлин.
28 ноября 1941 г. в 11.00 началась церемония похорон, имевшая государственный статус. Лафет с гробом сопровождал почетный караул из лучших пилотов Люфтваффе – Адольфа Галланда, Йоахима Мюнхенберга, Вольфганга Фалька, Гюнтера Лютцова, Вальтера Оесау, Йоханна Шалка, Герберта Камински и Карла-Готтфрида Нордманна, а вслед за ним шел Геринг. На протяжении всего пути к кладбищу на тротуарах стояли десятки тысяч людей, отдавая последние почести Мёльдерсу. Он был похоронен на кладбище Инвалидов, на котором уже покоились легендарные немецкие летчики и асы Первой мировой войны Манфред фон Рихтхофен и Эрнст Удет. Батареи 88-мм зенитных орудий, размещавшиеся в парке Тиргартен, дали прощальный салют.
Вернер Мельдерс, несомненно, был одним из самых известных военных в Германии. По популярности с ним тогда могли сравниться, пожалуй, лишь командир подлодки U-47 капитан-лейтенант Гюнтер Прин, прославившийся дерзким проникновением на британскую военно-морскую базу Скапа-Флоу и потоплением линкора «Ройал Оак», и генерал-оберст Эрвин Роммель, отличившийся в ходе боев в Северной Африке. Его смерть вызвала у немцев искреннюю скорбь. Для простых людей было что-то странное в загадочной смерти Удета, ведь официально сообщили, что тот погиб при испытаниях нового самолета, и последовавшей сразу же вслед за ней трагической гибели Мёльдерса.
Как это нередко бывает, уже вскоре по стране поползли самые различные слухи. При этом часть из них имела явно антинацистскую направленность. Так, говорили, что катастрофа была организована службой СС, что Мёльдерс был еще жив, когда его нашли в разбившемся самолете, и что только потом он был убит эсэсовцами.
Также утверждалось, что Мёльдерс якобы вообще не погиб, а попал в концлагерь за свои убеждения. Было общеизвестно, что он отвергал муштру и бездумное повиновение и, будучи убежденным католиком, даже на войне стремился блюсти основные христианские принципы. Это прямо противоречило нацистской идеологии, подразумевавшей слепое повиновение не только вождю – фюреру, но и вообще – власти. Руководство Третьего рейха отвергало христианство, считая его принципы сострадания и любви к ближнему опасными «не германскими» идеями. Гитлер говорил, что христианство – это религия, защищающая слабых и униженных, заставляющая людей «гнуть спину по звуку церковного колокола и ползти к кресту чужого Бога». Он призывал создать новую германскую религию: «Или у нас будет германский бог, или не будет никакого. Мы не можем преклонять колени перед всеобщим богом, который уделяет больше внимания французам, чем нам. Мы, немцы, были оставлены христианским богом на произвол судьбы. Он несправедлив, и потому мы терпели поражения, что верили ему, а не нашему, германскому, богу».
