Его кандидатуру нижегородцы и ополченцы одобрили. В пользу князя говорило многое: не знатен был и далек от продажной правящей верхушки, не имел думного чина, простой стольник. Не сумел сделать придворной карьеры, зато не раз отличался на поле брани. Был верен присяге, не шел на поклон иноземцам. Слава о героических подвигах князя в дни московского восстания весной 1611 года дошла и до Нижнего Новгорода. И жил он в своей вотчине всего в 120 верстах от Нижнего, где с марта по октябрь Дмитрий Михайлович лечился после тяжелых ранений. Особенно трудно заживала рана на ноге — хромота осталась на всю жизнь. Вот почему Пожарский получил прозвище Хромой.
Для приглашения князя Дмитрия Пожарского на воеводство нижегородцы отправили в село Мугреево Суздальского уезда почетное посольство. Есть сведения, что до и после этого у него неоднократно бывал Минин, вместе они обговаривали вопросы организации второго земского ополчения.
Князь Пожарский не сразу принял предложение нижегородцев. Он прекрасно понимал, что, прежде чем решиться на такое почетное и ответственное дело, необходимо учесть все ошибки в организации первого земского ополчения, которые привели к его распаду. Он также понимал, что организаторам и руководителям нового ополчения необходимо завоевать народное доверие. Кроме того, Пожарский был наслышан о «непослушании воеводам» со стороны нижегородцев. А князь, бывший в свои 30 лет уже опытным военачальником, хотел с самого начала обладать всей властью большого воеводы, ибо в этом он видел один из залогов будущего успеха. К нему присылали из Нижнего Новгорода посольства не раз.
В конце концов еще не совсем оправившийся от ранений Дмитрий Пожарский дал свое согласие. Но и он поставил условие, чтобы нижегородцы сами выбрали из числа посадских людей человека, который бы стал вместе с ним во главе ополчения и собирал казну, и предложил на эту должность Кузьму Минина. На том и порешили. Таким образом, в земском ополчении князь Пожарский взял на себя лишь военное дело — вербовку и обучение ополченцев, руководство ими в походах и боях. А «выборный человек всею землею» Кузьма Минин-Сухорук стал заведовать ополченской казной. Таким образом, во главе второго земского ополчения стояли два человека, избранные народом и облеченные его доверием, — Минин и Пожарский.
В конце октября 1611 года Дмитрий Пожарский с небольшой дружиной воинов приехал из села Мугреево в Нижний Новгород и вместе с Кузьмой Мининым приступил к организации народного ополчения.
Они развили энергичную деятельность по созданию войска, которое, по мысли современников, призвано было окончательно освободить Москву от интервентов и тем самым положить начало всенародному делу изгнания иноземных захватчиков с Русской земли. Минин и Пожарский сознавали, что решить стоящую перед ними столь большую задачу они могут, лишь опираясь на «всенародное множество».
Кузьма Минин проявил при сборе средств большую твердость и решимость. От сборщиков налога на ополчение Минин требовал богатым поблажек не делать, а бедных несправедливо не утеснять. Несмотря на поголовное обложение нижегородцев, денег на обеспечение ополченцев всем необходимым все равно не хватало. Пришлось прибегнуть к принудительному займу и у жителей других городов. Обложению подлежали приказчики богатейших купцов Строгановых, купцы из Москвы, Ярославля и других городов, связанных торговыми делами с Нижним Новгородом. Создавая ополчение, его руководители начали обнаруживать свою силу и влияние далеко за пределами Нижегородского уезда. Были посланы грамоты в Ярославль, Вологду, Казань в другие города. В грамоте, разосланной от имени нижегородского ополчения к жителям других городов, говорилось: «Изо всех городов Московского государства дворяне и дети боярские под Москвою были, польских и литовских людей осадили крепкою осадою, но поток дворяне и дети боярские из-под Москвы разъехались для временной сладости, для грабежей и похищения. Но теперь мы, Нижнего Новгорода всякие люди, сославшись с Казанью и со всеми городами понизовыми и поволжскими, собравшись со многими ратными людьми, видя Московскому государству конечное разорение, прося у бога милости, идем все головами своими на помощь Московскому государству. Да к нам же приехали в Нижний из Арзамаса, смоляне, дорогобужане и ветчане… и мы, всякие люди Нижнего Новгорода, посоветовавшись между собою, приговорили: животы свои и домы с ними разделить, жалованье и подмогу дать и послати их на помощь Московскому государству».
На призыв нижегородцев поволжские города откликнулись по-разному. Такие малые города, как Балахна и Гороховец, сразу же включились в дело, Казань отнеслась к этому призыву поначалу довольно прохладно. Ее «государевы люди» считали, что первенствовать должна «царственная Казань — главный город Понизовья». В этих условиях ядром ополчения наряду с нижегородцами становятся служилые люди пограничных районов, прибывшие в окрестности Арзамаса после падения Смоленска, — смоляне, беляне, дорогобужане, вязьмичи, бренчане, рославцы и другие. Их собралось до двух тысяч человек, и все они были опытными ратниками, не раз участвовавшими в боях с польскими интервентами. В дальнейшем в Нижний Новгород пришли дворяне из Рязани и Коломны, а также служилые люди, казаки и стрельцы из «украинных городов», сидевшие в Москве в осаде при царе Василии Шуйском. Все они были пожалованы не хуже смолян. В ополчении наряду с казной была создана и особая канцелярия во главе с дьяком Василием Юдиным.
Узнав о формировании второго земского ополчения в Нижнем Новгороде и не имея возможности противодействовать этому, обеспокоенные интервенты обратились к патриарху Гермогену с требованием, чтобы он осудил подобное начинание. Патриарх отказался это сделать. Более того, по свидетельству летописца, он в сердцах проклял обратившихся к нему по поручению Гонсевского московских бояр как «окаянных изменников». Тогда его и начали «морить голодом». 17 февраля 1612 года Гермоген умер.
Руководителям второго ополчения необходимо было определить свое отношение к подмосковной власти бояр-воевод. Князь Дмитрий Трубецкой, получивший чик боярина в Тушино, и Иван Заруцкий, человек неведомого происхождения (атаман донских казаков), ставший боярином у Лжедмитрия II, не внушали доверия замосковному дворянству и верхушке посадского населения. В подмосковных «таборах» в это время началась скрытая борьба, а взаимное недоверие вождей казацкого войска в конце концов привело к их открытому военному столкновению.
С декабря 1611 года в стране действуют два временных правительства: «Совет всея земли» подмосковных полков, где верховодит атаман Иван Заруцкий, и «Совет всея земли» в Нижнем Новгороде. Если первый являлся в это время лишь военной казачьей организацией, то во второй входили предъявители духовенства и Боярской думы, посадских людей и дворян и даже волостей. Между этими органами власти идет борьба не только за влияние на местных воевод и за доходы, но и по вопросу о том, как освободить столицу. Бояре-воеводы, поддерживаемые властями богатого и влиятельного Троице-Сергиева монастыря, ратуют за скорейший приход ополчения под Москву. Их беспокоит самостоятельность и всевозрастающая сила нижегородской рати. «Совет всея земли» Нижнего Новгорода считает нужным повременить, предпочитая опрометчивым действиям упорную каждодневную работу по организации и сплочению ополчения. Это была линия Минина и Пожарского. Князь Дмитрий в этом политическом противоборстве выступал как «по избранию всей земли Московского государства всяких чинов людей и ратных и земских дел стольник и воевода», а Кузьма Минин — как «выборный человек всею землею».
Взаимоотношения между руководителями второго земского ополчения и подмосковными боярами-воеводами стали откровенно враждебными после того, как Трубецкой и Заруцкий начали переговоры с псковским самозванцем Сидоркой (Лжедмитрием III), которому затем и присягнули. Однако им вскоре пришлось отказаться от своего «крестного целования», так как такой поступок не нашел поддержки у казаков и был резко осужден Мининым и Пожарским.