28 апреля, наступая на запад южнее Ландвер-канала, 29-й гвардейский стрелковый корпус 8-й гвардейской армии пересек железные дороги, которые идут на север к Ангальтскому и Потсдамскому вокзалам. При этом продвижение 9-го механизированного корпуса армии генерала П.С. Рыбалко на север, вдоль железных дорог, к Ландвер-каналу пришлось как раз по тылам 8-й гвардейской армии. Последствия продвижения войск перпендикулярно друг другу могли быть непредсказуемыми.
В 20.45 И.С. Конев направил Г.К. Жукову телеграмму: «По донесению П.С. Рыбалко армии В.И. Чуйкова и М.Е. Катукова получили задачу наступать на северо-запад по южному берегу Ландвер-канала и таким образом режут боевые порядки войск 1-го Украинского фронта, наступающих на север. Прошу изменить направление наступления армий Чуйкова и Катукова». Копия телеграммы тут же была передана в Москву генералу А.И. Антонову. В принципе выполнение просьбы И.С. Конева должно было привести к прекращению наступления армий В.И. Чуйкова и М.Е. Катукова.
Получив телеграмму командующего 1-м Украинским фронтом, Г.К. Жуков доложил И.В. Сталину: «Наступление частей Конева по тылам 8-й гвардейской армии и 1-й гвардейской танковой армии создало путаницу и перемешивание частей, что крайне вообще осложнило управление боем. Дальнейшее их продвижение в этом направлении может привести к еще большему перемешиванию и затруднит управление». Маршал Жуков просил установить новую разграничительную линию между фронтами или заменить войска И.С. Конева в Берлине войсками 1-го Белорусского фронта. Буквально через несколько минут Москва установила такую разграничительную линию, которая требовала вывода армий П.С. Рыбалко и А.А. Лучинского из города на запад.
3а разграничительной линией, которая устанавливалась с 24.00 28 апреля, оказался 9-й механизированный корпус, продолжавший по-прежнему наступать к Рейхстагу. Получив директиву Ставки, И.С. Конев приказал П.С. Рыбалко отвести войска.
«Он (генерал Рыбалко) буквально должен был пересилить себя, чтобы выполнить мой приказ, — вспоминал маршал И.С. Конев после войны. — И я не склонен его осуждать за эти хорошо понятные мне личные переживания».
Первой к Рейхстагу вышла 3-я ударная армия. Наступая с севера, ее 79-й стрелковый корпус прорвался к мосту через Шпрее и после ожесточенных боев в ночь на 29 апреля захватил его. От моста до Рейхстага оставалось каких-нибудь 500 м, но они оказались необычайно трудными. Площадь перед зданием обороняли подразделения СС и батальон фольксштурма. Предыдущей ночью сюда для подкрепления прибыли три роты морской школы из Ростока. Почти 5 тысяч немецких солдат и офицеров, сосредоточенных у стен Рейхстага, поддерживали 3 дивизиона полевой артиллерии и зенитный артиллерийский дивизион. Система обороны на подступах к зданию включала 3 траншеи, прикрытые минными полями и противотанковым рвом с водой, 15 железобетонных ДОТов. Ходы сообщения связывали траншеи с подвалами Рейхстага. В целом оборона была прочной.
Штурм Рейхстага начался перед рассветом 30 апреля. К зданию германского парламента устремились 150-я и 171-я стрелковые дивизии, которыми командовали генерал В.М. Шатилов и полковник А.И. Негода. Первая попытка овладеть зданием с ходу окончилась полной неудачей. Началась тщательная подготовка штурма. Для поддержки атаки пехоты только для ведения огня прямой наводкой было сосредоточено 135 орудий, танков и самоходных артиллерийских установок. Еще десятки пушек, гаубиц и реактивных установок вели огонь с закрытых позиций. С воздуха штурмующих поддерживали эскадрильи 283-й истребительной авиационной дивизии полковника С.Н. Чирвы.
В 12.00 началась артиллерийская подготовка. Через полчаса пехота ринулась на штурм. Ей осталось преодолеть всего 250 м. Казалось, успех был обеспечен. «Вокруг все ревело и грохотало, — вспоминал полковник Ф.М. Зинченко, полк которого входил в 150-ю стрелковую дивизию. — Кому-то из командиров и могло показаться, что его бойцы если еще не достигли, то вот-вот достигнут заветной цели… Вот и полетели по команде донесения. Ведь всем так хотелось быть первыми!..»
Генерал В.М. Шатилов сначала по телефону, а затем и письменно сообщил командиру 79-го стрелкового корпуса генералу С.Н. Перевёрткину, что в 14.25 стрелковые батальоны из дивизий под командованием капитанов С.А. Неустроева и В.И. Давыдова ворвались в Рейхстаг и водрузили на нем знамя. В настоящее время подразделения продолжают очищать здание от немцев.
Столь долгожданная весть понеслась дальше — в штабы 3-й ударной армии и 1-го Белорусского фронта. О ней сообщило советское радио, а следом и зарубежные радиостанции. Военный совет фронта приказом от 30 апреля уже поздравил воинов с одержанной победой, объявил благодарность всем солдатам, сержантам, офицерам 171-й и 150-й стрелковых дивизий и, разумеется, генералу С.Н. Перевёрткину и обязал военный совет армии представить наиболее отличившихся к наградам.
К Рейхстагу устремились военные кинооператоры, фотокорреспонденты, журналисты, среди них известный писатель Б.Л. Горбатов. Увиденное разочаровало: штурмующие батальоны по-прежнему вели бои на подступах к зданию, где ни одного советского солдата и ни одного флага не было.
Третья атака началась в 18.00. Вместе с атакующими батальонами 674, 756-го и 380-го стрелковых полков, которыми руководили, соответственно, подполковник А.Д. Плеходанов, полковник Ф.М. Зинченко и исполняющий обязанности командира майор В.Д. Шаталов, наступали двегруппы добровольцев, возглавляемые адъютантом командира 79-го стрелкового корпуса майором М.М. Бондарем и командиром батареи управления командующего артиллерией корпуса капитаном B. Н. Маковым. По инициативе командования и политотдела корпуса эти группы были созданы специально для водружения изготовленных в корпусе флагов.
Эта атака увенчалась успехом: батальоны капитанов C. А. Неустроева, В.И. Давыдова, старшего лейтенанта К.Я. Самсонова и группы добровольцев ворвались в здание, о чем Зинченко доложил генералу В.М. Шатилову. Тот всю вторую половину этого дня неоднократно требовал ворваться в Рейхстаг и, что его больше всего беспокоило, водрузить на нем знамя. Доклад обрадовал командира дивизии и одновременно огорчил: знамя все еще не было установлено. Генерал приказал очистить здание от противника и «немедленно установить на его куполе знамя военного совета армии!» Чтобы ускорить выполнение задачи, командир дивизии назначил Ф.М. Зинченко комендантом Рейхстага.
Однако полковник Ф.М. Зинченко понимал, как он писал уже после войны, «что ни за вечер, ни в течение ночи рейхстаг полностью не очистить, но знамя должно быть установлено любой ценой!..» Он приказал до наступления темноты отбить у противника как можно больше комнат, а затем дать личному составу небольшой отдых. Для водружения знамени военного совета армии, врученного полку еще 26 апреля, командир выделил группу во главе с политработником батальона 150 сд лейтенантом А.П. Берестом. Входившие в нее сержанты М.А. Егоров и М.В. Кантария в ночь на 1 мая водрузили флаг на Рейхстаге. Через два дня он был заменен большим красным стягом. Снятый флаг 20 июня специальным рейсом самолета с воинскими почестями отправили в Москву. Он стал почитаться как Знамя Победы, которое хранится в Центральном музее вооруженных сил России.
Кроме знамени военного совета армии на здании Рейхстага было укреплено много других флагов. Первый флаг водрузила группа капитана В.Н. Макова, которая атаковала немцев вместе с батальоном капитана Неустроева. Возглавляемые капитаном добровольцы старшие сержанты А.П. Бобров, Г.К. Загитов, А.Ф. Лисименко и сержант М.П. Минин сразу же бросились на крышу Рейхстага и укрепили флаг на одной из скульптур правой башни дома. Произошло это в 22.40, что на два-три часа раньше водружения флага, которому историей суждено было стать Знаменем Победы.
Большая группа воинов была представлена к наградам, а вся группа капитана В.Н. Макова по ходатайству командира 79-го стрелкового корпуса — к званию Героя Советского Союза. Однако приказом командующего 1-м Белорусским фронтом от 18 мая 1945 года их удостоили только орденом Красного Знамени. Такую же награду получили М.А. Егоров и М.В. Кантария, а звание Героя им было присвоено вместе с командирами штурмовавших рейхстаг батальонов В.И. Давыдовым, С.А. Неустроевым и К.Я. Самсоновым только через год — 8 мая 1946 года, к первой годовщине Победы над нацистской Германией.