В течение последующего времени «Сисой Великий» и «Наварин» постоянно посещали или несли стационерную службу в Нагасаки, Талиенване, Фузаие и Чемульпо. Наряду с Порт-Артуром много времени простаивали во Владивостоке. Однажды «Наварин» попал в жестокий, третий по счету со времени выхода из Кронштадта, шторм. Выйдя в конце августа 1899 г. для докования во Владивосток и проведя по пути торпедные стрельбы, броненосец зашел в Нагасаки. Через несколько дней, попрощавшись с находившимися там канонерской лодкой «Кореец» и французским крейсером «Jean Bart», «Наварин» зашел на время для встречи с «Владимиром Мономахом» в Фузан и после этого взял курс на Владивосток.

В ночь с 8 на 9 сентября осенний ветер резко усилился до 9 баллов. Поднялось сильное волнение, и кораблю пришлось максимально уменьшить ход. Но это лишь незначительно ослабило удары встречных волн. И все же без повреждений не обошлось. Бурными водяными потоками выбило палубную настилку у выступа среднего мостика под 47-мм пушкой Готчкисса. «Броненосец сам по себе хорошо держался на волнении. Но палуба покрывалась водой, и масса брызг, попадая на мостики и в казематы, заставляет скучивать команду в батарее и жилой палубе. В первый раз за всю службу броненосец делал такой бурный переход», — писал затем в своем отчете командир корабля.

В Порт-Артур прибыло пополнение. С Балтики пришли три однотипных броненосца «Полтава», «Севастополь» и «Петропавловск». А в 1899 г. в Китае разразилось Боксерское восстание, известное в морской истории как конфликт у форта Таку. «Наварин» назначили стационером в Печелийском заливе в бухту Шанхай-Гуан. 6 января 1901 г. броненосец бросил якорь на рейде у мятежного форта. К тому времени восстание подавили, но в районе находилось еще много солдат экспедиционных корпусов из Англии, Германии, Австрии и Японии. Были в регионе и русские казацкие формирования. Они прибыли на крейсере 2 ранга «Москва» и пароходе «Хабаровск».

Из доставшихся России трофеев на пароход «Хабаровск» погрузили два 120- мм и 3 210-мм устаревших орудия. Столько же досталось и другим участникам штурма Таку. Из принадлежащих Китаю кораблей России передали истребитель «Таку», он затем получил новое имя «Лейтенант Бураков». Кроме войсковых транспортов на рейде стояли и крейсера объединенной эскадры: английский «Bonaventure», германский «Hertha», австрийский «Astrea» и японский «Naniva». Но все же на берегу еще было неспокойно. «Наварину» пришлось в течение всей стоянки держать в готовности десантную роту. Небезынтересно отметить, что в тот период на броненосце служил вахтенным начальником лейтенант М. Ставраки, будущий сослуживец П.П. Шмидта, руководивший в 1905 г. его расстрелом на острове Березань.

Через педелю стоянки с германского крейсера предусмотрительно прибыла делегация, и командира уведомляли о праздновании 14 января дня рождения германского кайзера. Получили приглашения и командиры других кораблей. Но произошло непредвиденное. Из Лондона пришло известие о смерти символа Англии и всех ее обширных колоний королевы Виктории. Так в один день кораблям предстояло отметить два события, столь разнящихся между собой. Но отличавшиеся холодной учтивостью офицеры британского корабля и командир крейсера «Hertha» пришли к компромиссному решению.

Утром 14 января после подъема на «Наварине» Андреевского флага его через несколько минут приспустили. На грот- мачте одновременно взвился английский флаг. За четверть часа до полудня кормовой флаг вновь подняли «до места», а английский спустили. Затем «Наварин» и все корабли, включая и английский крейсер, украсились флагами расцвечивания. На грот-мачте теперь подняли флаг Германской империи, и корабли отсалютовали в честь Вильгельма II. После салюта все повторилось снова. Андреевский флаг приспустили. Сняли германский флаг и флаги расцвечивания, а на грот-мачте вновь взвился Унион-Джек.

Крейсер «Bonaventure» начал положенный только кораблям «ее величества» траурный салют из залпов, равных числу прожитых королевой лет. Их с минутным интервалом прозвучало 81. Во время салюта все без исключения корабли на рейде стояли с приспущенными флагами. Период правления королевы Виктории и вся Англия той поры вошли в историю как «викторианская» эпоха, олицетворявшая собой строгое соблюдение всеми традиций и морали, уходивших корнями во времена средневековья. Викторианская эпоха явилась и эпохой расцвета флота Англии. Ему не было равных.

Через день из Лондона пришло известие о восшествии на королевский трон наследного принца Альберта Валийского. Англия получила нового монарха короля Джорджа VII. Корабли вновь украсились флагами и отсалютовали 21 залпом. В этот же день стационерная служба «Наварина» окончилась. Его сменил прибывший из Порт- Артура «Владимир Мономах».

Дальнейшие плавания «Наварина» проходили спокойно в повседневных занятиях и учениях. Лишь однажды во время перехода в Порт-Артур по вине машинной команды был выведен из строя один из котлов. Котел вскоре отремонтировали, и это не оказало заметного влияния на боевую готовность корабля.

На начало XX века пришелся необычайный рост японского флота. В 1902 г. в его составе находилось 8 броненосцев, 20 крейсеров и множество других боевых кораблей. В противовес этому Николай II утвердил план постепенного усиления Тихоокеанской эскадры. Согласно плану, в 1902 г. на Дальний Восток уходили новые корабли: броненосцы: «Ретвизан» и «Победа», крейсера «Аскольд», «Богатырь», «Баян», «Диана», «Паллада», «Боярин» и пять 350-тонных миноносцев. Одновременно к уходу в Кронштадт для ремонта начали готовить некоторые корабли Тихоокеанской эскадры и для перехода создали отряд под командованием адмирала Г.П. Чухнина. В отряд вошли семь кораблей: броненосцы «Сисой Великий», «Наварин», «Николай I» и крейсера «Адмирал Нахимов». «Дмитрий Донской», «Владимир Мономах» и «Адмирал Корнилов». Из Средиземного моря в Россию уходили крейсера «Герцог Эдинбургский» и «Крейсер».

Всем им предстояло пройти серьезный ремонт в Кронштадте.

В полдень 3-го марта согласно предписанию Главного Морского Штаба вверенный мне отряд в составе эскадренных броненосцев «Император Александр II» и «Наварин», минного крейсера «Посадник» с миноносцами N9 119 и № 120 по сигналу с флагмана снялся с якоря для следования по назначению.

Выйдя за входные бочки, отряд построился по заранее объявленной диспозиции таким образом, что эскадренный броненосец «Император Александр II» имел на левой раковине в расстоянии 3-х кабельтовое «Наварин», на правой «Посадник» с миноносцами. Эскадронный ход сигналом назначался 9 узлов.

4-го августа в 2 часа пополудни вблизи маяка Тахкона, пользуясь тихой погодой, дал отдых команде миноносцев и приказал миноносцу № 119 принять буксир с «Александра II», а № 120 с «Наварина». Ночью (около 2-х часов) с 4-го на 5-е августа при небольшой зыби от SW на миноносце № 120 лопнула брага, и он до утра шел самостоятельно. Утром перед подъемом флага отдал буксир и миноносец № 119.

В 10 часов 15 минут 7 августа минный крейсер «Посадник» и миноносцы пошли в Киль, а броненосцы направились в Большой Белы к маяку Факкиеберг на южной оконечности Лангеланда.

9-го августа утром у Христианзанда отряд принял лоцмана, вошел на рейд, отсалютовав нации, получив с крепости ответ тем же числом выстрелов. Военных судов на рейде не застал. Простояв на рейде 4 дня и предоставив командирам осмотреть машины, принять пресную воду в котлы, а «Наварину» погрузить уголь, я 15 августа снялся с якоря и направился в Портленд.

16-го утром мой отряд вошел в Портлендскую гавань и стал на якорь. На рейде застал следующие суда английского флота: броненосец «Александра» (стационер), отсалютовавший мне по уставу, учебные суда «Минотавр», «Уорендер» и «Мартин», служащие для обучения юнг. Все они парусные (за исключением «Минотавра») и каждый день выходят в море для лавировки.