Директивой Ставки ВГК № 170005 от 2 января 1942 г. план был утвержден. Д.Т. Козлову предписывалось всемерно ускорить подготовку наступления и быстрее перебазировать на Керченский полуостров авиацию.

Позднее командующий 11–й армией Э. фон Манштейн упрекал советское командование в нерешительных действиях, которые якобы спасли его армию от разгрома:

Однако почему-то Манштейн не высказывает такие же упреки самому себе в отношении подготовки и проведения штурма Севастополя в декабре 1941 г. Именно задержки в сосредоточении немецких войск вследствие погодных условий и плохого состояния дорог привели к позднему началу штурма города и его неуспеху в связи с началом высадки советских войск в Феодосии и Керчи. Те же причины вызвали задержку с началом реализации амбициозного плана с перехватом выхода из Крыма.

Упреки Манштейна в отсутствии у советских войск плана «смелой глубокой операции» выглядят на фоне утвержденного Ставкой ВГК замысла наступления Кавказского фронта просто смешно. Однако на пути реализации этого плана возник ряд сложностей. Со 2 по 5 января на Черном и Азовском морях свирепствовал жесточайший шторм, из-за которого транспорты не могли выходить из Новороссийска и входить в Феодосийский порт. Только 5 января суда пошли нормально.

6 января снегопады и морозы сменились в Крыму оттепелью, начались дожди. Лед пролива покрылся водой, и переправа по льду перестала существовать. Дороги развезло. Подвоз боеприпасов, горючего и продовольствия почти прекратился. Высаженные части не могли развивать наступление, поскольку части не имеют тылов для подвозки боеприпасов и других видов снабжения. Все эти сложности задерживали начало наступления Кавказского фронта на перехват коммуникаций армии Манштейна. В ходе переговоров с И.В. Сталиным и А.М. Василевским 5 января 1942 г. Д.Т. Козлов назвал датой возможного начала наступления период 13–16 января.

Вследствие зависимости от перевозок по морю, льду и раскисшим дорогам Керченского полуострова Кавказский фронт проигрывал развертывание войск для грядущего сражения за Крым 11–й армии. С запада к Феодосии двигались снятые с периметра блокады Севастополя 170–я и 132–я пехотные дивизии. Их сосредоточение заняло две недели, потраченные советскими войсками на преодоление трудностей снабжения и сосредоточения войск.

Немецкое командование всегда обращало много внимания на вопросы логистики и снабжения и потому стремилось удерживать важные узлы коммуникаций и, соответственно, отбирать такие узлы у противника. Оправившись от шока высадки советских войск в Крыму, Манштейн начал сосредоточение войск для удара по Феодосии. Несмотря на сложности с прикрытием с воздуха (они стоили потопления 4 транспортов, повреждений еще двух и крейсера «Красный Кавказ»), Феодосия много значила для снабжения войск Кавказского фронта.

В первую очередь Манштейном были сняты с периметра блокады Севастополя 170–я и 132–я пехотные дивизии. Из резерва группы армий «Юг» в Крым был переброшен 213–й пехотный полк 73–й пехотной дивизии. Теоретически группа армий «Юг» могла перебросить больше, но в этот же период началась Барвенковско-Лозовская операция Юго-Западного и Южного фронтов, и дальнейшие рокировки войск в Крым остановились. К 15 января все было готово к наступлению на Феодосию. Манштейном были сосредоточены 170, 132 и 46–я пехотные дивизии, 213–й пехотный полк и румынская горная бригада. Им противостояли не завершившие выгрузку в Крыму войска 44–й и 51–й армий: 224–я стрелковая дивизия без артиллерии, два полка 390–й стрелковой дивизии, не полностью 396–я стрелковая дивизия, один полк 398–й стрелковой дивизии, 236–я и 63–я стрелковые дивизии. Проблемой советских войск была их растянутость по фронту при неготовности к наступлению. Им нужно было перекрывать фронт от Азовского моря до Феодосии. Сильный удар по любому участку фронта мог привести к катастрофе.

Немецкое наступление началось 15 января, и к 18 января немцы полностью заняли Феодосию. Немцами было заявлено о захвате 10 тыс. пленных, 177 орудий и 85 танков. Под ударами войск Манштейна 44–я армия была вынуждена отойти. Был тяжело ранен командующий армией генерал А.Н. Первушин, погиб член Военного совета А.Г. Комиссаров, контужен начальник штаба полковник С.Е. Рождественский. В командование армии вступил генерал И.Ф. Дашичев.

Командующий Кавказским фронтом Д.Т. Козлов отдал приказ отойти на Парпачский перешеек, на так называемые Ак-Монайские позиции. Такое решение было вполне объяснимо: узкий Парпачский перешеек позволял создать фронт достаточной плотности и прочности для хотя бы временной стабилизации обстановки.

Столкнувшись с кризисом в организации наступления в Крыму, Ставка ВГК направила в Крым своих представителей — армейского комиссара 1–го ранга Л.З. Мехлиса и заместителя начальника Оперативного управления Генерального штаба генерал-майора П.П. Вечного. Колесивший по разным фронтам с самого начала войны Лев Захарович Мехлис был своего рода «глазами и ушами» Верховного Главнокомандующего в войсках. По причине отсутствия навыков в этой области Мехлису не ставились задачи по управлению войсками. Он занимался формированием частей, осуществлял надзор и психологический нажим на высший командный состав. Все прекрасно знали, что Л.З. Мехлис имеет прямое отношение к аресту и последующему расстрелу командования Западного фронта (Д.Г. Павлова, В.Е. Климовских и других) в июле 1941 г., и поэтому угрозы, к которым часто прибегал армейский комиссар, не считали пустым звуком. Однако назначение Л.З. Мехлиса «глазами и ушами» в Крым было существенным кадровым просчетом. Волевые и профессиональные качества Д.Т. Козлова оставляли желать лучшего, и под нажимом энергичного до фанатизма Мехлиса он окончательно растерялся.

Буквально сразу по прибытии в Крым Л.З. Мехлис заявил А.М. Василевскому: «Мы закатим немцам большую музыку». Впрочем, «закатывание музыки» началось с «материализации духов и раздачи слонов» командованию Крымского фронта за потерю Феодосии. В приказе войскам фронта № 12 от 23 января 1942 г. были проанализированы причины неудач боев 15–18 января. Были названы имена виновных: «позорно бежавшего в тыл» командира 9–го стрелкового корпуса И.Ф. Дашичева, к тому времени уже арестованного, командира 236–й стрелковой дивизии комбрига В.К. Мороза, командира 63–й горнострелковой дивизии П.Я. Цендзеневского (остался командовать дивизией до самого конца обороны Керченского полуострова) и других. Помимо кнута были и пряники: по просьбе Л.З. Мехлиса фронту были отпущены 450 ручных пулеметов, 3 тыс. пистолетов-пулеметов ППШ, 50 минометов калибром 82 мм и 120 мм, два дивизиона реактивных минометов М–8. Были обещаны танки Т–34 и КВ. Уже 24 января Мехлис добивается назначения нового командующего авиацией фронта — генерал-майора авиации Е.М. Николаенко. К тому моменту на аэродромах полуострова скопилось 110 неисправных самолетов, в результате в день производилось не более одного самолетовылета. В Крым по настоянию Л.З. Мехлиса был направлен начальником штаба 51–й армии командир 163–й стрелковой дивизии полковник Г.П. Котов.