В марте 1941 года Ямамото и Генда приступили к новому туру обсуждений плана. Спустя два месяца все детали удалось согласовать. Оставалось решить несколько технических вопросов, к сожалению, решение многих из них оттянули до последней минуты.

Пока шли учения японских авианосцев в заливе Кагосима, разведка на Гавайях следила за маневрами американского флота. 22 марта 1941 года японским резидентам на Гавайях было приказано активизировать деятельность и активнее использовать подкуп для получения информации. Американцы перехватили этот приказ, но со странным упорством проигнорировали его.

10 апреля 1941 года был сформирован 1-й воздушный флот. Одновременно сформировали 1-й дивизион авианосцев, в состав которого вошли «Акаги» и «Kara». Сопровождение авианосцев обеспечивали четыре эсминца. В состав 2-го дивизиона авианосцев вошли «Сорю» и «Хирю» с четырьмя другими эсминцами сопровождения.

Авианосец «Сёкаку».

Авианосец «Дзуйкаку».

В конце апреля в районе острова Кюсю прошли интенсивные учения, в ходе которых отрабатывалось бомбометание по кораблям. В качестве цели использовался линкор «Сетцу». Первый налет пикирующие бомбардировщики провели с высоты 3000 м. В качестве бомб использовали десятикилограммовые дымовые бомбы. Результаты бомбометания оказались символическими. В ходе длительной штурмовки удалось добиться всего пяти попаданий.

На основе разведывательной информации Генда заключил, что американские самолеты никогда не патрулируют северные районы Гавайев. Вероятность встретить в том районе американские корабли также была минимальной. Осенние и зимние туманы, которые накрывали Гавайи с севера и северо-востока, могли послужить отличным укрытием для японской эскадры. При этом американцы могли заметить японские корабли лишь в конце маршрута, уже в момент старта самолетов. Серьезную проблему представлял ограниченный запас топлива, пополнять который приходилось бы по дороге с помощью танкеров. Японские корабли не были приспособлены для столь дальних походов — политика императорской Японии не предполагала строительства кораблей с большим запасом хода. Генеральный штаб верил в повторение успеха Цусимы, когда война на море выигрывалась бы в одном генеральном сражении в непосредственной близости от Японии. Только семь кораблей могли пройти маршрут от залива Хитокаппу до острова Оаху. Это были авианосцы «Кага», «Секаку», «Дзуйкаку», линкоры «Хией» и «Кирисима», а также два тяжелых крейсера «Тоне» и «Чикума». Остальным кораблям требовалась дозаправка. В середине 1941 года легкий крейсер «Абукума» и несколько эсминцев проводили интенсивные учения по дозаправке в открытом море. Эсминцы отрабатывали дозаправку, швартуясь к левому или правому борту танкера, а также за его кормой. Авианосцы «Акаги», «Сорю» и «Хирю» должны были взять на борт дополнительный запас топлива в бочках, которые расставлялись по всем свободным участкам палуб. По соображениям остойчивости эсминцы сопровождения и легкий крейсер «Абукума» не могли взять дополнительный запас топлива. Поэтому план предусматривал одну дозаправку для авианосцев и две для кораблей сопровождения. Несмотря на высокую подготовку экипажей, большой фактор неопределенности вносила погода, из-за которой вся операция могла быть поставлена под вопрос.

До этого времени еще не был решен вопрос о том, как придется сбрасывать торпеды в высокие волны Перл-Харбора. Рапорты от офицеров, посетивших Трент, позволили начать работы в этом направлении. Арсенал в Йокосуке приступил к модернизации имеющихся торпед. Однако пробные сбросы торпед не принесли ожидаемых результатов. Торпеды зарывались слишком глубоко, и требовалось не менее 200 метров, чтобы торпеда вышла на боевую глубину. Таким образом, применять торпеды при налете на Перл-Харбор не было никакой возможности. Кроме того, американцы обычно швартовали корабли парами. Снаружи линкоры прикрывались менее крупными кораблями, поэтому были хорошо защищены от торпед. Единственной возможностью поразить линкор было использовать бронебойные бомбы. Из имевшихся в арсенале японской авиации бомб ни одна не могла подойти на эту роль.

Самыми маленькими авианосцами в операции были «Сорю» (сверху) и «Хирю» (снизу).

Группа летчиков-истребителей с «Сёкаку», ноябрь 1941 года, база Оита. Во втором ряду второй слева лейтенант Macao Изука. Рядом с ним капитан Такуми Хоаси.

Пробные метания бомб массой 250 кг прошли успешно, но по расчетам бомбы не пробивали броню американских линкоров. Было решено использовать в качестве бомб 409 мм снаряды главного калибра линкоров «Нагато» и «Муцу». На снаряд наваривалось хвостовое оперение, и получалась авиабомба массой 800 кг. Такая бомба по расчетам уже могла пробить самую толстую броню линкора класса «Maryland», и разорваться внутри корпуса корабля, причинив ему тяжелые повреждения. Импровизированную бомбу приняли на вооружение как Тип 99 номер 80 модификация 5. Очень быстро были готовы несколько бомб, которых использовали в опытном бомбометании по макету линкора «West Virginia». Однако все бомбы, сброшенные самолетами морского авиационного корпуса из Йокосуки, легли мимо цели. Вскоре к испытаниям привлекли пилотов 1-го воздушного флота Мицуо Фучиды. Новая серия испытаний также закончилась неудачно. Макет удалось поразить лишь спустя несколько дней. Было решено, что бомбометание будет проводиться с высоты 3000 метров, опускаться ниже было невозможно из-за зенитного огня.

25 августа подполковник Мицуо Фучида (15 октября произведенный в полковники) прибыл на борт авианосца «Акаги» в качестве командующего всех частей 1-го воздушного флота.

Истребители с «Акаги», январь 1941 года, база Кагосима. Во втором ряду в центре подполковник Сигеру Итая, командир истребителей сопровождения первого эшелона. Справа от него сидит капитан Сабуро Синдо.

Экипажи пикирующих бомбардировщиков с «Акаги», январь 1941 года, база Кагосима.

Экипажи пикирующих бомбардировщиков с «Сорю», ноябрь 1941 года, база Касанохара.

Группа истребителей с «Дзуцкаку» на палубе авианосца перед налетом. Во втором ряду третий справа капитан Macao Сато, командир эскадрильи. Слева от него капитан Масатоси Макино, дальше лейтенант Юзо Цукамото (командир группы прикрытия эскадры).

Вместе с Минору Генда он проводил в заливе Кагосима подготовку пилотов, которые должны были участвовать в налете на Перл-Харбор. В ходе учений снова обнаружилась проблема с торпедами. Пилотам не удавалось сбросить торпеды при глубинах менее 12 метров, несмотря на то, что торпеды оснащались деревянными стабилизаторами. Учения продолжались весь сентябрь, но так и не дали ожидаемых результатов.

В конце сентября группа японских специалистов из Йокосуки, проводившие эксперименты над торпедными стабилизаторами, удалось добиться первых успехов. Работая над торпедой Модель 2, они сумели добиться уверенного сброса торпеды при глубинах до 13 м.

В октябре новая торпеда была принята на вооружение как Тип 91 Модификация 2. В конструкцию торпеды по сравнению с базовой моделью внесли ряд изменений, которые, к сожалению, привели к росту массы торпеды. Торпеда оснащалась стабилизаторами, установленными в хвостовой части. Эти стабилизаторы не давали торпеде глубоко зарываться в воду, а также обеспечивали ей быстрый выход на боевую глубину. Торпеду следовало сбрасывать с высоты 10 м (или 20 м для усовершенствованных образцов). Минимальная дальность сброса 200 м. Это расстояние требовалось для активизации запала торпеды. Скорость самолета в момент сброса ограничивалась 160 узлами. Механизм глубины стоял на всех торпедах и позволял торпеде после погружения выходить на глубину атаки 2 метра.