Установив мир с Литвой, Иван III Васильевич начал борьбу за выход к Балтийскому морю, заключив союзный договор с Данией против Швеции. В конце 1496 года русские войска во главе с великим князем прибыли в Новгород, чтобы оттуда начать боевые действия против шведов. В лютую январскую стужу следующего года русские войска вошли в финские земли и разбили королевское войско, потерявшее семь тысяч человек.

Летом в Карелии и Финляндии стали действовать конные и судовые рати русских. Их успехи всерьез обеспокоили прибалтийские страны. Сразу 73 города торгового товарищества северонемецких городов — Ганзы, а также Колывань (Таллинн), Рига и Дерпт (Тарту) прислали своих послов к великому князю Московскому с предложением мира и освобождения задержанных в Новгороде ганзейских купцов с их товарами. Такая передышка оказалась для Ивана III крайне необходимой — назревала новая война с Литвой.

Заключенный с ней мирный договор не остановил «отъезды» к Москве православных князей с их городами и землями — Ивана Можайского, Василия Шемячича, Трубецких, Мосальских. В ответ на это литовские войска совершили набег на Рязанщину. Так началась русско-литовская война 1500–1503 годов. Иван Васильевич обвинил своего зятя в нарушении брачного договора и принуждении любимой дочери Елены перейти в католичество.

Великокняжеские полки двинулись на запад сразу по трем направлениям. На юге — против Северской области. На севере — на крепости Торопец и Белую. В центре — на Дорогобуж и Смоленск. Иван III, зная о переговорах Литвы с Ливонским орденом о военном союзе против Московии, оставил в Твери сильный резерв под командованием опытного воеводы князя Даниила Васильевича Щени.

Боевые действия разворачивались успешно для русского оружия. После взятия войском воеводы Юрия Захарьина крепости Дорогобуж возникла угроза Смоленску, до которого было всего 75 верст. Великий князь Литовский Александр Казимирович двинул на Дорогобуж свои главные силы во главе с гетманами Константином Острожским и Николаем Радзивиллом.

О движении неприятельской армии стало известно в Москве. Князь Даниил Щеня поспешил к Дорогобужу с «тверского силою», сумев опередить гетмана Острожского. Воевода возглавил все русские полки, успевшие подойти к Дорогобужу, и подготовил их к генеральной битве с литовцами на Митьковом поле перед рекой Ведрошь, впадавшей в поблизости текущий Днепр.

Воевода Щеня из рода бояр Патрикеевых блестяще провел крупнейшее сражение за всю историю войн между двумя великими княжествами — Московским и Литовским. Битва на реке Ведрошь 14 июля 1500 года по историческому значению и военному искусству достойна встать в один ряд с Куликовской битвой и Ледовым побоищем. В ней была наголову разгромлена литовская армия с опытными и знаменитыми полководцами во главе.

Воевода Щеня разместил на Митьковом поле между берегом Днепра и древними курганами главные силы, прикрыв Смоленскую дорогу полевой деревянной крепостицей — гуляй-городом. У русских здесь были пушки и многочисленные пищали. В тылу у них находился город Дорогобуж с полусожженным деревянным острогом, который еще не успели восстановить. К югу в лесу разместился засадный полк воеводы Юрия Захарьина. Вперед, за реку Ведрошь, был выслан конный передовой отряд, перед которым стояла задача заманить неприятеля на Митьково поле.

Передовой отряд дал авангардный бой литовской коннице и стал отступать к Дорогобужу через реку Ведрошь, преднамеренно не уничтожив за собой мост. Литовцы начали преследование. Князь Щеня не мешал переправе неприятельской армии через реку, ожидая, когда через мост перейдут последние отряды и обозы врага. Гетман Константин Острожский, увидев выстроившееся на Митьковом поле русское войско, приказал атаковать его по всему фронту.

Сражение длилось почти шесть часов, и с каждой стороны в нем участвовало примерно по 40 тысяч человек. Литовцам так и не удалось потеснить русский большой полк и прорвать его позиции. Решающая минута сражения наступила тогда, когда прославленный полководец Ивана III Даниил Щеня понял, что гетман бросил в сражение последние литовские резервы — и конные, и пешие.

Тогда и был дан сигнал засадному полку. Тот своим неожиданным ударом во фланг и тыл противнику решил исход битвы под Дорогобужем. Иностранец, посетивший Московию, записал со слов очевидцев той славной для русского оружия битвы:

«Во время этого сражения, ведшегося с обеих сторон с одинаковым воодушевлением и силою, помещенное в засаде войско, про грядущую помощь которого знали весьма немногие из русских, ударяет сбоку в середину врагов. Пораженные страхом литовцы разбегаются».

Однако к тому времени бежать им было уже некогда и некуда. Русская «пешая рать» из состава засадного полка сумела лесом пробраться к единственному мосту через Ведрошь, захватить его и разрушить. Путь к бегству гетманской армии оказался отрезан. Лишь немногим «литвинам» удалось вплавь переправиться через реку и бежать к Смоленской крепости.

В сражении на реке Ведрошь войско Великого княжества Литовского оказалось фактически уничтоженным. До тридцати тысяч литовских воинов погибло на Митьковом поле. В плен, среди прочих, попали гетманы Острожский и Радзивилл, другие военачальники. Победителям в качестве трофеев достались все неприятельские пушки, обозы и знамена.

Вернуть же древний русский город Смоленск в той войне России не удалось. Победа «большого воеводы» князя Даниила Щени позволила Москве подписать с Литвой в 1503 году выгодное перемирие на шесть лет. По нему к Великому княжеству Московскому отходила почти треть Великого княжества Литовского — 25 городов 70 волостей: Стародубское и Новгород-Северское княжества, владения князей Трубецких и Мосальских, города Брянск, Дорогобуж, Торопец, Белый и другие.

Победа, одержанная в войне с Литвой, и заключенное перемирие позволили Ивану III Васильевичу организовать отражение удара Ливонского ордена на Псковщину. «Большим воеводой» в войне с Ливонией был назначен князь-воевода Даниил Щеня. Он уже в конце 1501 года начал «воевать землю немецкую». Русские полки стремительно вошли в Ливонию и стали разрушать рыцарские замки и опустошать рыцарские и епископские владения.

Крупное сражение произошло у Гельмеда. Ливонцы выступили навстречу русским «со многою силою, с пушками и пищалями». Как свидетельствует летописец, «воеводы великого князя одолели, одних избили, иных поимали, а многи их утекли, и били поганых немцев на 10 верстах, а не саблями светлыми секли их, но били как свиней шестоперами».

После тяжелого для обеих сторон сражения у озера Смолино 13 сентября 1502 года магистр Ливонского ордена Плеттенберг прекратил разбойные нападения на псковские земли.

Победы русского оружия в конце правления великого князя Ивана III Васильевича заметно укрепили внешнеполитическое положение государства Российского. Власть и могущество великокняжеской монархии упрочились. Присвоение имущества высших слоев Вольного города Новгорода позволило Москве сконцентрировать огромные материальные ценности. Ее богатство постоянно «приращалось» за счет новых приобретений, в том числе богатых пушниной сибирских земель.

Стало меняться и политическое самосознание русского общества, особенно после победного «стояния на Угре» и разгрома литовской армии на реке Ведрошь. Теперь Московия гордилась победами своего оружия перед иноземцами.

С 1497 года гербом российской великокняжеской монархии становится герб Византийской империи, павшей под ударами турок-осман, — двуглавый орел.

Великий князь Московский Иван III Васильевич стал официально именовать себя «самодержцем». Этот титул был точным переводом на русский язык греческого слова «автократор» — византийский императорский титул.

Последние годы правления поставили перед «самодержцем» Иваном III Васильевичем трудноразрешимую задачу: кому после смерти передать государственный престол? Он все больше и больше склонялся в сторону Василия, который сумел проявить себя в военных походах и при решении новгородской проблемы с самой лучшей стороны. Однако главным соправителем великого князя, к которому пришла старость, являлся его внук Дмитрий, им же коронованный.