В 1906 году у Азефа появился новый начальник, полковник А. В. Герасимов, который возглавлял петербургское охранное отделение. Еще до этого, после выхода царского Манифеста 17 октября 1905 года, Азеф начал выступать за прекращение террора и роспуск БО. Этого не произошло, и тогда он попросту «сдал» БО Герасимову. Вплоть до 1908 года никаких громких акций эсерам провести не удалось. Мало того, Азефом очень стал интересоваться новый премьер России П. А. Столыпин, и не только его деятельностью как секретного агента, но и его взглядами и суждениями по тем или иным вопросам внутренней политики России, настроениям в революционной и оппозиционной среде. По сути, по этим вопросам Азеф стал для Столыпина главным консультантом. Его информация была исключительно богата фактическими указаниями, ценна и точна. И недаром в первом правительственном сообщении после разоблачения Азефа он будет назван «сотрудником правительства».
Насколько Азеф оказался изобретателен как «сотрудник правительства», настолько, а может, и более, он оказался изобретателен как террорист. То, что он придумал, «благополучно» используется и сегодня. Кто сейчас не слышал о «поясах шахидов»? А тогда?.. В начале 1905 года Азефу стало казаться, что он стоит на грани провала, что его двойная игра станет известна партии. Тогда у него появился план послать в помещение Охранного отделения боевиков и ценой их гибели взорвать полицейский архив. В тот же период, как впоследствии вспоминал Ратаев, Азеф занимался обучением иностранных революционеров, в частности, организаций армян-дрошакистов и македонцев, связанных с русскими террористами и занимавшихся транспортировкой оружия и взрывчатки с Балкан на Кавказ. По заданию полиции Азеф побывал в Константинополе, и вскоре после его отъезда, 12 июля 1906 года, с помощью начиненного взрывчаткой автомобиля было совершено покушение на турецкого султана Абдул-Гамида. Это был тот способ, который Азеф еще в 1904 году хотел применить против Плеве. Интересно, что уже в 1907 году он поставил на обсуждение партии вопрос о применении последних достижений науки и техники в целях политического террора. Особые надежды возлагались на подкопы с использованием зарядов, воспламеняемых на расстоянии, а также на использование только что появившихся самолетов для доставки к цели взрывчатки. А целью, как считал ближайший соратник Азефа Б. В. Савинков, был царский дворец. Видимо, уже тяготясь своей двойной карьерой, Азеф решил выйти из игры, громко хлопнув дверью, осуществив все же мечту русских террористов начала XX века, акт центрального террора – покушение на царя. Это предполагалось сделать в 1903 году во время торжественного царского смотра по случаю приемки нового корабля, только что построенного в Англии крейсера «Рюрик». Азеф накануне побывал в Англии, сумел даже проникнуть на крейсер и подобрать исполнителей акции – двух матросов, сочувствующих эсерам, – Авдеева и Каптеловича. Они получили от БО револьверы и написали прощальные письма, которые Азеф забрал с собой. 7 октября 1908 года царский смотр состоялся, но выстрелов не последовало. Однако разбираться, почему так случилось, у Азефа уже не было времени: со своими разоблачениями в его адрес выступил Владимир Бурцев.
Подозрения против Азефа высказывались в разное время и разными людьми. Об этом эсеров информировали даже некоторые сотрудники полиции. Но руководство партии – от Гершуни до Савинкова – отнеслось к этому с недоверием. Даже за три месяца до разоблачения Б. Савинков заявил: «Если бы против моего брата было столько улик, сколько их есть против Азефа, я застрелил бы его немедленно. Но в провокацию Ивана я не поверю никогда!» Да и кто бы мог поверить?! В это не поверили даже тогда, когда осенью 1907 года появилось так называемое «саратовское письмо», разоблачавшее провокаторскую роль Азефа. Оно было оглашено на заседании ЦК партии эсеров. Но несмотря на произведенное впечатление, письмо осталось без последствий, а эсер, которому все же поручили рассматривать это дело, вскоре был арестован.
Бурцеву же, издававшему в те годы в Петербурге «Былое», еще в мае 1906 года от одного сотрудника Департамента полиции, сочувствовавшего эсерам, стало известно о провокаторе в руководстве партии, действовавшем под кличкой «Раскин». Сопоставляя различные детали, он пришел к выводу, что Раскин – это Азеф. Но нужны были веские доказательства. И Бурцев их получил, и с самой неожиданной стороны – от бывшего начальника Департамента полиции, который в тот момент являлся эстляндским губернатором. Их разговор состоялся в августе 1908 года в купе поезда, следовавшего из Кельна в Берлин, и продолжался шесть часов. Правда, Лопухин молчал, говорил Бурцев. Когда же до Лопухина дошло, чем занимался секретный агент полиции, будучи главой БО эсеров, и особенно то, что он готовил цареубийство, Лопухин подтвердил Бурцеву, что Раскин и Азеф – одно и то же лицо. По прибытии в Россию он написал письмо своему бывшему однокашнику П. Столыпину с предложением самому премьеру покарать провокатора. Ответом на это письмо было появление на квартире у Лопухина самого Азефа, примчавшегося из Берлина, чтобы заставить того отказаться от своих слов. Это стало ошибкой Азефа, которая усугубилась неудачно подготовленным для него алиби. Лопухин сообщил о неожиданном визитере А. Аргунову, а Азеф же говорил, что в это время он был в Берлине. Но агент Герасимова, который должен был подготовить ему алиби, остановился не в той гостинице, что нужно; и проверка, устроенная эсерами, не подтвердила пребывания Азефа в Берлине.
Для Лопухина встреча с Бурцевым стала роковой. После доклада П. Столыпина царю он был осужден и сослан в Сибирь. Премьер горой встал за Азефа, заявив на слушаньях по этому делу в Государственной Думе: «Обстоятельств, уличающих его в соучастии в каких-либо преступлениях, я, пока мне не дадут других данных, не нахожу». Не верили в предательство Азефа и в революционной среде. Известный террорист-революционер Карпович грозился перестрелять своих товарищей по партии, осмелившихся заподозрить главу БО в службе в полиции. А эсеры для выяснения всех обстоятельств устроили третейский суд над… Бурцевым. Судьями были назначены старые опытные революционеры Г. А. Лопатин, П. А. Кропоткин и В. Н. Фигнер. В. Бурцеву, «как клеветнику», на суде никто из эсеров не подавал руки, а после 17-го заседания суда (всего их было 18) В. Фигнер сказала ему: «Вы ужасный человек, вы оклеветали героя, вам остается только застрелиться!» Бурцев на это ответил: «Я и застрелюсь, если окажется, что Азеф не провокатор».
23 декабря 1908 года на квартиру к Азефу явились В. М. Чернов и Б. В. Савинков и предложили ему «честно обо всем рассказать». Азеф свою связь с полицией отрицал, но в ту же ночь бежал в Париж, хотя не так давно с возмущением написал в ЦК партии: «Оскорбление такое, как оно нанесено мне вами, знайте, не прощается и не забывается. Будет время, когда вы дадите за меня отчет партии и моим близким. В этом я уверен. В настоящее время я счастлив, что чувствую силы с вами, господа, не считаться. Моя работа в прошлом дает мне силы и подымает меня над смрадом и грязью, которой вы окружены теперь и забросали меня». Через два дня после бегства Азефа ЦК партии эсеров объявил его провокатором. Но почему же его не убили товарищи по партии? Ведь в революционной среде не принято было особенно церемониться! Ответ прост: все растерялись. Одни были потрясены, другие отошли от партии, некоторые покончили с собой. А Столыпин, выступая в Государственной Думе, заявил, что если один из главарей революции был, собственно, сотрудником Департамента полиции, то это, конечно, весьма печально, но никак не для правительства, а для революционной партии.
Между тем Азеф в 1909 году со своей пассией из «Аквариума» отправился путешествовать. Они посетили Италию, Грецию, Египет, а затем вернулись в Германию и поселились в Берлине. Теперь он стал господином Александром Неймайером и особенно не опасался своих вчерашних однопартийцев. Азеф не скрывался, не прибегал к гриму, он неплохо устраивался в своей новой жизни: в 1910 году снял квартиру, затратил на ее обустройство и подарки подруге свыше 100 тыс. марок, обзавелся немецкими приятелями и занялся коммерческими делами – стал играть на бирже. Жил, в общем, в свое удовольствие, посещал увеселительные места, театры, часто выезжал на дорогие курорты. Но летом 1912 года случилась неприятность: на курорте в Нейенаре его узнали и тут же сообщили Бурцеву. Тот, угрожая Азефу «отдать» его эсерам, настоял на личной встрече, которая состоялась 15 августа во франкфуртской кофейне. Разговор продолжался несколько часов, и Азеф почти убедил Бурцева, что просто жаждет суда над собой своих прежних товарищей и что в случае вынесения ему смертного приговора сам покончит с собой. Накануне этой встречи Азеф составил завещание, сдал квартиру в Берлине и заставил свою подругу переехать к матери в провинцию, а после встречи, на протяжении 1912–1913 годов, стал заметать следы: много ездил, менял гостиницы и паспорта.