Высокую оценку в своих воспоминаниях выставляет Алексееву П.Н.Милюков, который по его поручению ездил в оккупированный немцами Киев. Впрочем, не стоит забывать и о том, что закончил Милюков просоветски настроенным эмигрантом. О генерале Алексееве он пишет:

"Крайне осторожный, осмотрительный в своих планах, глубокий знаток военного дела, что не мешало ему обладать исключительной для военного человека широтой кругозора в политических вопросах, либерально настроенный, он был как бы предуказанным вождем всего Движения".

Аккуратнейший Михаил Васильевич проявил себя талантливым финансистом, что было незаменимо при постоянно угрожающем финансовом положении армии. Наличность казны добровольцев все время балансировала между их двухнедельной и месячной потребностью.

Из стенограммы выступления генерала Алексеева 10 июня 1918 года на совещании с кубанским правительством в Новочеркасске:

"— Теперь у меня есть четыре с половиной миллиона рублей. Считая поступающие от донского правительства 4 миллиона, будет восемь с половиной миллионов. Месячный расход выразится в 4 миллиона рублей. Между тем, кроме указанных источников (ожидание 10 миллионов от союзников и донская казна), денег получить неоткуда… За последнее время получено от частных лиц и организаций всего 55 тысяч рублей. Ростов, когда там был приставлен нож к горлу, обещал дать 2 миллиона… Но когда немцы обеспечили жизнь богатых людей, то оказалось, что оттуда ничего не получим… Мы уже решили в Ставропольской губернии не останавливаться перед взиманием контрибуции, но что из этого выйдет, предсказать нельзя". Деникин описывает:

"Генерал Алексеев выбивался из сил, чтобы обеспечить материально армию, требовал, просил, грозил, изыскивал всевозможные способы, и все же существование ее висело на волоске. По-прежнему главные надежды возлагались на снабжение и вооружение средствами… большевиков. Михаил Васильевич питал еще большую надежду на выход наш на Волгу. "Только там могу я рассчитывать на получение средств, — писал он мне. — Обещания Парамонова… в силу своих отношений с царицынскими кругами обеспечить армию необходимыми ей денежными средствами разрешат благополучно нашу тяжкую финансовую проблему".

В таких тяжелых условиях протекала наша борьба за существование армии. Бывали минуты, когда казалось, все рушится, и Михаил Васильевич с горечью говорил мне:

— Ну что же, соберу все свои крохи, разделю по-братски между добровольцами и распущу армию…"

О многотрудных взаимоотношениях с кубанскими лидерами, которые никогда не отрекались от своего «суверенитета», что особенно проявилось после освобождения добровольцами Екатеринодара от большевиков, Деникин писал:

"Ни генерал Алексеев, ни я не могли начинать дела возрождения Кубани с ее глубоко расположенным к нам казачеством, с ее доблестными воинами, боровшимися в наших рядах, актом насилия. Но помимо принципиальной стороны вопроса, я утверждаю убежденно: тот, кто захотел бы устранить тогда насильственно кубанскую власть, вынужден был бы применять в крае систему чисто большевистского террора против самостийников и попал бы в полнейшую зависимость от кубанских военных начальников". В Екатеринодаре генерал Алексеев издал свой первый приказ в качестве Верховного руководителя Добровольческой армии, которым образовывался Военно-политический отдел с функциями канцелярии при Верховном руководителе.

Также была учреждена должность помощника Верховного руководителя. Им стал генерал А.М. Драгомиров — сын знаменитого участника русско-турецкой войны, военного теоретика генерала М.И. Драгомирова. Драгомиров-младший окончил Пажеский корпус и Академию Генштаба, был командиром 9-го Гусарского Киевского полка. На Первой мировой войне получил ордена Св. Георгия 4-й и 3-й степеней, закончил ее в июне 1917 года главкомом армий Северного фронта. 31 августа 1918 года организовалось правительство — "Особое совещание" при командовании Добровольческой армии. Его председателем стал Алексеев, первым замом — командующий армией Деникин; помощник председателя — Драгомиров, помощник командующего — Лукомский, начштаба — Романовский. Задачами добровольческого правительства стали: разработка вопросов по восстановлению управления и самоуправления на территориях власти и влияния армии; обсуждение и подготовка временных законопроектов госустройства как текущих, так и по воссозданию великодержавной России; сношение со всеми областями бывшей империи и союзническими странами, а также с видными деятелями, необходимыми для возрождения России.

Авторитетность М.В.Алексеева в это время такова, что его заочно выбирают в состав белого правительства Уфимской Директории. Предполагалось, что он станет командующим армией Директории, возможно, заместит на этом посту генерала Болдырева. Но Михаилу Васильевичу было суждено вложить оставшиеся силы лишь в развитие екатеринодарского "Особого совещания". В свои последние дни он так болеет, что не может выходить из предоставленных ему комнат в особняке пивовара Ирзы на Екатерининской улице. Здесь Верховный Алексеев ежеутренне работает со своим помощником Драгомировым. Генерал Михаил Васильевич Алексеев скончался 25 сентября (8 октября по новому стилю) 1918 года.

Что чувствовал Алексеев в последнее время своей жизни? Об этом есть безупречное свидетельство Железного Степаныча Тимановского. Он расскажет его через год после алексеевской кончины добровольцу А. Битенбиндеру, как раз перед своей смертью, и тот отметит:

"Генерал Тимановский инстинктивно предчувствовал близкую смерть и затеял весь разговор с целью передать слова генерала Алексеева кому-то другому, чтобы они не исчезли бесследно". Битенбиндер описывает:

"На одной из дневок я по делам службы явился к генералу Тимановскому, начальнику дивизии. По окончании доклада генерал совершенно неожиданно для меня заговорил о генерале Алексееве, начальнике штаба Ставки Государя Императора.

— Вы ведь знаете, что я командовал Георгиевским батальоном при Ставке. Генерал Алексеев очень любил и ценил меня, не забывал и на Кубани. При редких встречах со мной он в откровенной беседе изливал мне свою наболевшую душу, — рассказывал генерал Тимановский. Затем генерал придвинул свой стул ближе ко мне и продолжал:

— Однажды вечером генерал Алексеев и я сидели на скамейке под окном дома, в одной из станиц на Кубани. Мы погрузились в свои думы. Генерал Алексеев поднял голову, тяжело вздохнул и промолвил: "Николай Степанович! Если бы я мог предвидеть, что революция выявится в таких формах, я бы поступил иначе".

И генерал Тимановский добавил от себя:

— Старик не предвидел возможности гражданской войны, а теперь предчувствовал ее катастрофический исход. В несвязном разговоре генерал Тимановский проронил слова:

— Старика мучили угрызения совести, он жалел…"

Бывший Партизанский пеший полк, воевавший во Втором Кубанском походе во 2-ой дивизии генерала Боровского, после смерти генерала-адъютанта М.В.Алексеева получил его именное шефство и переименовался в Партизанский генерала Алексеева пехотный полк.

В ноябре 1918 года из 2-й батареи 2-го легкого артиллерийского дивизиона появится первая алексеевская артиллерийская часть — 2-я генерала Алексеева батарея. Форму артиллеристов отличат фуражки с белой тульей и черным околышем с тремя красными выпушками, черные погоны с красными выпушками и просветами. Все алексеевцы получат шефскую литеру «А» славянской вязью.

"Приказ Главнокомандующего Добровольческой Армии номер 1, гор. Екатеринодар, сентябрь 25-го дня, 1918 года. Сегодня окончил свою полную подвига, самоотвержения и страдания жизнь генерал Михаил Васильевич Алексеев. Семейные радости, душевный покой, все стороны личной жизни — он принес в жертву служения Отчизне. Тяжелая лямка строевого офицера, ученый труд, боевая деятельность офицера Генерального штаба, огромная по нравственной ответственности работа фактического руководителя всеми вооруженными силами русского государства в Отечественную войну вот его крестный путь. Путь, озаренный кристальной честностью и героической любовью к Родине — великой и растоптанной.