Прибыв на остров Анзер, новопостриженный священноинок Никон становится одним из двенадцати учеников преподобного Елеазара. Вместе с анзерским игуменом он ездил в Москву за «милостыней», предназначавшейся для постройки каменного храма на Анзере, занимался перепиской книг. Однако вскоре после поездки между Никоном и преподобным Елеазаром возникли трения. «С сего времени нача Никон самовольно входити в хозяйственныя управления скитскими делами, якобы приобретох на сие некую власть за участие в сборе пожертвований. По неколицем же времени нача нечто изменяти в церковной службе, и с старшими клириками нача спиратися, и нача приводити старца Елиазара в немалое сомнение. И некогда Елиазару во время божественной службы, егда же Никону чтущу божественную литургию, виде Елиазар около выи (шеи. — К.К.) Никона змия черна и зело велика оплетшеся, и вельми ужасеся, и глаголяше отай братии: “О, какова смутителя и мятежника Россия в себе питает. Сей убо смутит тоя пределы и многих трясений и бед наполнит”. И прирече: “Аще бы кто убил сего чернца, то умолил бы аз за того Бога”. И с сего времени начаша Елиазар и вси братия не любити Никона и не допускати его до чтения и пения в божественной службе».
Как видим, приняв иночество, Никон не особенно стремился к затворничеству и иноческому деланию. Его амбициозная натура требовала власти. В 1634 году, видимо, из-за очередных столкновений с братией Анзерского скита, он вынужден был покинуть остров, бежав на рыбацкой лодке. Буря, разыгравшаяся на море, прибила лодку к каменистому Кий-острову, около устья реки Онеги. Здесь в честь своего спасения Никон поставил крест, а позже основал монастырь, названный Крестным. Затем он перешёл на жительство в Кожеозёрский монастырь (в Каргопольских пределах), также находившийся на уединённом острове. Здесь он был в 1643 году выбран в игумены немногочисленной братией монастыря.
В 1646 году Никон отправился в Москву по делам монастыря и, согласно обычаю, явился с поклоном к молодому царю Алексею Михайловичу. Кожеозёрский игумен сумел уловить сокровенные мысли, занимавшие царя Алексея Михайловича и его ближайшее окружение, и вскоре сделал головокружительную карьеру. Представленный царю, он произвёл на него столь благоприятное впечатление, что тут же получил сан архимандрита московского Новоспасского монастыря, в котором находилась родовая усыпальница Романовых. Именно в этот период Никон сблизился с кружком ревнителей древлецерковного благочестия. Царь часто ездил в Новоспасский монастырь молиться за упокой своих предков и потому ещё более сблизился с Никоном, которому приказал ездить к нему во дворец на беседы каждую пятницу. «Угадав внутреннюю неуверенность, мнительность Алексея Михайловича, Никон внушил государю, что его пастырское радение и молитва — надёжная защита во всех государственных и семейных начинаниях. Авторитет Никона среди родных царя был столь высок, что даже после того, как он разошёлся с Тишайшим, государевы сёстры осмеливались поддерживать с ним отношения. Несомненно, в этой семейной симпатии к Никону сокрыт один из самых действенных рычагов его влияния на царя».
При этом религиозные взгляды Никона менялись в соответствии со стремительно менявшейся «генеральной линией». Если в 1646 году Никон выступает ещё как сторонник древнерусского благочестия, то к 1648 году он уже становится ярым грекофилом. Иоанн Неронов впоследствии не преминёт ему об этом напомнить: «Иноземцев ты законоположение хвалишь и обычаи тех приемлешь, благоверны и благочестнии тех родители нарицаешь, а прежде сего от тебя же слыхали, что многажды ты говаривал: гречане де и Малые Росии потеряли веру и крепости и добрых нравов нет у них, покой де и честь тех прельстила, и своим де нравом работают, а постоянства в них не объявилося и благочестия ни мало».
Завоевав царские симпатии, Никон вскоре занял исключительное положение в Москве. В 1649 году он уже рукоположён в митрополиты Новгородские и Великолуцкие, на одну из крупнейших архиерейских кафедр, — на место ещё живого, отправленного на покой в нарушение церковных правил митрополита Аффония. Скорее всего, патриарх Иосиф был против этого вопиющего поступка, поэтому епископскую хиротонию 11 марта 1649 года в Успенском соборе Кремля совершил сам Иерусалимский патриарх Паисий, находившийся тогда в Москве и всячески расхваливавший Новоспасского архимандрита. При хиротонии Паисий пожаловал Никону право носить мантию «с червлеными источниками».
Обычно удаление человека от двора, от «светлых государевых очей» влечёт за собой ослабление его позиций. Однако с Никоном этого не произошло. «Оказалось, что чем он дальше, тем сильнее его притяжение. Царь нуждался в постоянном общении с “собинным другом”. На станциях — ямах — между Москвой и Новгородом не успевали менять лошадей: столь часты были пересылки между царём и митрополитом. Сам Никон пребывал в постоянном движении, почасту наезжая в Москву. Влияние его возросло настолько, что уже ни одно мало-мальски серьёзное дело не обходилось без его совета и благословения» (Андреев).
Добившись архиерейской власти, Никон принялся за введение новшеств в доверенной ему Новгородской земле. Фактически Новгородская епархия превратилась в «испытательный полигон» реформаторов. Никон единолично вершит суд и расправу на Софийском дворе, а вскоре по царскому повелению начинает рассматривать и уголовные дела, причем жестоко расправляется с новгородцами, попробовавшими жаловаться на него царю. «И тако Никон попущением Божиим седе на престоле премудрости Божии, обладаем же властолюбием, надхненною дияволом гордостию, нача умышляти, еже бы что необычное святому уставу и новое вводити, нача древнее церковное пение презирати». Никон запретил в Новгородской епархии распространённое в Русской Церкви «многогласие» и начал борьбу с древним, так называемым хомовым пением. Вместо древнего унисонного пения он завёл в Новгороде партесное — по западному образцу. Впоследствии Никон перенёс это пение и в Москву, выписав польских певцов, певших «согласием органным», а для своего хора — композиции знаменитого в своё время директора капеллы рорантистов в Кракове — Мартина Мильчевского. Царь Алексей Михайлович, услышав певчих митрополита Никона, с которыми тот приезжал в Москву, тотчас завёл такое пение и в своей придворной церкви. Как некогда принятию православия на Руси при великом князе Владимире предшествовало эстетическое впечатление от «ангелоподобного» древневизантийского пения, так и никоновскую «псевдоморфозу» православия предваряло увлечение пением, только уже пением западным, католическим. «И законы и уставы у них латинские, руками машут и главами кивают и ногами топочут, как де обыкли у латинников по органом», — скажет впоследствии о подобном пении протопоп Аввакум.
Подражая духовному лидеру кружка боголюбцев Иоанну Неронову, который «изношаше от сокровищ сердца своего, яже положи в нем Дух Святый, умудрив сеяти семя учения Господня во всем народе несумненно», Никон стал произносить устные проповеди перед своей паствой. Основательно забытая к концу XVI — началу XVII века на Руси, устная проповедь воспринималась в то время как несомненное «новшество».
Так и не сумев завоевать любовь новгородцев, Никон пытался прибегать к популистским мерам: на испрашиваемые у царя средства устраивал богадельни, во время голода организовывал раздачу пищи бедным. «В окно из палаты нищим деньги бросает, едучи по пути нищим золотые мечет! — вспоминал Аввакум. — А мир-от слепой хвалит: государь такой-сякой, миленькой, не бывал такой от веку!» Но и это не помогало: подначальные духовные люди невзлюбили Никона за его чрезмерную строгость и взыскательность, миряне же не питали к нему расположения за его крутой властолюбивый нрав. Особенно требователен он был к окружавшим его людям. Характерен отзыв дворянина Василия Отяева о Никоне: «Лутче бы, де, нам на Новой Земле за Сибирью с князь Иваном Ивановичем Лобановым пропасть, нежели, де, с Новгородским митрополитом, как, де, так, что силою заставливает говеть, никого, де, силою не заставить Богу веровать».
