Налег был удачен – немцам удалось уничтожить на земле несколько «Спитфайров». 20 августа в 7:10 утра командир 302-го дивизиона RAF майор А.Дж. Сетчелл (Saychell) сбил один Юнкерс Ju 88А-1 (4D+IS) из 8./KG 30. Немецкий самолет рухнул у Натрингтона около Гулля. На следующий день Люфтваффе потеряло еще три Ju 88А – два из KG 54 и один из KG 30. 22 августа 1940 i-ода Ju 88А из KG 30 атаковали конвой «Тотгаз», шедший вдоль побережья Шотландии по направлению порта Уик. Истребители из 152-го дивизиона RAF сбили Юнкерс из 3.(F)/121, выполнявший разведывательный полет над Бристольским каналом. В сентябре-1940 года Ju 88А наносили удары по аэродромам и другим наземным целям, например оборонным заводам, разведывали и бомбили английские корабли и суда.
Особенно успешным оказался налет двух бомбардировщиков (вероятно из KG 51) на аэродром Бриз Нортон в графстве Оксфордшир, Самолеты сбросили две бомбы массой 250 кг и тридцать три бомбы массой 50 кг. Бомбы накрыли несколько ангаров, в которых стояли 46 учебных самолетов (Hawker «Hart», DeHavilland «Tiger Moth», Miles «Master» и Miles «Magiser»). Кроме того, было повреждено еще семь учебных самолетов и одиннадцать истребителей Hawker «Hurrikane» Mk. I, находившихся в ремонте.
Осенью и зимой 1940-1941 года Ju 88 участвовали в ночных налетах на города в южной и восточной части Англии. В ночь с 14 на 15 ноября немцы нанесли бомбовой удар по Ковентри.
В январе 1941 года Ju 88А находились на вооружении следующих частей Люфтваффе: 2-й воздушный флот (Luftflotte 2) – в KG 30 «Adler» было 90 самолетов из них 43 боеспособных, 3-й воздушный флот – в II./ KG и IIL/KG I «Hindenburg» было 55 самолетов из них 15 боеспособных, в KG 76 – 83 самолета Ju 88А (боеспособных только 6) и несколько более старых Dol7Z-2, в KG 77 было 87 самолетов (36 исправных), в KG 54 «Totenkopf» – 59 Юнкерсов Ju 88 (33 исправных), в LG 1 было 98 самолетов Ju 88А. В 806-й группе морской авиации (Kuestenfliegergruppe 806) было 12 Ju 88.
В ноябре 1940 года Гитлер приказал перебросить на Средиземноморье несколько авиационных частей, которые предназначались для поддержки итальянцев, атак на Мальту и английский флот, а также для действий в Северной Африке. Из Норвегии на Сицилию перебросили X авиационный корпус под командованием генерал-лейтенанта Х.Ф.Гислера (Giesler). В состав корпуса входили две эскадрильи дальней разведки l.(F)/121 и 2.(F)/123, оснащенные самолетами Ju 88D. а также II./LG I и III./LG I. Первой крупномасштабной акцией на Средиземноморье была «Illustrious Blitz» – налет на поврежденный авианосец «Илластреис», находящийся на Мальте. 16 января 17 Ju 88А и 44 Ju 87 R «Stuka» под прикрытием немецких и итальянских истребителей атаковали портовые постройки и береговую артиллерию. Один Ju 88 (L1+CT) из LG 1 пилотированный оберлейтенантом Карлом Пихлером (Pichler) был сбит, три бомбардировщика получили тяжелые повреждения и разбились при заходе на посадку на аэродроме Катания. Еще два Ju 88А были разбиты уже на земле после того, как на них рухнул итальянский бомбардировщик. 18 и 19 января Ju 88А из LG 1 вновь бомбардировали Мальту. Англичанам удалось сбить самолет L1+ES командира 8./LG 1 капитана В.Дурдека (Durdeck), еще один поврежденный Ju 88А совершил вынужденную посадку в Подзалло. Неудачей закончился разведывательный полет шести Ju 88А из 8./ LG 1, совершенный вечером 23 января 1941 года. У самолетов закончилось топливо над морем и экипажи были вынуждены покинуть машины. Спастись удалось только пилоту L1+CS старшему сержанту Херберту Изахену (Isachen). На следующий день 4./ LG 1 потерял еще один Ju 88А, сбитый английским истребителем Gloster «Sea Gladiator» из 806-го дивизиона FAA (Fleet Air Arm – военно-морской флот Великобритании). Двумя днями позже несколько «Hurrikane» сбили разведчик Ju 88D из I .(F)/ 121.3 февраля Юнкерсы атаковали мальтийские аэродромы Халь-Фар, Лука и Калафрана. Всего над Мальтой Люфтваффе потеряло 12 Юнкерсов А и D.
Первым самолетом, который немцы потеряли в Северной Африке, был Ju 88D из 2.(F)/123, сбитый 3 февраля 1941 года над Триполи «Hurrikane’oM» Mk.IA из 73-го дивизиона RAF. Целями бомбардировщиков из LG 1 были Бенгази, Триполи и Тобрук. 15 февраля 1941 года английские зенитчики сбили над Мальтой очередной Ju 88А из 7./ LG 1. Во время контрнаступления немецко- итальянских войск Юнкерсы бомбили скопления войск союзников. Другой целью немецких бомбовозов были английские морские конвои, направляющиеся на Мальту и в Алекстандрию.
В налетах на Мальту участвовали еще две части морской авиации, Kuestenfliegergruppe KueFlGr 806 и 506, оснащенные самолетами Ju 88А.
Бомбардировщики и разведчики Ju 88 использовались во время балканской кампании против Югославии и Греции. К началу боевых действий на юге Европы Ju 88 состояли на вооружении следующих частей: Luftflotte 4 – Stab. I./KG 51 и II./KG. базирующиеся в Винер-Нойщтадте (Австрия): III. KG5I в Вене-Швехат; 4.(F)/121 в Сайринге (Австрия); I./LG I в Крумово (Болгария). Кроме того, в балканской кампании, по-видимому участвовали II./LG 1 и III./LG 1.
Утром 6 апреля 1941 года Ju 88 и Ju 87 атаковали аэродромы Велес, Скопье и Стип. Бомбардировщики из KG 51 участвовали в налетах на Белград. Три Ju 88 были повреждены югославскими истребителями. На следующий день Ju 88 из KG 51 продолжили налеты на Белград, на этот раз потери были высоки. Три бомбардировщика (9L-GL. 9L+MK и 9К+КН) из I./KG 51 были сбиты югославскими истребителями, а два самолета, получивших повреждения, разбились, совершая вынужденную посадку на аэродромы Арад и Речита в Румынии. 12 апреля «Hurrikane» из 4-го югославского авиационного полка сбил в районе Баня-Луки Ju 88А из II./KG 51 (9K+LP, пилот оберлейтенант X.Вестей (Westen)). Над аэродромом Мостар югославский «Hurrikane» атаковал самолет сержанта Гюгельса (Guegels) из II./KG 51, однако немецкий стрелок оказался искуснее. 13 апреля Юнкерсы Ju 88 из KG 51 бомбардировали курорт Илиджа – место дислокации эвакуационного правительства Королевства Сербов, Хорватов и Словенцев (так в то время официально называлась Югославия).
FuG-220/228 «Лихтенштейн» SN-2/SN-3. РЛС FuG-220 являлась продуктом фирмы Телефункен, по была снабжена четырьмя антеннами Hirschgeweih, которые с различных формах широко применялись на самолетах Ju-88G. Первые РЛС «Лихтенштейн» SN-2h дополнялись радиолокаторами FuG-212, которые «закрывали» мертвую зону РЛС SN-2 на ближних дистанциях. В этом случае на самолете ставились еще и антенны Matratzen (как на снимке вверху), или же, чаще, одна широкоугольная антенна Weitwinkel. Улучшенный радиолокатор FuG-220 позволил отказаться от использования РЛС FuG-212 в случае монтажа РЛС SN-2c. Следом появилась РЛС SN-2d с диполями, расположенными под углом 45 градусов (внизу). По крайне мере, один Ju-88 был оборудован РЛС SN-2 с диполями, установленными над и под фюзеляжем. В РЛС SM-3 использовались ножевидные антенны, было изготовлено только десять комплектов таких радиолокаторов.
FuG-218 «Нептун» VR/GR. РЛС «Нептун» VR была разработана фирмами Флюгфунк Фаршунгзашшайт и Сименс. РЛС объединила в одну систему поисковый радиолокатор и радиолокатор защиты хвоста. Антенны устанавливались в носовой и хвостовой частях фюзеляжа. Носовая антенна представляла собой четыре диполя, установленной на одной центральной штанге. Эти антенны получили название Morgenstern, они ставились как открыто (на снимке слева, Ju-88G-6 из Stab II./XJG-5), так и под радиопрозрачным обтекателем (на снимке справа). РЛС «Нептун» GR отличалось повышенной мощностью излучения и могла работать на одной из шести выбираемых частот.
