ВОНАПО-2 прекратил свое существование осенью 1938 года после заключения Мюнхенского соглашения, советские представители в нем покинули страну. Майор Кузнецов продолжал свою разведывательную деятельность в Берлине.
Легальным резидентом в Чехословакии в предвоенные годы был Леонид Андреевич Михайлов («Рудольф», «Рудольф-1»), который под именем Леонида Ивановича Мохова заведовал канцелярией Генерального консульства СССР в Праге. В своей работе «Рудольф» использовал также фамилии Орлов, Каликов, Медведев. Связными Мохова были Иржина Унцейтиг, журналист и писатель Курт Беер (литературный псевдоним: Курт Конрад). С их помощью, а также самостоятельно резидент поддерживал многочисленные связи с советскими разведывательными группами и организациями Движения Сопротивления, в том числе и с теми, которые связаны были с Лондоном, где в эмиграции находилось руководство страны.
Незадолго до нападения Германии на Советский Союз к Мохову поступила информация о готовящейся против него провокации и «Рудольф» срочно вернулся на родину. Источником этих сведений был сотрудник чехословацкой разведки все тот же А-54, он же — ответственный сотрудник абвера (немецкой военной разведки) Пауль Тюммель. А рано утром 22 июня 1941 года германский министр иностранных дел Й. Риббентроп зачитал по радио ноту о начале войны с Советским Союзом, в которой речь шла и о Мохове «главе русской разведывательной сети, которая простиралась над всем Протекторатом…». А начальник пражского гестапо Гешке, докладывая 10 ноября того же года своему шефу Р. Гейдриху о раскрытом летом 1941 года аппарате советской разведки, которым руководил «Рудольф», отметил, что по этому делу было арестовано около 200 человек.
Одну из связанных с Моховым советских разведывательных групп возглавлял в 1937-1941 годах майор чехословацкой армии Рудольф (или Йозеф) Едличка («Руди»). В преддверии войны майор получил от резидента рацию, шифры и расписание выхода в эфир, позывной его рации — «Магда». Помимо собственной информации он передавал в Центр сведения от разведчиков и организаций Движения Сопротивления, связанных с чехословацким правительством в эмиграции, в их числе одна из крупнейших военных организаций УВОД (UVOD — Центральное руководство Движением Сопротивления в стране).
В своей телеграмме президенту Э. Бенешу в Лондон 30 июля 1940 года руководители УВОДа назвали Едличку «наш майор, хороший чех на их службе». Взаимодействие УВОДа и ещё одной военной группы ПВВЗ (PVVZ — Совет пяти «Останемся верны») с резидентурой советской военной разведки становится более тесным с лета 1940 года. Этому предшествовала встреча одного из видных деятелей Движения Сопротивления подполковника Йозефа Балабана с представителем советской разведки («Атташе»), видимо атташе по печати Генерального консульства СССР, помощником резидента Куртом Беером. Он заверил Балабана, что Советский Союз заинтересован в восстановлении независимой ЧСР и поддержании дружеских отношений между двумя странами. Что же касается советско-германского конфликта, то он уже близок, и к нему надо готовиться.
«Атташе» предложил программу сотрудничества в области разведки, которая предусматривала: передачу сведений о немецкой разведывательной сети и агентах, действующих против СССР, о дислокации немецких воинских частей и учреждений в протекторате, о военном производстве на заводах Шкода, ЧКД, Збройовка, причем особое внимание следовало обратить на новые типы танков, создание переправ в Германию через Судеты для советских разведчиков, установление надежной курьерской и радиосвязи с СССР, составление плана выброски парашютистов и оружия, акций саботажа в случае конфликта, прямое сотрудничество советских и чехословацких разведчиков в Германии.
Из этого обширного плана действий практически удалось осуществить не все, на территории протектората наиболее эффективным оказался обмен информацией. УВОД передал советским коллегам данные о том, что война против СССР начнется во второй половине 1941 года, а наступлению будет предшествовать мощный удар авиации по 1-й и 2-й зонам обороны. Сообщалось также о переброске войск на восток, в места сосредоточения немецкой армии.
Среди этих документов были довольно точные сведения о числе и характере военной техники, о горючем и других материалах, которые перевозились по территории протектората. Ценной была информация о подготовке нацистского наступления на Балканах, о немецком шпионаже в СССР и др.
6 и 14 июня 1941 года «Рудольфу» передана новые данные о готовящемся нападении Германии на Советский Союз. Согласно одному из донесений от 27 апреля, нацисты запретили пльзеньской Шкодовке отправлять в СССР произведенную для него продукцию и дали полтора месяца на завершение финансовых операций по советским заказам.
К «Руди» сведения поступали и от видного историка и публициста, крупного деятеля некоммунистического Движения Сопротивления Ярослава Папоушека, который в 1936-1938 годах сотрудничал с советской военной разведкой в рамках секретного сотрудничества Разведупра РККА со 2-м (разведывательным) отделом чехословацкого Главного штаба. После войны президент Бенеш писал что Я. Попоушек был одним из лучших источников информации о подготовке Германией войны против СССР.
Немцы раскрыли группу «Руди» в октябре 1941 года. Едличка был арестован и расстрелян. В декабре того же года нацистами арестован и Я. Папоушек, он умер в тюрьме в январе 1945 года.
Сотрудником советской военной разведки в Праге с 1930 года был Владимир Врана, его деятельностью руководили тогда разведчики работавшие в полпредстве СССР. В 1932-1935 годах он работал во Франции, а затем вернулся на родину. Поступив на должность референта по связям с зарубежными странами, а потом эксперта пльзеньского завода «Шкода», Врана получил доступ к серьезной военно-технической информации. Его возможности значительно расширились, когда после оккупации страны он перебрался в Прагу и стал сотрудником отдела, который занимался экспортом вооружений в штаб-квартире заводов «Шкода». Вместе с тем информация к нему поступала и от целого ряда людей, связанных с военным производством.
Начавшаяся война лишила Врану обычных каналов связи, и он обратился к журналисту Юлиусу Фучику с просьбой помочь восстановить контакт с Москвой. Через некоторое время Фучик организовал ему передачу информации и материалов для Центра с помощью одной из сотрудниц шведского консульства в Праге. В январе 1943 года. Врана был арестован по подозрению в антифашистской деятельности. И хотя следствие ничего не дало, Владимира отправили в концлагерь Флоссенбург, где ему удалось выжить и дождаться конца войны. Умер В. Врана в 1978 году.
Установление советской власти в Прибалтике застало там двух сотрудников чехословацких фирм, прибывших в Латвию по торговым делам. Антонин Кос и Зденек Богуслав обратились к советским военным властям с просьбой принять их в Красную Армию. В августе 1940 года чехословакам сообщили, что их просьба будет удовлетворена — им предстоит в качестве разведчиков работать на родине. Октябрь — ноябрь был посвящен ускоренной разведподготовке в Москве, потом они вернулись в Ригу и оттуда в декабре добрались до дома. Официально считалось, что они бежали из Прибалтики от Советов через Берлин. Довольно быстро им удалось организовать агентурную сеть, которая охватывала Южную Моравию, а также отчасти и другие районы страны. Связь с Центром осуществлялась через резидента «Рудольфа» (раз в 14 дней в Праге или Брно) и по радио.
Начавшаяся война лишила Антонина и Зденека этих возможностей передавать в Москву свою информацию. Связь была восстановлена летом 1941 года с помощью радиста группы парашютистов, высадившихся в Чехословакии. Однако, в этой группе оказался предатель, благодаря которому полиции удалось арестовать в октябре 1941 года Антонина Коса. Но добиться от него гестапо ничего не удалось. В мае 1942 года его казнили в Маутхаузене. Посмертно ему присвоили звание поручика чехословацкой армии и наградили Чешским военным крестом. Богуслава арестовали в апреле 1944 года, он дожил до победы.
