Великий московский князь в 1504 году созвал церковный Собор, который принял решение о беспощадном искоренении этого течения в христианской религии. Многие московские и новгородские его сторонники были публично сожжены в деревянных клетях, других отправили в ссылку, лишая имущества. До этих событий вынудили отречься от митрополии сторонника течения митрополита Зосиму.
Затем среди православного духовенства началась полемика между двумя идейными течениями — нестяжателями и иосифлянами. Во главе первого встал ученый монах Нил Сорский с группой так называемых заволжских старцев. Они проповедовали аскетический образ жизни, отрицали право монастырей на душевладение и считали, что церковь и монастыри должны владеть землей только для того, чтобы на ней работали не крестьяне, а монахи.
Другая группировка отстаивала церковное стяжание и торгово-предпринимательскую деятельность духовенства, прежде всего монастырей. Возглавлял это направление Иосиф Волоцкий. Иосифляне настаивали на том, что все земли церкви и ее имущество принадлежат Богу и только ему.
Иван III Васильевич, обеспокоенный тем, что все больше и больше земель с крестьянами отходит к монастырям, запретил в ряде областей передачу земли за помин души. Однако попытка великого князя на церковном Соборе 1504 года решить вопрос о ликвидации монастырского землепользования встретила решительное противодействие со стороны высшего духовенства. Пришлось отступить. Иван Васильевич же рассчитывал наделить служилых дворян, основу своего войска, землей, конфискованной у монастырей.
Великий князь Московский Иван III принадлежал к числу тех русских государей, которые усиленно занимались градостроительством. Или, как тогда говорили, каменным зодчеством. На это он тратил немалую часть московской казны. В Кремле псковские зодчие возводят церковь Благовещения, поражавшую иноземцев красотой. Строится один из крупнейших на Руси монастырей — Ферапонтов Рождественский.
По указанию великого князя приглашаются иностранцы-градостроители. В 1485–1499 годах итальянские мастера Аристотель Фиораванти, Антон Фрязин, Марко, Пьетро Солари и Алевиз Фрязин возводят каменные стены и башни Московского Кремля. В тот же период архитекторы Марко и Солари строят в Кремле Грановитую палату. Петр Фрязин в Нижнем Новгороде возвел каменную крепость — кремль.
Великий московский князь Иван III Васильевич прекрасно понимал, что дальнейшее развитие Русского государства немыслимо без общения с Европой. Он первый среди московских государей начал вести активную дипломатическую деятельность. В 1474 году он отправил в Венецию посольство боярина Семена Толбузина с поручением пригласить в Москву зодчих, пушкарей, оружейников, литейщиков, чеканщиков, каменщиков, рудокопов, резчиков и врачей. Они передавали русским умельцам знания и навыки в строительстве каменных укреплений, горном деле, чеканке монет, производстве огнестрельного оружия.
Для усиления русского войска Иван III приглашал на службу немцев и литовцев, знакомых с «правильным иноземным строем» пехоты и конницы, с применением артиллерии. Хотя пушкарское дело на Руси отличалось очень высоким профессиональным уровнем, в чем не раз убеждались иноземцы.
Иван III Васильевич обосновал ту внешнеполитическую линию Русского государства, которой придерживались его сын Василий III Иванович и внук Иван IV Васильевич Грозный. Устанавливаются дипломатические отношения с государствами Италии и Германии, Османской империей, Венгрией, Данией.
Европа, зачастую даже и не подозревавшая о существовании Московии, была ошеломлена появлением на своих восточных окраинах сильного и богатого государства, постоянно расширявшего свои пределы на все четыре части света.
Руси по-прежнему угрожала Дикая Степь. После поражения на реке Угре распалась орда хана Ахмата. Вместо нее в Дикой Степи появилась орда «Ахматовых детей». Чтобы успешно бороться с ней, великий князь Иван III Васильевич заключает союзный договор с крымским ханом Менгли-Гиреем, враждовавшим с ахматовцами. Это был результативный дипломатический ход.
Русские рати стали заходить далеко в степь на юге. Наиболее впечатляющим стал военный поход 1491 года, в котором участвовало «рати 60 000» человек. Войском командовали воеводы князья Петр Оболенский и Иван Репня-Оболенский. Этот поход примечателен еще и тем, что в нем участвовала и казанская «помощь» — воинские отряды из бывшего Казанского ханства.
Немецкий посол Сигизмунд Герберштейн с удивлением писал о великом князе Московском: «Лично он только раз присутствовал на войне, именно, когда подверглись захвату княжества Новгородское и Тверское; в другое время он обыкновенно никогда не бывал в сражении и все же всегда одерживал победу, так что великий Стефан, знаменитый палатин Молдавии, часто вспоминал про него на пирах, говоря, что тот, сидя дома и предаваясь сну, умножает свою державу, а он сам, ежедневно сражаясь, едва в состоянии защитить свои границы».
Однако в своих мемуарах о пребывании в Московии Сигизмунд Герберштейн ошибается: Иван III Васильевич гораздо чаще стоял во главе русского войска. И большим достоинством Москвы во время его искусного правления было то, что многие князья-воеводы блистали на поле брани полководческим талантом.
При Иване III великокняжеские воеводы совершили, задолго до легендарного атамана Ермака, поход в Западную Сибирь с целью ее присоединения к Русскому государству. Этот поход возглавили князь Федор Курбский Черный и Иван Салтык-Травин в 1483 году. Поход за Камень — Уральские горы — стал ответной мерой на нападения отрядов вогулов (манси) на русское Приуралье.
Причиной военного похода стали враждебные действия Сибирского ханства — одного из осколков Золотой Орды. Подвластные правившему в ханстве Ибаку вогулы совершили несколько разбойных нападений и даже осаждали городок Чердынь в Перми Великой. Особенно усердствовал в грабительских набегах вогульский князь Асыка, владетель «Пелымского княжества». В Москве решили наказать воинственного правителя вогулов.
Поход начался в Великом Устюге, откуда «судовая рать» на плоскодонных речных судах — насадах и ушкуях — двинулась за Камень по рекам Сухоне, Вычегде, Кельтме. Через Уральские горы суда со всем имуществом перетащили на руках. Перевалив через горы, поплыли по реке Лозьве, впадавшей в Тавду, а по ней в Иртыш. Из Иртыша «судовая рать» попала в полноводную Обь и двинулась на север.
Русским ратникам пришлось у Пелымского городка вступить в бой с войском вогулов, собранным князем Асыкой. После первых «огненных» залпов вогулы обратились в бегство. Рукопашный бой приняли только княжеские дружины богатырей-уртов, но долго устоять они не могли, бежав в лес вслед за своим правителем Асыкой.
Взяв с местных народов дань пушниной и «рыбьим зубом» — моржовыми клыками, воеводы в конце года вернулись в Великий Устюг. На следующий год в Москву от вогулов прибыло посольство во главе с сыном Асыки Юшманом. Все западносибирские князья признавали зависимость от Руси и обязывались платить дань. А к титулу великого князя Московского добавились слова «великий князь Югорский, князь Кондинский и Обдорский».
К концу правления Ивану III Васильевичу приходилось больше всего заниматься делами военными. Одним из направлений его внешней политики стала борьба за возвращение захваченных Литвой значительных территорий, исконно русских, прежде всего в верховьях Оки, по берегам Десны с ее притоками, в течениях Сожи и Днепра. Правители Великого княжества Литовского не раз опротестовывали титул Ивана III Васильевича — «государя всея Руси».
Католическая экспансия в Литве привела к многочисленным притеснениям Православной Церкви. Поэтому многие русские удельные князья на порубежье стали переходить со своими землями в московское подданство. Пограничные споры привели к войне между Иваном III и королем Польским и великим князем Литовским Казимиром IV. Однако разгореться ей не дала смерть Казимира IV в сентябре 1472 года.
Его сыновья разделили между собой отцовское наследство: старший Ян Ольбрахт стал королем Польши, младший Александр — великим князем Литвы. Он отказался от продолжения войны с Московией и, более того, стал свататься к великой княжне Елене Ивановне. Ее отец дал согласие на династический брак, но при одном условии: чтобы дочь не принуждали к вступлению в католическую веру. В подписанном мирном договоре воюющих сторон Литва признала границы Руси в их новом начертании.