На следующий день Че начал серию выступлений-дебатов в трех главных университетах страны, начиная с университета провинции Орьенте. Он предполагал обсудить причины расширявшегося разрыва между революцией и учреждениями высшего образования. Студенты, горячо встретившие революцию, оказались теперь выключенными из игры и, поддержав либерально-оппозиционные воззрения своих профессоров, сопротивлялись давлению, имевшему целью привлечь их к участию в революционном процессе. Они, с одной стороны, защищали свою автономию, а с другой - свои политические позиции. Че отправился на дебаты, не собираясь отсиживаться в обороне, и начал свое выступление с вопроса: "Действительно ли университеты неизбежно должны стать консервативными или даже выступить в качестве запала для реакции?"

Речь Че в Сантьяго была очень критичной. Он попытался убедить студентов в том, что университеты сами нуждаются в том, чтобы поддержать планы правительства, даже рискуя при этом потерять свою автономию. Он также просил прекратить споры и конфронтацию, так как студентам предстояло принять участие в создании общественных стандартов и потому следовало признать приоритет дисциплин, необходимых для развития революции. Однако он не прибегал к угрозам или политическому давлению, а "призывал к нормальной дискуссии, настолько ожесточенной или же настолько горячей, как вам захочется, но всегда здравой".

Несколькими месяцами позже университет Лас-Вильяса присвоил Че звание своего почетного преподавателя. Этого звания награжденный, по его собственному ощущению, не заслуживал ("вес уроки, которые мне доводилось проводить, проходили в партизанских лагерях и состояли из ругани и демонстрации личного примера"). Принимая звание как проявление уважения к Поискшческой армии, Че, одетый в военную форму цвета хаки, а не в академическое одеяние, обратился к университету с призывом, "не представлять себя в дурном свете, украсить себя представителями народа, рабочими, кампесинос", открыть свои двери бывшим изгоям общества, ставшим таковыми из-за расизма или экономических факторов. Он также посетовал на то, что правительство "не имеет права голоса в кубинских университетах".

Через три месяца после речи в Сантьяго наступила очередь университета Гаваны. Че гневно заявил, что под видом автономии его студенты проявляют легкомыслие: учебное заведение не отличается высоким уровнем знаний и во множестве присуждает ученые степени в области гуманитарных наук, бесполезных на трудовом рынке; в нем вовсе нет факультета экономики, что является "огромным упущением". Он сожалел, что три главных университета страны не осуществляют никакой координации академических программ, что студенты не имеют подходящих условий для того, чтобы работать над дипломными проектами, сохраняя при этом возможность продолжать занятия и выполнять свои обязанности перед обществом. "Почему университет не в состоянии идти вместе с другими университетами по той же дороге, что и революционное правительство, сверяя с ним шаг?"

Затем Че попросил извинения зато, что вынес противоречия на обозрение телевизионных камер, и приступил к защите слова "координация" против непреклонных сторонников автономии. Для завершения речи он припас весьма спорное положение, демистифицировав понятие "призвания", не без юмора сославшись при этом на свой собственный жизненный опыт: "Я начал обучение в университете как будущий инженер, закончил его как врач, после этого успел побыть военным командиром, а теперь вы (идите меня в качестве лектора". Кажется довольно странным, что Эрнесто Гсвара вдруг выступил против идеи призвания, свободы выбора и ноли, когда его собственная биография являлась непрерывной демонстрацией того, что волю нельзя заключить в тюрьму, созданную здравым смыслом.

10 октября Эрнесто Гевара в Сантьяго-де-Куба принял участие в церемонии, посвященной памяти Орландо, убитого во время диктатуры брата Альберто Фернандеса Монтеса де Ока (Пачо). Впервые за много лет Че вошел в церковь, так как мать погибшего бойца пожелала провести его церковное поминовение.

В тот же самый день министром вооруженных сил был назначен Рауль Кастро. Это вызвало большое недовольство Убера Матоса, командующего войсками в Камагуэе. Перепалка достигла апогея после воздушного налета, приведшего к многочисленным жертвам среди гражданского населения. Его организовал из Майами Диас Ланс. (В первых сообщениях говорилось, что все жертвы явились следствием бомбежки, но Че, не признававший никаких компромиссов с правдой, сказал через несколько лет, что "два человека погибли, а пятьдесят были ранены как сброшенными бомбами, так и огнем собственного зенитного оружия"). Убер Матос в тот же день вместе с четырнадцатью другими офицерами подал в отставку и обвинил Фиделя в том, что тот стал коммунистом. В ответ Фидель приказал Камило Сьенфуэгосу отправиться в Камагуэй, разоружить и задержать Матоса и его людей.

Пять дней спустя на массовом митинге, собравшемся около Национального дворца в знак протеста против воздушных налетов, Че обратился к толпе с вопросом: "Согласно ли революционное правительство и все эти люди уступить иностранному давлению? Согласны отступить?" В ответ раздались единодушные крики: "Нет! Нет!" "Мы не станем второй Гватемалой!" - напомнил Че о недавней участи центральноамериканской страны.

В правительстве произошел новый раскол. Фелипе Пасос, президент Национального банка, в ответ на обещание Фиделя отдать Убера Матоса под суд военного трибунала за измену, пригрозил, что выйдет в отставку; левое крыло правительства также не было согласно с Фиделем.

Раскол углубился в ходе последовавших дебатов, в которых приняли участие несколько министров и Че. Фаустино Перес, Энрике Ольтуски и Рай заявили, что хотя Матос и мог отколоться от революции, тем не менее в его отставке не было никакой измены. Франки вспомнил слова Рауля Кастро о том, что перед лицом иностранной агрессии позиция Матоса была контрреволюционной и что его следует расстрелять. Че в шутку сказал Ольтуски и Раю в ответ на их доводы в пользу Матоса: "Нам придется много стрелять".

Фидель прекратил обсуждение. Он твердо решил, что Матоса следует судить, а несогласных попросил подать в отставку. Че затупился за Ольтуски, Фаустино и Рая, заявив, что раз у них хватило смелости с риском для собственной жизни отстаивать свою позицию, то они должны оставаться министрами. Но Фидель сказал, что они потеряли доверие революции. Началась перестановка. Ольтуски временно остался на своем месте, двое других покинули правительство в ноябре; их заменили Мартинес Санчес и Османи Сьенфуэгос (брат Камило), чьи политические взгляды были ближе к позициям Рауля и Че.

Суд над Убером Матосом состоялся 11 декабря. Обвинение в измене не было доказано, хотя у него и были очевидные разногласия с революционной линией, проявившиеся, в частности, в отношении к аграрной реформе и в заигрывании с идеей больших плантаций.

29 октября аргентинская газета опубликовала интервью с Че, в котором он дал радикальный обзор отношений с Соединенными Штатами: "Без сомнения, Латинская Америка нуждается в нескольких барбудос".

В тот же день пропал Камило Сьенфуэгос, летевший на самолете "Сессна-310" с инспекторской поездкой из Камагуэя в Санта-Клару. На рассвете 30 октября начались широкомасштабные спасательно-поисковые работы. Че вылетел на поиски в таком же самолете; был мобилизован флот; кампесинос прочесывали местность. Вся страна была взволнована: Камило был, несомненно, одним из самых популярных и любимых деятелей революции. Самолет исчез без следа. Расследование показало, что он, вероятно, изменил курс, чтобы уклониться от шторма, и направился в сторону моря. Поиски продолжались в течение недели. Время от времени возникали ложные надежды, но все закончилось безрезультатно. Че потерял одного из своих столь немногочисленных друзей, и в его словах, сказанных по этому поводу, слышался гнев: