Большую, Среднюю и Малую Невки с выходными фарватерами надлежало заградить затоплением специально заготовленных барж с камнями и цементом, мелкими плавучими средствами, находящимися в районе.

Схема связи включала в себя таблицу условных сигналов. В частности, общими для всех районов являлись: «Одуванчик» — вскрыть пакет №… «Резеда» — начать расстановку объектов, «Хризантема» — начать уничтожение и затопление объектов, «Тюльпан» — отменительный.

Как уже отмечалось, 13 сентября в Ленинград пришла Директива Ставки ВГК Военному совету Ленинградского фронта об утверждении плана мероприятий по уничтожению Балтийского флота, подписанная по поручению Ставки Верховного главнокомандования начальником Генерального штаба Б. Шапошниковым и наркомом ВМФ Н. Кузнецовым. Как бы в развитие уже утвержденного плана в единственном экземпляре появляется более детализированный план подписанный командующим КБФ Трибуцем, Членом Военного совета Смирновым и заместителем начальника штаба флота капитаном 1-го ранга Ф.В. Зозуля. Как бы потому, что Исаков его утвердил еще 12 сентября.

План «мероприятий по уничтожению кораблей военного и торгового флота и заграждению фарватеров и гаваней на случай отхода из Ленинграда» включал девять разделов. В первом формулировались задачи:

1. В случае вынужденного отхода из Ленинграда затопить все торговые и военные корабли с максимально возможными разрушениями.

2. Затопление кораблей производить на фарватерах, в узкостях, в гаванях, чем исключить возможность свободного плавания противнику в районах Кронштадта и использования им гаваней, каналов и фарватеров.

3. Уничтожение и затопление производить только по сигналу Главного командования строго по утвержденному им плану.

4. По окончанию операции по уничтожению и затоплению флота все плавучие батареи 2-го корпуса зенитной артиллерии отбуксировать в Кронштадт.

Второй раздел предписывал провести следующие подготовительные мероприятия:

1. Снять со всех транспортов и кораблей вооружение которое можно использовать на сухопутном фронте.

2. Расставить корабли по местам затопления согласно плану.

3. Сдать с транспортов всю секретную документацию в Ленинграде и Кронштадте соответственно в штаб Морской обороны и штаб КБФ.

4. Подать все необходимые подрывные средства к участкам уничтожения кораблей.

5. Подготовить и расставить по участкам основные подрывные партии.

6. Наметить и распределить по участкам обеспечивающие средства.

7. Разделить всю акваторию на районы, по которым ответственным командирам разработать исполнительные планы.

8. Наметить разделение районов по участкам, назначить ответственных командиров которым объяснить их задачу после получения на то разрешения Главного командования.

9. Все подготовительные мероприятия закончить к 12 сентября 1941 г., за исключением демонтажа вооружения с боевых кораблей, которое снимать по особому приказанию.

Третий раздел определял организацию уничтожения и затопления. В частности, в нем вся акватория делилась на четыре района, которые в свою очередь подразделялись на семь участков каждый. На последних имелись ответственные исполнители с представленными к ним комиссарами. Первый район, Кронштадский, включал, кроме собственно Кронштадта, военно-морской порт Ораниенбаум, Северный фарватер, Петергоф, морской канал от банки Олег до Петергофского буя. Ответственными за реализацию плана в районе назначены контр-адмирал Пантелеев и бригадный комиссар Серебренников. Первый участок — от банки Олег до развилки корабельного фарватера, вход на Большой Кронштадский рейд (капитан 2-го ранга Сухоруков, военком Столяров). Второй участок — узкость между Кроншлотом и Котлиным, выход на Ленинградский фарватер с Восточного рейда (контр-адмирал Дрозд, военком Смирнов). Третий участок — ворота гаваней Кронштадта (капитан 1-го ранга Птохов, бригадный комиссар Радун). Пятый участок — гавань Ораниенбаум (капитан 3-го ранга Саков, военком Филатов). Шестой участок — гавань Петергоф (капитан 3-го ранга Умовский, военком Николаев). Седьмой участок — гавани Кронштадта (капитан 1-го ранга Птохов, бригадный комиссар Радун).

Второй район растянулся от Петергофского буя до устья Невы, туда вошли Ленинградский торговый порт и акватория судостроительного завода им. Жданова (завод № 190). Возглавляли район капитан 1-го ранга Евдокимов, зам наркома Морского флота Кириченко, бригадный комиссар Мосолов. Первый участок — вход в огражденную часть канала до нефтебаков (капитан 3-го ранга Клитный, военком Рейзин). Второй участок — от Раздельной дамбы до входа в канал и Угольную гавань (капитан 2-го ранга Юрковский, военком Дандин). Третий участок — от 47-го причала до Гутуевского ковша (старший лейтенант Кирилов, военком Владимиров). Участок четвертый — от Гутуевского ковша до входа в Неву и Большой корабельный фарватер (капитан 2-го ранга Смирнов, военком Новиков). Пятый участок — Мелководный фарватер к Гребному порту (капитан 3-го ранга Моторов, военком Лавров). Шестой участок — уничтожение и затопление судов оставшихся у стенок (капитан 3-го ранга Иванов). Седьмой участок — уничтожение барж с зенитной артиллерией и прожекторами (капитан 2-го ранга Чуфистов).

Третий район охватывал всю подконтрольную акваторию реки Нева. За него отвечали контр-адмирал Челпанов и бригадный комиссар Матушкин. Первый участок — от Кромчено до Уткиной заводи (капитан 1-го ранга Черков, полковой комиссар Малоглазов). Второй участок — от Уткиной заводи до Финляндского моста (капитан 2-го ранга Устинов). Третий участок — от Финляндского до Литейного моста (капитан 2-го ранга Зыков, полковой комиссар Отмалов). Четвертый участок — от Литейного до Троицкого моста (капитан 3-го ранга Егоров, военком Гранов). Пятый участок — от Троицкого до моста лейтенанта Шмидта (капитан-лейтенант Тархнишвили, военком Жуков). Шестой участок — от моста лейтенанта Шмидта до устья Невы (контр-адмирал Заостровцев, военком Жуков). Седьмой участок — Малая Нева; Большая, Средняя и Малая Невки (капитан 3-го ранга Тулумбасов, военком Федоров).

Четвертый район объединил все судостроительные заводы, то есть № 190, 189, 194, 196, 363, 370 и 5. Отвечали за него инженер-контр-адмирал Жуков, зам. наркома судостроительной промышленности Самарин и военком Каменский. Первый участок — Балтийский завод им. С Орджоникидзе № 189 (инженер-капитан 2-го ранга Гастев, главный инженер Боженко, военком Суровый). Второй участок — завод им. А.А. Жданова № 190 (инженер-капитан 2-го ранга Козлов, главный инженер Боголюбов, военком Васильев). Третий участок — завод им. А. Марти № 194 (инженер-капитан 2-го ранга Черняцкий, главный инженер Турунов, военком Боярин). Четвертый участок — завод «Судомех» № 196 (военинженер 2-го ранга Подалюк, главный инженер Мучнин, военком Круговой). Пятый участок — Усть-Ижорская верфь, завод № 363 (военинженер 3-го ранга Банник, директор завода Миронов, военком Михайлов). Шестой участок — Петрозавод, завод № 370 (военинженер 2-го ранга Городянко, главный инженер Вердликов, военком Ильин). Седьмой участок — Верфь Морпогранохраны НКВД, завод № 5 (инженер-капитан-лейтенант Жетецкий, директор завода Е.Я. Локшин, военком Барноковский).

Четвертый раздел Плана мероприятий определял порядок затопления кораблей. Там говорилось, что сигнал о затоплении, в зависимости от обстановки, может быть дан как общий, так и по отдельным районам. Одновременно с затоплением кораблей должны производиться постановка минных заграждений в узкостях и сниматься все штатные навигационные ограждения. Затопление кораблей находящихся в доках производится одновременно с уничтожением самих доков. Затопление кораблей в Морском канале и Ленинградском торговом порту производится согласовано с уничтожением портовых средств и хранилищ топлива. Уничтожение тыловых сооружений в Кронштадте производится по отдельному плану начальника тыла КБФ. По окончанию проведения операции во втором районе всем буксирным средствам перевести в Кронштадт плавучие зенитные батареи 2-го корпуса ПВО.