Так что из гимназистов во флотские кадеты Саша перевелся и по отцову, и по собственному желанию. В своем корпусном выпуске он шел то первым, то вторым. Увлекался точными науками, штурманское дело осваивал в Кронштадтской морской обсерватории, слесарить научился у отца в мастерских на Обуховском заводе. В 1892 году произведен в Морском кадетском корпусе в младшие унтер-офицеры. Как лучший по наукам и поведению, в следующем году Колчак назначается фельдфебелем младшей роты. Один из его здешних подопечных потом вспоминал:
«Колчак, молодой человек невысокого роста с сосредоточенным взглядом живых и выразительных глаз, глубоким грудным голосом, образностью прекрасной русской речи, серьезностью мыслей и поступков, внушал нам, мальчикам, глубокое к себе уважение. Мы чувствовали в нем моральную силу, которой невозможно не повиноваться, чувствовали, что это тот человек, за которым надо беспрекословно следовать. Ни один офицер-воспитатель, ни один преподаватель корпуса не внушал нам такого чувства превосходства, как гардемарин Колчак. В нем был виден будущий вождь». Другой однокашник Колчака так описывал его:
«Кадет, среднего роста, стройный, худощавый брюнет с необычайным, южным типом лица и орлиным носом поучает подошедшего к нему высокого и плотного кадета. Тот смотрит на своего ментора с упованием… Ментор этот, один из первых кадет по классу, был как бы постоянной справочной книгой для его менее преуспевающих товарищей. Если что-нибудь было непонятно в математической задаче, выход один: «Надо Колчака спросить».
15 сентября 1894 года 19-летний Колчак выпущен из Морского кадетского корпуса, получает первый морской офицерский чин мичмана. Закончил он среди однокурсников вторым, так как сам отказался на комиссии в пользу первенства гардемарина Д. Филиппова, способности которого считал выше. Весьма символично в смысле будущей судьбы выпускника Колчака было его отличие премией адмирала П. И. Рикорда. Этот русский флотоводец прославился в сражениях с турками на Средиземноморье, а затем стал известным мореплавателем, видным ученым, членом-корреспондентом Петербургской Академии наук.
Новоиспеченный мичман Колчак несколько месяцев служит в петербургском 7-м флотском экипаже, весной 1895 года уходит из столицы помощником вахтенного начальника в плавание на Дальний Восток на только что спущенном на воду броненосном крейсере «Рюрик». В конце 1896 года во Владивостоке он переходит вахтенным начальником на клипер «Крейсер», на котором плавает несколько лет по тихоокеанским трассам.
Бывая в китайских, корейских портах, Колчак роднится со здешним бытом, увлеченно изучает мир Востока, самостоятельно зубрит китайский язык, углубляется в восточную философию и метафизику. По долгу службы он ведет работы по океанографии, гидрологии, трудится над картами течений у берегов Кореи. Все это вдохновляет молодого моряка заниматься наукой, экспедиционными плаваниями. Командир «Крейсера» Г. Ф. Цывинский уже адмиралом вспоминал:
«Одним из вахтенных начальников был мичман А. В. Колчак. Это был необычайно способный и талантливый офицер, который обладал редкой памятью, владел прекрасно тремя европейскими языками, знал хорошо лоции всех морей, знал историю всех почти европейских флотов и морских сражений».
В 1899 году, подытоживая свои первые научные шаги, Колчак публикует статью «Наблюдения над поверхностными температурами и удельными весами морской воды, произведенные на крейсерах «Рюрик» и «Крейсер» с мая 1897 г. по март 1898 г.». В это время «Крейсер» возвращается в Кронштадт, Колчак пытается побывать на Северном Ледовитом океане вместе с легендарным первопроходцем и воином вице-адмиралом С. О. Макаровым, готовившим очередное плавание туда на построенном им ледоколе «Ермак».
Об этом Александр Васильевич спокойно рассказывал в январе 1920 года, за полмесяца до своего расстрела, на допросе в Иркутске Чрезвычайной следственной комиссией:
«Когда я в 1899 году вернулся в Кронштадт, я встретился там с адмиралом Макаровым, который ходил на «Ермаке» в свою первую полярную экспедицию. Я просил взять меня с собой, но по служебным обстоятельствам он не мог этого сделать, и «Ермак» ушел без меня. Тогда я решил снова идти на Дальний Восток, полагая, что, может быть, мне удастся попасть в какую-нибудь экспедицию — меня очень интересовала северная часть Тихого океана в гидрологическом отношении. Я хотел попасть на какое-нибудь судно, которое уходит для охраны котикового промысла на Командорские острова к Беринговому морю, на Камчатку. С адмиралом Макаровым я очень близко познакомился в эти дни, так как он сам много работал по океанографии.
Но тут произошли большие изменения в моих планах. В сентябре месяце я ушел на «Петропавловске» в Средиземное море, чтобы через Суэц пройти на Дальний Восток, и в сентябре прибыл в Пирей. Здесь я совершенно неожиданно для себя получил предложение барона Толля принять участие в организуемой Академией наук под его командованием северной полярной экспедиции. Мои работы и некоторые печатные труды обратили на себя внимание барона Толля. Ему нужно было трех морских офицеров, и из морских офицеров он выбрал меня. Я получил предложение через Академию наук участвовать в этой экспедиции».
В 1900 году Колчак уже лейтенант и поступает в распоряжение Российской Академии наук. Из Греции через Одессу он возвращается в Петербург и является к начальнику Русской полярной экспедиции барону Э. В. Толлю. Колчак начинает усиленно готовиться к плаванию — работал в Павловской магнитной обсерватории, в Главной физической обсерватории Петербурга, практиковался в Норвегии у друга Толля Ф. Нансена. Выйти в путь полярники собирались на специально оборудованном бывшем норвежском китобойном судне «Заря». В июне 1900 года их корабль отправляется в экспедицию.
С 1900 по 1902 год Колчак плавал на «Заре» по арктическим морям для обследования Ледовитого океана в районе Новосибирских островов и острова Беннетта. Сначала экспедиция прошла через Карское море и зазимовала в западной части Таймырского пролива, занимаясь изучением Таймырского полуострова. Следующая зимовка, также в одиннадцать месяцев, была на острове Котельном.
Колчак был гидрологом и вторым магнитологом экспедиции. На зимовках ему приходилось на собачьих нартах и лыжах делать броски до пятисот верст, чтобы определить астропункты, вести маршрутную съемку и барометрическое нивелирование. Однажды вместе с Толлем он завяз на маршруте: девять дней ушло на стоянки из-за пурги и четыре впустую раскапывали снег, так и не найдя ранее оставленный склад.
Барон Толль отмечал в своих записях, что Колчак «не только лучший офицер, но он также любовно предан своей гидрологии», «эта научная работа выполнялась им с большой энергией, несмотря на трудности в соединении обязанностей морского офицера с деятельностью ученого». Под руководством Колчака проводились комплексные гидрологические исследования. Он сам промерял глубины, выходил на разведку на катере, в шлюпке, наблюдал за состоянием льдов, на зимовках ежечасно контролировал приливы.
Один из островов и один мыс, открытые экспедицией у берегов Таймыра, Толль назвал именем Колчака не случайно. Например, где со спутниками, где в одиночку, Александр Васильевич впервые пересек остров Котельный, измерив высоты. Он проехал поперек земли Бунге. Путешествуя на запад и север от острова Бельковского, лейтенант послужил открытию круглогодичной заприпайной полыньи в этой части океана. Колчак открыл остров, названный именем Стрижева. В экспедицию он уходил женихом Софьи Омировой, и один из открытых им мысов острова Беннета лейтенант назвал именем своей будущей жены — Софии. Острову же и мысу имени самого Колчака при Советах долго везло, их коммунисты переименовали, спохватившись, лишь в конце двадцатых годов.
На первой зимовке Колчак вместе с другим магнитологом на мысе Челюскин провели полные астрономические наблюдения для уточнения координат. Много помогал Александр Васильевич и зоологу экспедиции, сопровождая его на береговых экскурсиях, собирая жуков, пауков, клещей, наблюдая птиц. Когда становилось туго, всем, невзирая на чины и звания, приходилось напрягаться наравне. Снимали судно с мелей, собирали плавник на растопку, уставали собаки — сами брались за лямки нарт. Матросы экспедиции охотнее всех начальников подчинялись Колчаку.