Макаров сам считал, что с началом войны его место на Востоке, а не при исполнении должностей генерал-губернатора Кронштадта и командира Кронштадтского порта, пусть даже и высоко значимых в адмиральской иерархии Российского Императорского флота. Он с горечью говорил окружающим:

— Сегодня я предпочел бы служить не в Кронштадте, а в Порт- Артуре...

— Меня пошлют туда, когда дела наши станут совсем плохи...

Последние слова донес до нас биограф Степана Осиповича Ф. Ф. Врангель. Продолжение этого абзаца, не опубликованного по приказанию генерал-адмирала великого князя Алексея Александровича, было следующим:

«...Наш флот и без того слабее японского, а с устройством военного порта в Порт-Артуре наши морские силы раз-биты надвое, и между ними находится неприятель. Самая важная стратегическая задача — разделить неприятельские силы — решена нами в пользу Японии.

Да и притом, что бы я нашел там? Мой тактические взгляды известны: я сторонник многочисленных, однородных по типу судов и подавляющего превосходства в числе миноносцев, — я нашел бы в Порт-Артуре разнородную по составу эскадру, с несколькими броненосными колоссами, при числе минных судов, во много раз уступающем японцам.

Я всегда ратовал за необходимость флотоводцу лично много плавать в мирное время со своим флотом, чтобы вселить во всех подчиненных сознательное усвоение его тактических взглядов, а адмирала познакомить с качествами судов и с характером их командиров; получил бы я эскадру, обученную другим начальником, да притом ради сбережения угля исполнявшую скорее гарнизонную службу, чем морскую».

Пока на Дальнем Востоке окончательно вызревала война, Степан Осипович между служебными делами в Кронштадте, написанием «предупредительных записок» выше продолжал заниматься и делами науки. Это были последние его научные заботы. Макаров пророчески скажет своему биографу Ф. Ф. Врангелю перед отъездом на Дальний Восток, в Порт-Артур:

— Неужели мои полные неудачи в организации научных исследований последних двух лет станут предвестниками бед на войне?..

Действительно, великого ученого в адмиральском мундире последние годы преследовали болезненные неудачи. Хотя все обычно начиналось хорошо. Так, газета «Русские ведомости» информировала своих читателей в июле 1902 года:

«Главным Командиром Кронштадта С. О. Макаровым разрабатывается проект новой организации беспроволочного телеграфа на судах флота».

Радиосвязь, с легкой руки вице-адмирала Макарова, получила новое развитие. Однако ему было отказано в желании установить телеграфный аппарат Попова на ледоколе«Ермак» за неимением казенных средств. А радиостанция тех лет так была необходима экипажу ледокольного судна.

Полярный исследователь пытается издать свои новый труд — «Плавание «Ермака» на Новую Землю и Землю Франца-Иосифа в 1901 году», но средств нигде не находит.

Морское ведомство на такую просьбу ответило отказом:

— Денег на печатание частных трудов пока нет. Государство ведет крупные кораблестроительные программы. Да к тому же идет война...

Еще 17 мая 1902 года флотоводец получает прием у императора Николая П. Он пытается увлечь монарха планами освоения Северного морского пути, но получает вежливый отказ:

— Я с интересом выслушал ваш рассказ, но в моих глазах вам не нужно защищать вашу мысль, ибо я остаюсь при прежних убеждениях...

Макаров старается возбудить интерес российской общественности, прежде всего научной, к изучению проблем арктического Севера. С этой целью он обращается к председателю Географического общества П. П. Семенову-Тян-Шанскому. Он пытается убедить прославленного ученого в правильности пути исследования Северного Ледовитого океана. Но тот и ранее не верил в макаровские арктические экспедиции на ледоколе «Ермак».

Тогда кронштадтский военный губернатор обращается за поддержкой в российское Физико-химическое общество. Он пишет в письме его секретарю Н. Г. Егорову:

«Не исследована часть Ледовитого океана, лежащая между путем Нансена и северным берегом Сибири. Длина этой области — 800 мор. миль, ширина — от 250 до 350 миль. То же к северу от Земли Франца-Иосифа и Шпицбер-гена — область длиной 400 миль, шириной 250 миль. На-конец, не исследован весь простор Ледовитого океана, длиной приблизительно 1300 миль и шириной 1100 миль.

На всех этих пространствах не известны ни глубины моря, ни всякие другие океанографические подробности. Так же неизвестно, существуют ли в этих местах земли и острова, или же пространства эти заполнены плавучим, льдом».

Макаровские предложения заинтересовали Физико-химическое общество. Стала разрабатываться программа третьей арктической экспедиции во главе с вице-адмиралом Макаровым. Однако совет Географического общества по настоянию Семенова-Тян-Шанского не поддержал этот полярный проект.

Из-за нежелания Российской Академии наук тратиться на «дела арктические» оказалось отвергнутым и предложение послать Макарова на «Ермаке» для поисков пропавшей экспедиции барона Толя. Академия совсем от поисков не отказывалась, но была против посылки для этой цели дорогостоящего ледокольного корабля.

В скором времени Макаров совсем отказался от составления научных проектов по изучению Арктики. Все помыслы его были теперь прикованы к Дальнему Востоку.

На военном флоте, в самых различных столичных кругах, где обсуждались внешнеполитические проблемы России на Дальнем Востоке, все чаще и чаще стала звучать фамилия Макарова. Все сходились на том, что именно главному командиру Кронштадта надо менять на посту командующего флотом Тихого океана царского наместника адмирала Алексеева. Тот явно оказался не на своем месте.

Государь знал о таком мнении сановитых чинов Морского и Военного ведомства, Министерства иностранных дел. К такому мнению склонилось и большинство членов большого семейства великих князей Романовых:

— На посту командующего флотом Тихого океана должен быть способный на волевые действия адмирал.

— На такое способен сегодня только Макаров. За ним слава парохода «Константина» и ледокола «Ермак».

— Макаров и никто иной среди прочих российских адмиралов.

— Сам Бог указал ему быть в Порт-Артуре. Чтобы воодушевить там воинов и приблизить победу нашей империи над Японией...

Назначение Степана Осиповича Макарова на должность командующего морскими силами России в Русско-японской войне имеет в отечественной истории схожий пример. Примерно в такой же непростой для себя ситуации, в которой оказался император Николай II, был в 1812 году император Александр I, когда решался вопрос о назначении главнокомандующим русской армией генерала от инфантерии Михаила Илларионовича Голенищева-Кутузова. Тогда тоже общественное мнение требовало:

— Только Кутузова! Только его одного! И никого другого во главе русской армии!

Но все же император Николай II колебался. На должность нового командующего флотом Тихого океана у него имелась другая кандидатура — начальник Главного морского штаба вице-адмирал 3. П. Рожественский, бесспорно талантливый флотский командир. Но за Макарова говорило общественное мнение и то, что он прекрасно знал Дальний Восток с его морями.

«Спор при дворе» между двумя вице-адмиралами — Рожественским и Макаровым закончился в пользу последнего. Ему суждено было попытаться совершить перелом в войне на море в пользу России.

1 февраля 1904 года находившийся в Кронштадте вице-адмирал Макаров специальным нарочным из Зимнего дворца получил высочайшее уведомление о том, что всероссийский государь император Николай II именным указом назначил его командующим флотом Тихого океана.

К официальному приказу о назначении следовало весьма существенное прибавление, которое в трудный час для России давало флотоводцу свободу действий:

«Ввиду же возможности перерыва сообщений между Порт-Артуром и главной квартирой Его Императорское Величество повелеть соизволил предоставить вице-адмиралу Макарову все права командующего флотом, предусмотренные Морским уставом, и права главного командира портов Тихого океана».