С марта 1918-го, когда Одесса, как и вся Украина, была оккупирована австро-германскими войсками, Урицкий воюет на фронтах гражданской войны: в качестве комиссара кавалерии 3-й Украинской армии и начальника боевого участка Поворино на Царицынском фронте.
В августе он назначается на первый свой пост в военной разведке — военным агентом (позднее они и у нас стали называться военными атташе) советского Генерального консульства в Одессе. Официальное присутствие советских граждан в городе правительство гетмана П. Скоропадского и немцы терпели недолго. По обвинению в вербовке людей для Красной Армии Семён Петрович и генеральный консул были арестованы и в октябре высланы в Советскую Россию.
В Москве Урицкий возглавляет Московский окружной военный контроль (т.е. военную контрразведку округа). Когда в декабре все органы военного контроля, которые ранее подчинялись Региструпру Полевого штаба РВСР, были переданы в ВЧК, Урицкого направляют на учебу в Академию Генерального штаба. Но в мае 1919-го его отзывают из Академии и назначают на Южный фронт старшим помощником начальника штаба 58-й стрелковой дивизии.
В середине августа 1919 года дивизия под командованием И. Ф. Федько, сражаясь с деникинцами, обороняла район Херсон-Николаев-Вознесенск. И в этот момент махновские агитаторы спровоцировали выступление бойцов из тыловых подразделений, внушив им, что большевики отступают потому, что не хотят защищать Украину. Начдив Федько и комиссар Михелович были арестованы, им обоим грозила смерть. В этой ситуации Семён Петрович Урицкий поднял по тревоге батальон связи, вывел его к захваченному махновцами бронепоезду и отбил у озверевшей толпы начдива и комиссара. Мятежники разбежались, управление дивизией было восстановлено, и Федько отвел её к Вознесенску, где дивизия вошла в состав Южной группы войск, вместе с которой совершила четырехсоткилометровый поход по тылам врага.
Находчивость С. П. Урицкого при спасении начдива и комиссара была отмечена в приказе Реввоенсовета республики. Приказ целиком посвящался молодому красному командиру, награжденному за этот подвиг орденом Красного Знамени. Урицкий, говорилось в приказе, «неоднократно доказывал свою преданность в борьбе с врагами Рабоче-Крестьянской Республики».
В октябре 1919 года, при штурме Киева, Урицкий был тяжело ранен и контужен, полгода лечился в госпиталях Москвы и Одессы и в мае 1920 года назначен командиром и комиссаром Отдельной кавалерийской бригады Южного фронта. Несколько дней побыв в августе временно исполняющим обязанности начальника оперативного (агентурного) отделения Региструпра, он возвращается на фронт в свою бригаду, вместе с которой громит в Крыму Врангеля.
В декабре 1920-го Урицкого вновь посылают на учебу в Академию Генштаба РККА. Узнав о мятеже в Кронштадте в марте 1921, слушатели Урицкий и Федько просятся на фронт. Их назначают в 187-ю бригаду — Семёна начальником штаба, а Ивана командиром бригады. Они участвовали в штурме мятежного города и были награждены орденами Красного Знамени в апреле того же года.
Кроме того, Петроградский Совет наградил Урицкого именными золотыми часами.
В мае 1921 года Урицкий приезжает в Одессу и 28 числа принимает у бывшего балтийского моряка П. Е. Дыбенко командование Одесским укрепрайоном. Но уже в сентябре отзывается в Москву в Военную академию РККА, которую, согласно документам, заканчивает 25 сентября 1922 года с оценкой «весьма удовлетворительно». Между тем, уже с мая 1922 года он состоит в распоряжении Разведотдела — Разведупра Штаба РККА и до мая 1924-го находится на нелегальной работе во Франции, Германии и Чехословакии.
Вернувшись из-за рубежа, Урицкий занимает ряд должностей в войсках и военно-учебных заведениях: помощник начальника, начальник и военком Московской пехотной школы им. М. Ю. Ашенбреннера, а также Одесской пехотной школы (1924-1927), командир и комиссар 20-й стрелковой дивизии Ленинградского военного округа (1927-1929), заместитель начальника штаба Северо-Кавказского военного округа (1929-1930), участвовал в подавлении восстания в Чечне. В 1928-1929 годах окончил армейское отделение Курсов усовершенствования высшего командного состава. Командовал 8-м и 6-м стрелковыми корпусами Украинского военного округа (1930-1931), был начальником штаба Ленинградского военного округа (1931-1932), командиром и комиссаром 13-го стрелкового корпуса Приволжского военного округа (1932-1934). На излете советско-германского военного сотрудничества побывал в Германии во главе военной делегации (1932-1933), уже после прихода Гитлера к власти, с последней группой командиров РККА находился на учебе в Штутгарте (март — июнь 1933). С июня 1934-го — заместитель начальника Управления механизации и моторизации — Автобронетанкового управления РККА.
В апреле 1935 года следует новое назначение: Центральный Комитет ВКП(б) и руководство Наркомата обороны выдвигают С. П. Урицкого на должность начальника Разведывательного управления РККА. А в ноябре того же года ему присвоено звание комкора.
«Загруженный до предела этой работой, Семён Петрович не замыкался в ней. Он изучал высшую математику, физику, астрономию. Владел французским и польским языками, знал немецкий. Досуг отдавал литературе. Он много писал, его рассказы печатались в журнале „30 дней“ и других изданиях. Будучи в Германии в 1931-1932 годах, он задумал большой роман о германской военщине и написал его. Редактировал роман известный советский писатель Петр Павленко, с которым Семёна Петровича связывала тесная дружба. В кругу его близких знакомых были также Михаил Кольцов, комсомольские руководители Александр Косарев и Дмитрий Лукьянов, известный писатель Борис Лавренёв. Все они принимали живейшее участие в его домашней сатирической газете. Даже И. Ф. Федько присылал для неё очерки с Дальнего Востока» — писал биограф С. Урицкого Ю. Геллер.
На работе все было сложнее. У него явно не сложились отношения с командой А. Х. Артузова, которую Сталин направил спасать Разведупр. Во всяком случае, Артузов жаловался на плохое к ним отношение со стороны начальника Управления (в письме самому Урицкому 20 декабря 1936 года). И в качестве примера указывал на то, что он отстранил руководителей двух агентурных отделов Ф. Я. Карина и О. О. Штейнбрюка от обсуждения оперативных вопросов. Он писал: «Я думаю, что я привел в Разведупр неплохой народ. Ему не хватает военной школы, у него много недостатков, но он полезен для разведки». И в письме Сталину (17 января 1937) Артузов отмечал: «Урицкий верил и считался со мной и моими соображениями по агентурной работе. Но, однако, неправильно и придирчиво относился к разведчикам-чекистам, пришедшим из ИНО ОГПУ… У меня с Урицким не было разногласий, но он крайне ревниво относился к моим встречам с Ежовым».
Нужно при этом отметить, что Семён Петрович, проработавший несколько лет в нелегальной разведке за границей, но большую часть жизни прослуживший в войсках на строевых должностях, возможно не был столь профессинально подготовлен как это было необходимо.
9 июня Урицкий освобожден от руководства Управлением и назначен заместителем нового командующего войсками Московского военного округа, своего тезки маршала Буденного. Дела он сдал прибывшему из Испании Берзину.
В ночь на 1 ноября комкор Урицкий был арестован. О методах и результатах следствия едва ли стоит говорить. Вспомним только один пример, приведенный на следствии в 1939 г . бывшим заместителем Ежова Михаилом Фриновским. «Урицкий отказался от показаний на Белова (командующий белорусским военным округом, командарм 1 ранга, — авт.) при допросе его Ежовым. Не став с ним ни о чем разговаривать, Ежов ушел, а спустя несколько минут Урицкий через Николаева (Николаев-Журид, начальник Особого отдела ГУГБ НКВД, — авт.) извинился перед Ежовым и говорил, что он „смалодушничал“. Авторы совместной справки КПК при ЦК КПСС и КГБ СССР по „делу о военно-фашистском заговоре в Красной Армии“, в которой приведены показания Фриновского, отмечают, „что в личной записной книжке Ежова, хранящейся в архиве ЦК КПСС, имеется пометка о необходимости избиения арестованного Урицкого“ (Военно-исторический архив. М., 1997. Вып.2. С.52).
