Всего в августе 1941 года по штатам Управления Особых отделов (вместе со следственной частью, секретариатом, оперативным отделением, административно-хозяйственно-финансовым отделением) числилось 387 человек[12].

После передачи в январе 1942 года 3‑го управления НКВМФ в состав УОО был организован 9‑й отдел. К июню 1942 года структура УОО имела следующий вид.

Руководство (Виктор Семенович Абакумов, Соломон Рафаилович Мильштейн, Федор Яковлевич Тутушкин, Николай Алексеевич Осетров, Лаврентий Фомич Цанава).

Секретариат (Яков Михайлович Броверман).

Оперативное отделение (Александр Васильевич Миусов).

Следственная часть (Борис Семенович Павловский):

1‑е отделение (по шпионажу);

2‑е отделение (антисоветские формирования);

3‑е отделение (по руководству следственной работой на периферии).

1‑й отдел (майор ГБ Иван Иванович Москаленко; Генштаб Красной Армии, штабы фронтов, армий, разведорганы):

1‑е отделение (оперативное управление Генштаба РККА, штабы фронтов и армий);

2‑е отделение (все управления и отделы Генштаба, узел связи, управление кадров);

3‑е отделение (Главное разведывательное управление Генштаба, разведорганы фронтов и армий).

2‑й отдел (майор ГБ Александр Алексеевич Авсеевич; обслуживание ВВС, ВДВ и ПВО):

1‑е отделение (Штаб ВВС Красной Армии);

2‑е отделение (вооружение и тыл ВВС);

3‑е отделение (академии ВВС и руководство периферийной работой по частям ВВС);

4‑е отделение (ПВО);

5‑е отделение (воздушно-десантные войска).

3‑й отдел (майор ГБ Вячеслав Павлович Рогов; Главное автобронетанковое управление (ГАБУ), Главное артиллерийское управление (ГАУ) Красной Армии, танковые войска и артиллерия, гвардейские минометные части):

1‑е отделение (ГАБТУ Красной Армии, АБТУ фронтов и армий, танковые армии, танковые корпуса и бригады, НИИ танковый полигон);

2‑е отделение (Главное управление начальника артиллерии (ГУНАРТ) Красной Армии, Управление гвардейских минометных частей, артиллерийские управления фронтов, артотделы армий, артиллерия Резерва Главного командования, минометные части Красной Армии);

3‑е отделение (ГАУ Красной Армии).

4‑й отдел (майор ГБ Григорий Самойлович Болотин-Балясный; руководство агентурно-оперативной работой особорганов фронтов по родам войск: пехота, артиллерия, кавалерия, борьба с изменой, дезертирством, самострелами и заградительная служба):

1‑е отделение (обслуживало фронты: Карельский, Ленинградский, Волховский, Северо-Западный, Калининский; 7‑ю отдельную армию и резервную армию);

2‑е отделение (обслуживало фронты: Западный, Брянский, Юго-Западный, Южный и Северо-Кавказский);

3‑е отделение (по борьбе с изменой, дезертирством и самострелами, организация заградительной службы);

4‑е отделение (редакции военных газет, органы военной прокуратуры, военные трибуналы, Центральный дом Красной Армии (ЦДКА), Дома творчества Красной Армии (ДТКА), ансамбли, оркестры, военные академии).

5‑й отдел (майор ГБ Константин Павлович Прохоренко; Главное интендантское управление, Главное санитарное управление, Ветеринарное управление, Главное управление военных сообщений, Главвоенстрой, АХО, Квартирно-эксплуатационное управление, академии):

1‑е отделение (Главное интендантское управление, интендантские управления фронтов, интендантские отделы армий, АХО, Управление снабжения горючим, интендантские отделы армий);

2‑е отделение (Главное сануправление, Ветеринарное управление, фронтовые и окружные санслужба и ветслужба, органы Военного Сообщения (ВОСО), Главное автодорожное управление, Квартирно-эксплуатационное управление (КЭУ), Главвоенстрой, Военпроект, академии).

6‑й отдел (майор ГБ Семен Петрович Юхимович; войска НКВД):

1‑е отделение (пограничные войска и учебные заведения войск НКВД);

2‑е отделение (внутренние войска и войска охраны тыла фронтов);

3‑е отделение (железнодорожные, промышленные и конвойные войска);

4‑е отделение (органы военного снабжения войск НКВД).

7‑й отдел (А. Ф. Соловьев; оперативный учет):

1‑е отделение (действующий учет по управлению особых отделов, отчетность фронтовых особорганов, учет изменников Родины, шпионов, диверсантов, террористов, трусов, паникеров, дезертиров, самострельщиков и антисоветского элемента, особый учет изменников Родины, агентов разведки и лиц, скомпрометированных по показаниям последних);

2‑е отделение (проверка военной номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной, мобилизационной и ТОС (технике особой секретности) работе, проверка работников, командируемых за границу, и личного состава Красной Армии и Военно-Морского Флота).

8‑й отдел (Михаил Петрович Шариков; шифровальный):

1‑е отделение (шифровальное);

2‑е отделение (агентурно-оперативное обслуживание шифрорганов Красной Армии, инспектирование шифрорганов ОО, учет и пересылка шифров).

9‑й отдел (майор ГБ Петр Андреевич Гладков; по обслуживанию ВМФ):

1‑е отделение (Главный морской штаб, Развед-управление ВМФ, Школа Разведупра, командование управлений наркомата, части и учреждения НКВМФ центрального подчинения, руководство по линии указанных объектов периферией);

2‑е отделение (управление ВВС, штаб ВВС, узел связи ВВС, руководство по линии ВВС периферией, управление ПВО).

10‑й отдел (майор ГБ Иван Иванович Горгонов; по руководству контрразведывательной работой особых органов фронтов и округов).

11‑й отдел (Александр Евстафьевич Кочетков; по обслуживанию инженерных и химических войск, саперных армий, оборонительного строительства и войск связи).

12‑й отдел (Петр Михайлович Чайковский; по обслуживанию Главного управления формирований и комплектования РККА).

Аппараты, подчиненные УОО НКВД СССР:

ОО НКВД НИИ ВВС Красной Армии и Монинского авиагарнизона;

ОО НКВД Отдельной мотострелковой дивизии особого назначения им. Дзержинского (ОМСДОН);

ОО НКВД гарнизона Московского Кремля[13].

В июне 1942 года штатная численность Управления Особых отделов НКВД СССР составляла 225 человек[14].

Военная контрразведка секретным постановлением Совнаркома от 19 апреля 1943 года была передана в наркоматы обороны и военно‑морского флота, при которых учреждались управления контрразведки «Смерш» (сокращение от «смерть шпионам»). По поводу названия известна история о том, как Иосиф Сталин, ознакомившись с первоначальным вариантом «Смернеш» («смерть немецким шпионам»), заметил: «Разве другие разведки против нас не шпионят?», в результате и появилась ставшая легендарной и знаменитой аббревиатура СМЕРШ. В любом случае, расшифровка слова СМЕРШ была официально зафиксирована спустя два дня.

21 апреля 1943 года Иосиф Сталин подписал Постановление ГКО № 3222 сс/ов об утверждении положения о ГУКР «Смерш» НКО СССР. Текст документа состоял всего лишь из одной лаконичной фразы: «Утвердить положение о Главном Управлении контрразведки «Смерш» – (Смерть шпионам) и его органах на местах (см. приложение)». Зато в приложении к документу было подробно расписано, чем должно заниматься новое подразделение Наркомата обороны СССР и Наркомата ВМФ, а также определен статус его сотрудников.

Согласно Положению «Главное Управление контрразведки НКО («Смерш» – смерть шпионам), созданное на базе бывшего Управления Особых отделов НКВД СССР, входит в состав народного Комиссариата Обороны.