И молитвы Аввакума были услышаны. Наутро Евдокия Кирилловна прислала просить прощения у Аввакума своего среднего сына Ивана. В это время шёл сильный дождь, зимовье Аввакума протекало, и он лежал на печи голый, накрывшись берёстой. Протопопица спасалась от сырости в печи. Протопоп сжалился и велел принести ребенка. «Я-су встал, добыл в грязи патрахель и масло священное нашол. Помоля Бога и покадя, младенца помазал маслом и крестом благословил. Робенок, дал Бог, и опять здоров стал, — с рукою и с ногою». Напоив младенца святою водою, Аввакум отослал младенца к матери. «Виждь, слышателю, — подводит протопоп Аввакум итог своему рассказу о чудесном исцелении, — покаяние матерне колику силу сотвори: душу свою изврачевала и сына исцелила! Чему быть? — не сегодни кающихся есть Бог!»
Об исцелении своего любимого внука и крестника узнал от невестки и Пашков. Когда Аввакум пришёл к нему, он, «поклоняся низенько», сказал: «Господь тебе воздаст. Спаси Бог, что отечески творишь, не помнишь нашева зла», и до того даже растрогался, что прислал опальному протопопу «пищи довольно». Однако отношения Аввакума с воеводой вскоре опять ухудшились.
Произошло это из-за следующего случая. В августе 1661 года в Иргенский острог пришли с Амура 17 человек казаков во главе с Абрамом Парфёновым и стали проситься в государеву службу. Не зная, что явившиеся казаки были обманщиками, и испытывая недостаток в людях, Пашков принял их. Желая как-то компенсировать неудачу Даурской экспедиции, воевода послал их вместе со своим сыном Еремеем воевать, как пишет Аввакум, «Мунгальское царство». Большинство комментаторов аввакумовского «Жития» отождествляют «Мунгальское царство» с Монголией, но достаточно посмотреть на карту Сибири, чтобы убедиться в невозможности похода в Монголию из Иргенского острога за столь короткий срок. К тому же путь в Монголию преграждали буряты, на тот момент ещё не принявшие русского подданства. На самом деле, как явствует из документов, в августе 1661 года воевода Пашков послал из Иргенского острога 72 служилых человека и 20 тунгусов во главе со своим сыном Еремеем на «великого государя непослушников на Тунгусские улусы в поход».
Будучи, судя по всему, человеком весьма суеверным, Пашков прибег к помощи туземного шамана («волхва мужика»), чтобы выяснить исход предстоящей авантюры. Возмущению Аввакума не было предела, когда вечером вблизи его зимовья шаман, «отвертя голову» живому барану и бросив её в сторону, «начал скакать, и плясать, и бесов призывать» … Наконец, «много кричав, о землю ударился, и пена изо рта пошла. Беси давили ево, а он спрашивал их: “удастся ли поход?” И беси сказали: “с победою великою и с богатством большим будете назад”. И воеводы ради, и все люди радуяся говорят: “Богаты приедем!”».
Видя такое явное отступление от христианского благочестия и поругание православной веры, Аввакум в порыве охватившего его праведного гнева прибегает к крайней мере: он начинает молиться о неудаче предстоящего похода, чтобы не сбылось дьявольское предсказание шамана. Впрочем, впоследствии он весьма сокрушался о том, что поступил так под воздействием охватившего его чувства, особенно жалея Еремея, который был человеком добрым и благочестивым и не раз защищал протопопа от своего отца.
«Ох, душе моей тогда горько и ныне не сладко! Пастырь худой погубил своя овцы, от горести забыл реченное во Евангелии, егда Зеведеевичи на поселян жестоких советовали: “Господи, хощеши ли, речеве, да огнь снидет с небесе и потребит их, яко же и Илия сотвори”. Обращжеся Исус и рече им: “не веста, коего духа еста вы; Сын бо Человеческий не прииде душ человеческих погубити, но спасти. И идоша во ину весь”. А я, окаянной, сделал не так. Во хлевине своей кричал с воплем ко Господу: “послушай мене, Боже! послушай мене, Царю Небесный, Свет, послушай меня! да не возвратится вспять ни един от них, и гроб им там устроиши всем, приложи им зла, Господи, приложи, и погибель им наведи, да не сбудется пророчество дьявольское!” И много тово было говорено. И втайне о том же Бога молил».
Узнав о таких молитвах Аввакума, Пашков пришел в ярость. Когда же отряд Еремея не явился в установленный срок, воевода даже собирался подвергнуть протопопа жестоким пыткам. «Во един от дней, — вспоминал Аввакум, — учредил застенок и огнь росклал — хочет меня пытать. Я ко исходу душевному и молитвы проговорил; ведаю ево стряпанье, — после огня тово мало у него живут. А сам жду по себя и, сидя, жене плачющей и детям говорю: “воля Господня да будет! Аще живем, Господеви живем; аще умираем, Господеви умираем (Рим. 14, 8)”. А се и бегут по меня два палача».
Но воистину «чюдно дело Господне и неизреченны судьбы Владычня»! В это время из похода возвращается раненый Еремей. Оставив застенок, воевода бросился встречать сына. Тот рассказал, что поход закончился неудачей. 4 сентября, когда его отряд стоял на Ингоде, принятые Пашковым на службу казаки ночью украли у него и у служилых людей оружие и хлебные запасы и бежали. Изменники спустились на плотах вниз по рекам Ингоде и Шилке до Верхшилкского острога. Здесь они захватили казённые струги и пытались овладеть острогом, желая заполучить хранившиеся там порох и свинец. Большинство местных служилых людей находились в это время на рыбных промыслах. Однако оставшимся казакам во главе с пятидесятником А.Васильевым удалось отстоять крепость. Тогда изменники забрали струги и ушли по Шилке на Амур. Что касается отряда Еремея, то все посланные с ним люди погибли от «мунгальских людей», а сам он спасся только чудом: заблудившемуся в тайге воеводскому сыну явился во сне протопоп Аввакум и указал дорогу.
Воевода весьма огорчился из-за этой неудачи и был «яко пьяный с кручины». Однако всё случившееся нисколько не образумило его и не привело к искреннему покаянию. Когда Аввакум пришёл поклониться обоим Пашковым, старший «возвед очи свои на меня, — слово в слово что медведь морской белой, жива бы меня проглотил, да Господь не выдаст! — вздохня, говорит: “так-то ты делаешь? Людей тех погубил столько!” А Еремей мне говорит: “батюшко, поди, государь, домой! Молчи для Христа!” Я и пошел, ничево не говоря, — Христом запечатлел уста моя Еремей!».
«Десеть лет он меня мучил, или я ево — не знаю; Бог разберет в день века», — заканчивает свой рассказ о даурских мытарствах Аввакум.
«Велено ехать на Русь…»
Но настал конец и сибирским мучениям Аввакума, чему в немалой степени способствовали удаление Никона с патриаршего престола и хлопоты московских друзей опального протопопа.
16 февраля 1660 года в Золотой палате царского дворца открылся собор по «делу патриарха Никона». Царь обратился к собравшимся с речью о том, что церковь вдовствует уже год и семь месяцев. Обсуждение этого вопроса продолжалось до августа. Наконец 14 августа Епифанием Славинецким было составлено «Деяние» Московского собора. В нём определялось право царя совместно с собором Русской Церкви избрать и поставить нового патриарха по причине самовольного оставления Никоном патриаршего престола. Деяние подписали 16 архиереев, архимандритов, игуменов и протопопов, присутствовавших на соборе, в том числе три греческих архиерея с архимандритом Дионисием Святогорцем и полоцким архимандритом Игнатием Иевлевичем. Однако Никон пока ещё не был лишён патриаршего сана, и вопрос о новом патриархе оставался открытым.
12 мая 1662 года сын боярский Иларион Борисович Толбузин, назначенный нерчинским воеводой вместо А.Ф. Пашкова, принял от последнего в Иргенском остроге остатки его полка. Толбузин привёз с собою также царскую грамоту, в которой Аввакуму велено было «ехать на Русь». Новый воевода принял у Пашкова три острога — Нерчинский (Верхшилкский), Телембинский и Иргенский. Во всех трёх острогах находилось в общей сложности всего 75 служилых людей и практически полностью отсутствовали съестные припасы. «Без малого 400 человек, умерших от голода и погибших в боях, — такова была цена Даурской экспедиции, продолжавшейся более 6 лет» (Шашков).