«Житие» сохранилось в трёх авторских редакциях, две из которых дошли в автографах (один найден В.Г. Дружининым, другой — И.Н. Заволоко). Существует также найденный В.И. Малышевым Прянишниковский список — отредактированный в XVIII веке текст самого раннего варианта «Жития», не дошедшего до нашего времени, и две позднейшие переработки произведения.
Этот, без сомнения, выдающийся памятник древнерусской литературы и одновременно старообрядческой богословской мысли был опубликован лишь в 1861 году. До этого «Житие» распространялось в рукописных списках, которые тайно переписывались в старообрядческих монастырях и скитах. Главное произведение Аввакума представляет величайшую ценность и как свидетельство о жизни священномученика и исповедника древлеправославной веры, и как исторический источник, характеризующий русское общество середины XVII века в его отношении к Никоновым новинам. Творчество протопопа Аввакума оставило заметный след в русской литературе и культуре XIX–XX веков. О нём неизменно высоко отзывались такие разные писатели, как Л.Н. Толстой, И.С. Тургенев, Ф.М. Достоевский, В.М. Гаршин, И.А. Гончаров, Н.С. Лесков, Н.Г. Чернышевский, И.А. Бунин, Д.Н. Мамин-Сибиряк, А.М. Горький, С.В. Максимов, Л.М. Леонов, А.Н. Толстой и другие. Аввакумовское «Житие» было переведено на многие языки мира.
В те же годы, что и «Житие», Аввакумом была написана «Книга бесед». В ней нашли отражение его взгляды на современные события. «Книга бесед» включала в себя 10 глав: 1. Повесть о страдавших в России за древлецерковная благочестная предания; 2. Об образе Креста Христова; 3. Об иноческом чине; 4. Об иконном писании; 5. О внешней мудрости; 6. О днях поста и мясоястия; 7. О старолюбцах и новолюбцах; 8. Об Аврааме. 9. Толкование на 87–88 зачало Послания к римлянам и 23 зачало Евангелия от Иоанна; 10. Беседа о наятых делателях. В старообрядческой среде «беседы» Аввакума объединялись в сборники, но ни один из них не содержит полного текста. Эти беседы Аввакум по мере написания отправлял вместе с сопроводительными письмами своим единомышленникам — «всем горемыкам миленьким на всем лице земном», «старице Мелании с сестрами и подначальною Анисьею», «тричисленной единице» (Морозовой, Урусовой и Даниловой).
«В этом сочинении, — пишет А.Т. Шашков, — …церковная реформа предстаёт как возврат от евангельского учения к ветхозаветным установлениям и порядкам, происшедший под влиянием римлян и греков, в разное время отступивших от “истины”, что и является предвестием Второго Пришествия и Страшного Суда. В условиях открытого наступления зла, когда особенно остро встаёт необходимость выбора пути (“узкого” — к Богу, “широкого” — к диаволу), человек, несмотря на его двойственную природу, всё же способен проявить свою подлинную сущность, предпочтя греховному миру, захваченному антихристом, духовное делание в доме Бога».
Аввакум призывает своих единомышленников — «малых избранных» — хранить истинную веру и не бояться телесной смерти:
«…Молю убо аз, юзник, вас всех страждущих о Христе: претерпим мало здесь от никониян, да Бога вечно возвеселим. С Ним и мы возрадуемся: ныне же в зерцале и в гадании, таможе со Христом лицем к лицу. Ныне нам от никониян огнь и дрова, земля и топор, и нож и виселица; тамо ангельския честь, и вечное возрадование. Яра ныне зима, но тамо сладок Рай. Болезнено терпение, но блаженно восприятие. Да не смущается сердце ваше и устрашается. Слышите Господем реченное: “блажени плачущии, яко тии утешатся” [70], и: “многими скорбьми подобает нам внити в Царство Небесное” [71]. Не начный блажен, но скончавый: “претерпевый до конца, той спасен будет” [72]. Всяк верный не развешивай ушей тех и не задумывайся: гряди со дерзновением во огнь и с радостию Господа ради постражи, яко добр воин Исус Христов правости ради древних книг святых! И мы с тобою же, вкупе Бога моля и Пречистую Владычицу нашу Богородицу и всех святых, уповаем, конечно: не оставит нас Господь и Богомати. Аще они нас и мучат и губят, а сами дрожат; шлюсь на их совесть нечистую. А праведник, уповая, яко лев рыкая, ходит, не имать попечения ни о чем, токмо о Христе. Станем, братие, добре, станем мужески, не предадим благоверия! Аше и покушаются никонияне нас отлучити от Христа муками и скорбми: да статочное ли дело изобидить им Христа? Слава наша Христос, утвержение наше Христос, прибежище наше Христос».
В 1673–1676 годах появляется ещё одно крупное произведение Аввакума — «Книга толкований», адресованная его земляку и любимому ученику Симеону Ивановичу Крашенинникову (иноку Сергию). В неё вошли толкования на псалмы, на книги Притчей, Премудрости Соломоновой, пророка Исайи, а также оригинальное аввакумовское сочинение «Что есть тайна христианская, и как жити в вере Христове». Сквозь призму ветхозаветных текстов Аввакум показывает события современности и тем самым даёт им духовную оценку.
В пустозёрской ссылке Аввакум (вероятно, под влиянием бесед с диаконом Феодором) начинает прозревать относительно истинного виновника церковной реформации в России. Толкуя в яркой образной манере псалмы и одновременно проецируя их на современную ему действительность, Аввакум обращается к самому царю и призывает его покаяться за все те злодеяния, виновником которых он стал, начав церковную реформу. «Также бы нам надобно царя тово Алексея Михайловича постричь беднова, да пускай поплачет хотя небольшое время. Накудесил много, горюн, в жизни сей, яко козел скача по холмам, ветр гоня, облетая по аеру, яко пернат, ища станы святых, како бо их поглотить и во ад с собою свести. Но спаси его, Господи, имиже веси судьбами Своими, Христе…»
Ожидая, что Алексей Михайлович покается и вновь обратится к истинной вере, Аввакум, подобно ветхозаветному пророку Нафану, указывает царю всё ещё открытый для него путь покаяния, напоминая на примере царя Давыда и жителей Ниневии о безграничном милосердии Божием:
«Хощещи ли, ин путь тебе покажу? Взри на неввитян. В три дни милость Божию к себе привлекли сицевым образом. Глагола Господь ко пророку Ионе с повелением: “иди и проповеждь ниневвитяном, да покаются, понеже грехи их внидоша во уши Моя; аще ли ни, погибнут пагубою”. Иона же, ведав Божие милосердие, яко милостив бывает кающимся, не восхоте в Неввию итти, но седше в корабль и в Фарсис побеже, да же не солжется пророчество. Став же корабль непоступно на пучине морстей, ветру велию дышущу. Иона же навклиром, еже есть кораблеником, рече: “вверзите мя в море, понеже мене ради не поступит корабль”. Егда же вовергоша, и повеле Бог киту великому, да пожрет его. И бысть три дни и три нощи во чреве китове, прообразуя Христово тридневное погребение в сердцы земли. И принесе его кит жива к Ниневии, граду великому, ему же обхождение седмь дний. В книгах Ионы пророка, в Библии писано. Егда же испусти его зверь, он же проповеда людям, глаголя: “аще не покаетеся, тако глаголет Господь, в три дни погибнете”. И изыде на поле, седе под смерчием, ожидая граду погубления. Людие же умилишася и с ссущими младенцы сосцы матерни три дни постишася и плакавше грех своих, во вретища облекошася и перстию главы своя посыпавше, и скоту не даша пищи и пития. Много их бысть, иже не познаша десницы и шуйцы, больши двунадесяти тем, — сиречь робят тех столько, а старых тех и гораздо много. И виде Бог умиление и покаяние их, раскаявся Владыко и помилова их. Пророк же оскорбися, яко не сбысться пророчество его и уснув, сидя под смерчием, — сиречь древца некакие, — и он, милой, с кручины взвалился под куст и уснул. И взыде об нощь тыковь над главою его, красна и лепа. Он же возрадовахся и возвеселихся о ней. И повеле Господь червю ночному подгрызти: и изсше из корени. Пророк паки оскорбися о ней. И глагола ему Господь: “како ты, Иона, ни садил, ни поливал тыковь сию, — об нощь возрасте, об нощь и погибе, а скорбию великою оскорбился еси о ней? Кольми же в Ниневии людии Мои, иже не познаша десницы и шуйцы, больши паче, нежели дванадесят тем, вси оскорбишася и притекоша ко Мне”. Виждь, человече, како любит Бог покаяние грешников, понеже праведника пророка тешит, а грешных милует. Прибегнем к Нему, милостивому Богу и Спасу нашему, и не отчаем своего спасения».