В августе 1560 года парламент проголосовал за то, чтобы упразднить католицизм и вместо него сделать национальной религией протестантизм. Было решено также полностью отказаться от папской власти. Вместе с ней исчезли колокола, чаши, латинские богослужения, статуи, распятия, поклонение Деве Марии и святым, заупокойные молитвы, вера в чистилище и различные сложные ритуалы. Их место заняло скромное богослужение, наполненное пылкими проповедями, изучением Библии, молитвами и псалмами, которые пелись всеми прихожанами.

То была потрясающая победа Реформации, но теперь должны были быть установлены правила, которые вели бы народ в его вере. В поисках ответа люди обращались к Ноксу. Он с готовностью приходил к ним на помощь.

В том же месяце Нокс вместе с другими служителями представил символ веры, включающий в себя протестантские и кальвинистские убеждения. Парламент ознакомился с ним и проголосовал о принятии.

Далее, парламент попросил Нокса подготовить общий свод законов, и тот представил на рассмотрение "Книгу дисциплины". Не каждый член парламента согласился с ней, поэтому книга была отправлена на доработку. В ней утверждалось, что нравственная дисциплина членов церкви контролировалась исключительно церковью, но никак не правительством. В"Книге дисциплины" четко указывалось, куда направлялась десятина и каким образом оказывалась поддержка служителям. Каждая поместная церковь должна была выбирать своих собственных служителей на основании списка, предложенного ее лидерами. Руководители церкви обязаны были посещать все районы, находившиеся под их юрисдикцией, проповедуя там не менее трех раз в неделю и присматривая за поведением местных служителей. Несмотря на то, что Нокс несколько переработал содержание "Книги дисциплины", она не стала законом. Свои голоса она получит позже.

Теперь Нокс получил наконец возможность остепениться и посвятить себя своему приходу в Эдинбурге. Служители захотели назначить его управляющим, однако Нокс отказался, сославшись на свое слабое здоровье. Являясь пастором Эдинбурга, он занимал очень почетную должность и пользовался различными финансовыми и социальными привилегиями. Нокс жил в большом доме - настоящем дворце своего времени, он был роскошно меблирован и окружен прекрасным садом, — полностью оплачиваемом городским советом Эдинбурга.

Нокс только успел поселиться в свой новый дом, как произошла трагедия. Умерла Мэрджори, ей не было еще и тридцати лет. Причина смерти никогда не разглашалась. Некоторые считают, что из-за переутомления она стала слабой и подверженной болезнями. Свои измышления они основывают на словах Нокса: "После прибытия сюда жизнь моей жены была настолько беспокойной, что утром она не могла вспомнить того, о чем писала ночью".71 Мэрджори, так же как и Нокс, посвящала себя работе без остатка.

Уйдя в мир иной, Мэрджори оставила без материнского тепла двух маленьких сыновей, одному было два, а другому три года. Нокс изо всех сил пытался воспитать их самостоятельно, но, в конце концов, попросил миссис Боуз приехать к нему и помочь в этом деле.

Смерть Мэрджори стала тяжелым ударом для Нокса; он с трудом переживал ее, пытаясь в то же время восстановить и свое пошатнувшееся здоровье. Нокс с головой ушел в работу и положился на Господа. В своих письмах он писал о том, как сильно его опустошила смерть жены. Свою теплую память о ней Нокс выразил в словах, сказав, что "подобной ей нет больше нигде".72

Годы, прожитые ими до обретения долгожданного покоя в Эдинбурге, были очень тяжелыми.

Все надежды оставшихся в Шотландии католиков были связаны с возвращением из Франции молодой королевы Мэри. Когда ей было всего лишь шесть лет, ее отправили туда обучаться в лучших католических школах того времени. В 1558 году она вышла замуж за французского принца, но спустя два года он неожиданно умер. Мэри снова стала свободной; кроме того, она была очень красивой, остроумной, но в то же время и испорченной. Если кто-то пытался перейти ей дорогу или поступить вопреки ее желанию, она становилась чрезвычайно нетерпимой и возмущенно требовала, чтобы все было так, как она хочет.

Несколько шотландских дворян постоянно курсировали между Шотландией и Францией, давая Мэри советы относительно того, как ей следует вернуться на родину. Она была наслышана о "Первом трубном зове" Нокса и считала, что он является "наиболее опасным человеком в ее государстве"." Опасаясь, что Нокс начнет очередную революцию, на этот раз уже против нее, Мэри потребовала, чтобы он был изгнан из Шотландии, или же она отказывается возвращаться.

Ее угрозы ни к чему не привели. Елизавете I, королеве Англии, посоветовали заступиться за Нокса и настоять на том, чтобы он остался в Шотландии — исходя исключительно из политических интересов Англии. Влияние Нокса ослабляло силу шотландской монархии. Благодаря этому Шотландия находилась в зависимости от Англии. И хотя Мэри была полна решимости действовать без оглядки на кого-либо, она оставила Нокса в покое только из-за своего страха перед Елизаветой.

Мэри была ярой католичкой и, конечно, выступала против Реформации. Она выставила ультиматум, что станет королевой Шотландии при выполнении двух условий: во-первых, она остается католичкой, и при королевском дворе будут регулярно проводиться мессы; во-вторых, ее королевский двор в Эдинбурге будет таким же роскошным и экстраординарным, к какому она привыкла во Франции. Шотландские дворяне согласились. 19 августа 1561 года Мэри, королева шотландцев, прибыла к берегам своей родины, сердечно приветствуемая жителями Эдинбурга. Ей было всего лишь девятнадцать лет.

В тот день, когда она прибыла, шел сильный дождь, над землей висел густой туман, а видимость составляла не более одного фута. Такая погода была необычной для того времени года, и Нокс воспринял ее как знак свыше. Он писал:

"Само небо с ее прибытием ясно указало на то, что пришло в эту страну вместе с ней: на влияние, скорби, тьму и всю нечестивость. Сколько может помнить человек, этот день еще никогда не видел такого печального лика неба... Солнце перестало светить за два дня до ее прибытия, а появилось спустя лишь два дня после того, как она сошла на берег. Предостережение дал нам Бог, но, увы, большинство было ослеплено!"74

В первое же воскресенье после своего прибытия Мэри распорядилась, чтобы во дворце для нее, ее родственников и придворных была проведена месса. Перед самым началом церемонии группа протестантов попыталась ворваться в королевский дворец, крича, что священник является идолопоклонником и должен умереть. Они успели ранить одного из слуг, который нес свечу, однако затем были вытеснены на улицу стражей, превосходящей их по численности.

В это же время Нокс выступал с проповедью перед необычайно большим скоплением протестантов, осуждая королеву и ее стремление уничтожить все, что было построено реформаторами. Британский посол, желающий предоставить Мэри шанс, был очень недоволен проповедью Нокса. Он писал, что все шотландцы были рады своей новой королеве, "за исключением Джона Нокса, громогласно вещающего из-за кафедры и который, я опасаюсь, в один прекрасный день может все уничтожить. Он задает тон; все же люди пребывают от него в ужасе".75

Это так. Нокс был способен увидеть истинные мотивы Мэри; он знал их еще до того, как она ступила на шотландский берег. Кто-то сказал, что Нокс был единственным человеком, который, встретив Мэри, не был ни очарован ею, ни введен в заблуждение.76

После предпринятой попытки прервать мессу в королевском дворце было издано постановление о том, что любой человек, попытающийся в чем-либо помешать или повредить королевской семье, будет предан смерти. Некоторые видные политики попытались вступить в спор с дворянами- протестантами, спрашивая у тех, почему они хотят изгнать Мэри из Шотландии. Сторонники Мэри хотели, чтобы протестанты предоставили королеве шанс, поскольку им казалось, что она наверняка вскоре примет их убеждения. Протестанты же были уверены, что после приезда из Франции большей части родственников Мэри она будет править так, как ей заблагорассудится.