Отставному генералу было о чем сожалеть, его партия упустила время для решительных действий, а теперь богатые пожалования могли склонить канцлера к отказу от принятой программы. На время устанавливается шаткое равновесие сил между сторонниками и противниками Екатерины II. Как следствие, встал вопрос о фаворите: креатура Панина — Васильчиков далее не мог занимать этот пост, поскольку его покровитель потерял свое прежнее положение. Орловы же еще не вернули былого могущества: между Екатериной и Григорием Орловым старые отношения не восстановились. На мгновение две противоборствующие политические силы, как Сцилла и Харибда, расступились, чтоб пропустить на сцену нового актера. 4 февраля 1774 г. из армии прибыл давний друг Екатерины, много лет безнадежно влюбленный в нее — генерал-майор Г. А. Потемкин. Кандидатура Григория Александровича устраивала всех, поскольку обе партии видели в нем проходную фигуру. И просчитались.
Вновь первым в ситуации разобрался Петр Иванович. «Сей новый актер станет роль свою играть с великой живостью и со многими переменами, если только утвердится», — писал он о Потемкине в письме 7 марта 1774 г. к своему племяннику камер-юнкеру князю А. Б. Куракину. Панин знал Потемкина по русско-турецкой войне и имел возможность оценить его характер, он первым из панинской группировки попытался установить контакт с будущим фаворитом и сделать его своей креатурой. Потемкину нужна была помощь, чтоб укрепиться при дворе. По дороге в Петербург, проезжая через Москву, он согласился встретиться с опальным генералом. Их разговор не мог не затронуть болезненной темы, вертевшейся тогда у всех на языке. Беглый казак Емельян Пугачев, объявив себя спасшимся императором, вел военные действия в далеком Оренбуржье с все возрастающим успехом. Маленькие крепости на границе сдавались одна за другой, правительственные войска терпели поражения. Положение было серьезным. Как видно из дальнейших писем Потемкина к Панину, Петр Иванович заверил его в своем желании «послужить Отечеству».
Сразу после приезда в столицу Потемкин сближается с Никитой Ивановичем, который видит в нем человека своего брата и на первых порах помогает новому генерал-адъютанту укрепить свои позиции. 23 июля 1774 г. в Петергофе двором было получено известие о заключении мира с Турцией, столь необходимого для борьбы с Пугачевщиной. Между тем события на внутреннем фронте приняли угрожающий оборот. Самозванец сжег Казань, теперь повстанцам открывался путь на Москву. 26 июля Екатерина со всей свитой отбыла в Ораниенбаум, где состоялось заседание Государственного Совета. На нем Никита Иванович Панин обвинил главнокомандующего войсками, действовавшими против Пугачева, князя Ф. Ф. Щербатова в вялости и нерешительности и потребовал назначить на его место своего брата — генерал-аншефа Панина. Вот, когда встал вопрос о возможности «послужить Отечеству».
За обедом Никита Иванович прямо объяснился с Потемкиным, и тот повторно доложил Екатерине столь неприятное ей предложение Никиты Ивановича. Вечером императрица в обществе канцлера вернулась в Петергоф, по дороге ловкий дипломат лично передал ей доводы в пользу своего брата. Екатерина была подавлена, она понимала, что шаг, на который ее подталкивают, грозит ей потерей короны: она должна была своими руками вверить огромные войска человеку, поставившему цель возвести на престол ее сына. Никита Иванович сообщал брату, что его назначение дело почти решенное. Тогда же из столицы в Москву был отправлен А. Н. Самойлов, племянник Потемкина, с письмом дяди. Григорий Александрович напоминал Панину их разговор зимой 1774 г. и сообщал, что именно он предложил императрице кандидатуру Петра Ивановича. Неопытный еще политик сумел перехватить инициативу у канцлера и вбить клин между братьями, ведь Петр Иванович прекрасно знал, насколько нерешителен его петербургский родственник.
Теперь, когда все просили согласия генерала Панина возглавить войска, московский затворник мог выставлять свои требования. Он желал получить полную власть над всеми воинскими командами, действующими против армии самозванца, а также над жителями и судебными инстанциями четырех губерний, включая и Московскую. Особо оговаривалось право командующего задерживать любого человека и вершить смертную казнь на вверенной ему территории. Эти условия Панин изложил в письме к брату, а канцлер передал их Екатерине. Одновременно Никита Иванович вручил императрице подготовленный им черновой проект рескрипта о назначении П. И. Панина главнокомандующим, и целый ряд других, необходимых для этого документов, которые предоставляли неограниченные полномочия новому главнокомандующему. 29 июля все поданые Никитой Ивановичем бумаги были утверждены императрицей лишь с некоторыми «несущественными» уточнениями.
С 28 на 29 июля 1774 г. могла возникнуть отчаянная записка Екатерины к Потемкину по поводу предоставления графу Панину «диктаторских» полномочий. «Увидишь, голубчик, — пишет она, — из приложенных при сем штук, что господин граф Панин из братца своего изволит делать властителя с беспредельной властью в лучшей части империи, то есть в Московской, Нижегородской, Казанской и Оренбургской губерниях… Что если сие я подпишу, то не токмо князь Волконский будет огорчен и смешон, но я сама ни малейше не сбережена». Переслав Потемкину требования Петра Панина, императрица просила у него совета: «Вот Вам книга в руки: изволь читать и признавай, что гордыня сих людей всех прочих выше». Волнение и крайнее раздражение Екатерины прорывается в последних строках записки: «Естьли же тебе угодно, то всех в одни сутки так приберу к рукам, что любо будет. Дай по-царски поступать — хвост отшибу!»
Посоветовавшись с Потемкиным, Екатерина вносит ряд поправок в подготовленные Никитой Ивановичем документы: главнокомандующему против «внутреннего возмущения» было отказано в начальстве над Московской губернией, а обе следственные комиссии, которые П. И. Панин хотел подчинить себе, оставались в непосредственном подчинении императрицы, это притязание нового командующего вызвало у нее особенно резкие возражения. Таким образом, Петр Иванович и получал, и не получал желаемое. Он не отказался от командования, хотя не все его условия были выполнены: такая, урезанная власть предоставляла ему в руки большие шансы для политической борьбы. Но теперь у императрицы имелась реальная возможность противостоять возможному «диктатору», тем более что самая важная Казанская следственная комиссия оставалась в ведении троюродного брата Потемкина Павла Сергеевича.
Был ли Петр Иванович доволен таким оборотом дел? Молодой политик сумел развернуть игру невыгодным для партии Паниных образом. Это было первое поражение, которое прусская группировка потерпела от Потемкина. Но для Петра Ивановича настоящая борьба только начиналась.
Получив назначение, он не поехал сразу в Казань, поскольку военные действия захватывали уже и Московскую губернию. Панин намеревался превратить старую столицу в свою штаб-квартиру и сосредоточить власть в Москве в своих руках. В этом случае исполнить его далеко идущие политические замыслы было бы куда легче. Но в Первопрестольной оказалось два главнокомандующих — Волконский и Панин. Официально Москва не была вверена власти Петра Ивановича. Он выдвинул на дорогах, идущих к старой столице значительные силы, а когда волны крестьянской войны под ударами регулярной армии стали откатываться все восточнее, у главнокомандующего не оказалось никакого предлога для задержки в Москве. Сначала он руководил операциями из ближнего к старой столице города Шацка, а затем вынужден был последовать за карательными отрядами в Симбирск.
На охваченных мятежом землях Петр Иванович, имея в руках огромную воинскую силу, почувствовал себя полным господином. Обе столицы были далеко, вокруг бушевало кровавое море крестьянской войны, и Панин не стал смущаться в выборе методов для подавления бунтовщиков. Ни при А. И. Бибикове, ни при Ф. Ф. Щербатове, прежних командующих, край не видел ничего подобного от представителя правительственной власти. Террор охватил очищенные от повстанцев земли; для устрашения волнующихся крестьян Панин приказал казнить мятежников прямо на месте поимки, без суда и следствия. Именно тогда вниз по рекам поплыли плоты с колесованными и подвешенными за ребра пугачевцами.