Ефремов особенно подчеркивает необходимость наложения детального функционального анализа на почву общей энергетики организма, т. е. выделением соотношений возможностей организма с направлением его приспособлений. Здесь нетрудно сделать ошибочные выводы. Для палеонтолога парадоксально, например, что последний представитель крупных амфибий — исполинская саламандра живет лишь в очень холодной воде горных речек. Между тем все представления о жизни крупных амфибий прошлого связываются с тропическими низменностями и затопленными лесами. Современная исполинская саламандра — пассивный хищник, существует благодаря резкому снижению метаболизма в холодной воде и, следовательно, сокращению потребности в пище. Вместе с тем нельзя забывать, что разнообразие адаптации, сложность приспособительных систем в организме ограничены и повторяются закономерно в определенных условиях существования. Поэтому морфология всегда способна подобрать для палеонтологии сходные адаптации хотя бы в различных группах животных.
И. А. Ефремов считал, что при изучении редких и архаических животных необходимо в совершенстве знать условия их существования, питания, размножения, движения, часто неизвестные даже в общих чертах. Задача эта неотложная; большинство этих животных обречено на скорое вымирание. Существенную помощь в этом деле может оказать тысячелетний опыт наблюдений охотников племен Африки, Индии и других тропических и субтропических стран. Эти наблюдения, сопоставленные с точными данными сравнительной анатомии, помогут понять морфологические особенности архаических животных в связи с условиями их существования. Обобщение этого опыта — задача также первостепенная: с его утратой человечество навсегда простится и с бесценными наблюдениями, накопленными нашими предками. "Этого недосмотра, — подчеркивает И. А. Ефремов, — нам потомки не простят, как не простят и того, если мы не сумеем изучить морфологию вымирающих редких форм животного мира пашей быстро изменяющейся планеты". Следует заметить, что эти соображения он высказал в период, когда проблемы глобальной экологии и охраны среды лишь только начали вырисовываться во всей их полноте и значении.
Основные положения этого доклада И. А. Ефремова позднее нашли отражение в редакционной статье первого номера только что учрежденного "Палеонтологического журнала": в ней, в частности, подчеркивались важность освещения "вопросов функциональной морфологии скелетных образований, правильное понимание которых осмысливает наблюдающиеся особенности строения; что "вдыхает жизнь" в окаменелости, а вместе с тем уточняет родственные связи и филогению ископаемых организмов, их систематику — в первую очередь необходимую палеонтологу в его работе, и влияние на теорию эволюции, и на практику геологии" [Сноска].
В статье "Некоторые соображения о биологических основах палеозоологии" (1961) Ефремов снова возвращается к биологической направленности палеонтологии. Биологический анализ образа жизни животных и реконструкции обстановок не могут быть выяснены в деталях вследствие неполноты скелетных остатков. В первую очередь это относится к остаткам беспозвоночных, обладающих меньшей биологической информацией. Возникли новые косвенные методы исследования, такие, как палеоэкология, с помощью которой исследователи пытались получить биологическую характеристику вымерших животных через анализ пород, вмещающих остатки организмов. Породы рассматривались как индикатор условий обитания организмов и, следовательно, критерий адаптации. Ефремов подчеркивал, что палеоэкология в применении к палеозоологии беспозвоночных стала все более уклоняться в сторону вспомогательных методов исследования как показателей геологических процессов образования палеонтологических документов. Центр тяжести исследований сместился с морфологического изучения на расшифровку процессов распределения в породах органических остатков и характеристику самих осадков. Вмещающие породы, по мысли Ефремова, не могут служить показателем условий обитания особенно для неподвижных донных форм. В целом же закономерность захоронения наземных животных в континентальных отложениях, по его мнению, относится также и к морским отложениям с остатками морских животных. Поэтому Ефремов считал ограниченными возможности палеоэкологического метода в раскрытии биологической адаптации животных по условиям их жизни. Детализация биологических исследований на современных организмах полнее раскрывает сложность приспособительных устройств, посредством которых осуществляется адаптация к определенным условиям существования. В этой связи прежние представления, намечавшие лишь прямую связь организма с внешней средой, представляются весьма примитивными.
Изучение всей сложности современных организмов расширяет возможности выявления сходных адаптаций у вымерших форм, весьма различных по происхождению и ступени развития. Использование биологических данных в палеозоологии, как подчеркнул И. А. Ефремов, особенно плодотворно при диалектическом методе. Сущность подобного анализа биологических, палеонтологических или других явлений составляет прежде всего вскрытие двойственной противоречивости всякого явления и всякого развития. И. А. Ефремов приводит примеры подобной двойственности, связанные в общем виде с повышением индивидуальной энергетики организма от низших форм к высшим в процессе эволюции. Чем выше организация животного, тем менее оно зависимо от внешней среды и тем более чувствительно к резким изменениям условий. Суть двустороннего анализа биологических приспособлений заключается в первую очередь в раскрытии «оборотной», негативной стороны каждой адаптации — ее невыгодности в определенных условиях жизни.
К этой тематике под разными углами зрения И. А. Ефремов многократно возвращался в своем творчестве, специфику которого трудно охватить в кратком обзоре. О широком круге его научных интересов свидетельствует и библиография его трудов ученого.
Заметная роль в книгах, газетных и журнальных статьях И. А. Ефремова отведена научной популяризации. В работах этого направления особое место занимает его небольшая книга "Тайны прошлого в глубинах времен". Научно-популярная по характеру и содержанию, она во многом служит мостом между творчеством Ефремова-ученого и Ефремова, писателя-фантаста.
Первые разделы книги расшифровывают геологическую летопись с документами прошлой жизни в пластах каменной книги — показывают развитие представлений об изменении лика Земли, раскрываются механизм геологических процессов на земной поверхности, причины неполноты этой летописи и методы ее изучения.
История природы в представлениях И. А. Ефремова приобретает особое значение на пороге космической эры. От изучения земной поверхности исследователи переходит к выяснению происхождения, эволюции и дальнейшей судьбы планеты как носительницы жизни — планеты, на которой материя достигла наивысшей формы своего существования. С первого взгляда трудно уловить связь между дисциплиной, изучающей отпечатки прошлой жизни, и науками о небе. Однако едва лишь перед человеком встали вопросы о жизни на других планетах, о братьях по разуму, как стало очевидным, что ключ к решению проблемы могут дать исторические науки о Земле и Жизни.
И. А. Ефремов задается вопросом: не будет ли жизнь на других мирах непохожей па наши земные формы, смогут ли братья по разуму, если таковые окажутся, понять землян? В подобных взглядах Ефремов видит влияние тысячелетий антропоцентризма, который мешал человечеству осознать беспредельность пространства и времени, допустить существование иных центров жизни. Новейшие открытия точных наук, как считает И. А. Ефремов, и их применение в биологии подводят человека к представлению о жизни как неизбежной стадии развития материи везде, где для этого существуют подходящие условия. Великое множество планет во Вселенной подразумевает возможность обилия населенных миров, а появление разумных существ есть также неизбежное следствие длительного развития материи. Именно поэтому достижения точных наук и перспективы освоения космоса позволили Ефремову утверждать: "Я жду подтверждения самой важной для меня, как палеонтолога, гипотезы о единстве органических форм жизни во Вселенной, которую я всегда защищал, защищаю и буду защищать" [83, с.6].