С лета 1916 года «Кубанский конный отряд особого назначения» был переброшен на Юго-Западный фронт, где вошел в состав III-го конного корпуса генерала графа Ф. А. Келлера. Здесь к нему присоединили еще несколько партизанских отрядов. Вскоре конная группа Шкуры совершила 70-верстный рейд по тылам австро-венгерской армии, ставший одним из немногих примеров глубокого конного рейда в годы Первой мировой войны.

В рядах III-го корпуса Шкура встретил Февраль 1917 года. Именно граф Келлер оказался фактически единственным из армейских начальников, который не только отказался признать сам факт отречения от Престола Императора Николая II, но и открыто заявил о готовности предоставить свои части на борьбу с «бунтовщиками». Не получив поддержки со стороны высшего генералитета, Келлер вышел в отставку.

Под влиянием февральских «демократических» законов 1917 года и особенно печально известного Приказа № 1 началось разложение и кавалерийских частей, хотя здесь кадры старых солдат и офицеров сохранились лучше, чем в пехоте. Чтобы спасти свой отряд от «революционной заразы», Шкура решил продолжить партизанские операции на Кавказском фронте. В начале мая 1917 года отряд прибыл на Кубань, и после двухнедельного отпуска большая часть партизан отправилась через Баку в Энзели. По всему пути следования отряду приходилось проходить «сквозь строй» враждебных «революционных солдат» и матросов Каспийской флотилии. Подчеркнутая отчужденность «шкуринцев» от «демократических свобод» не могла не вызвать озлобления.

По прибытии в персидский город Хамадан отряд представился генералу А. А. Павлову, командиру Русского экспедиционного корпуса, будущему преемнику генерала К. К. Мамантова на посту командующего 4-м Донским корпусом в 1920 году, и вскоре был отправлен на фронт вместе с партизанским отрядом войскового старшины Л. Ф. Бичерахова (в 1918 году сражавшегося с большевиками в Дагестане и на Тереке).

Русские войска предпринимали вылазки в тыл туркам, взаимодействовали с английским экспедиционным корпусом в Месопотамии. Шкура продолжал свои партизанские операции. Здесь ему пришлось столкнуться с немецким партизаном полковником Нидермайером. На средства германского Генштаба в Турецкой Армении и Курдистане, оккупированных русскими, из местных племен им формировались партизанские отряды. Курды нападали на русские обозы, блокировали подвоз продовольствия и оружия к линии фронта, постоянно обстреливали фланги русских позиций в горах, «охотились» за казаками-партизанами. В августе 1917 года Шкура вел бои в районе Гаранского перевала, совершая рейды в лежавшую за ним Мерванскую долину. За действия на Кавказе он был произведен в полковники и назначен командиром 2-го Линейного полка Кубанского Казачьего Войска, оставаясь одновременно и командиром своего партизанского отряда. Кроме того, Георгиевская Дума Кавказского фронта присудила ему орден Святого Георгия IV-й степени, но, поскольку, как считал сам Шкура, это решение не было санкционировано, носить его он не имел права. А партизаны, пользуясь новыми, учрежденными Временным Правительством правилами, присудили своему командиру солдатские Георгиевские Кресты IV-й и III-й степеней.

К осени 1917 года серьезные боевые операции прекратились и на Кавказе. Началась уже знакомая по 1915-1916 годам «позиционная война»: казаки «укрепились на отвоеванных позициях, и началось нудное сидение в окопах, нос с носом со вновь подошедшим противником. Изредка мы разнообразили это времяпрепровождение набегами на курдских ханов, грабивших наши транспорты», - рассказывал впоследствии генерал.

Ему недолго пришлось находиться на новой должности командира полка. Началось разложение и казачьих частей. Сведения об Октябрьском перевороте дошли до, казалось бы, совершенно отрезанного от России уголка Кавказского фронта. В конце 1917 года пришел приказ о демобилизации. Эшелоны тысячами увозили в тыл остатки некогда славных полков. Большая часть этих солдат составила позднее основу советских XI-й и ХII-й армий.

Затаенная неприязнь к казакам - «царским опричникам» - прорывалась теперь стихийными митингами, расстрелами и солдатскими самосудами. И в морозную ночь 26 декабря 1917 года, когда Шкура по обычаю вместе с остальными офицерами поздравлял своих казаков с праздником Рождества Христова, на него было совершено внезапное покушение. Несколько пуль принял на себя полковник, и лишь благодаря серебряным газырям черкески он спасся от смертельного ранения в сердце. Тяжесть ранения была велика, но молодой здоровый организм выдержал это испытание.

В начале 1918 года партизанский отряд был расформирован. Часть «волков» осталась в составе Собственной Его Величества Шаха казачьей дивизии (там были русские инструкторы), но большинство, покинув Персию, «походным порядком» двинулось на Кубань. Так закончилась Первая мировая война, а в России тем временем началась война Гражданская. Казаки уже знали о знаменитом Ледяном походе Добровольческой Армии, гибели ее Главнокомандующего генерала Л. Г. Корнилова во время неудачного штурма Екатеринодара и о том, что надежд на сопротивление большевикам почти не осталось. Полковник Шкура был объявлен «злейшим врагом советской власти», которого при первой же возможности следовало поймать и предать «народному суду». Ему пришлось переодеться солдатом, выкрасить волосы и по фальшивому паспорту выехать в Порт-Петровск, бывший тогда столицей одной из многочисленных республик, образовавшихся после распада единого Российского Государства.

Около 80 партизан шли вместе со своим командиром, но в районе Минеральных Вод путь им преградили отступавшие с фронта распропагандированные большевиками части бывшей Кавказской Армии. От казаков потребовали сдать оружие и выдать своих офицеров. Не желая бессмысленного боя, Шкура приказал отряду разоружиться и разойтись. Самому ему все же удалось избежать ареста, и по подложным документам он несколько недель жил в Кисловодске. Здесь же была и его семья.

Несмотря на то, что Кубань и Терек формально признали Советскую власть, а казакам пришлось сменить традиционные кубанки на солдатские фуражки и осваивать непривычное обращение «товарищ», настроения в станицах становились все более антисоветскими. Казаки тяготились чуждой, непонятной для них «рабоче-крестьянской властью». Встречаясь со многими своими однополчанами, авторитетными казаками, Шкура убеждался в возможности организации антибольшевицкого сопротивления в Кубанской Области. Нужно было искать и объединять кадры будущих бойцов, готовить подпольные склады оружия и, главное, изыскивать денежные средства. А поскольку и сам Шкура, и многие его казаки проживали в Баталпашинском отделе, то именно здесь, в юго-восточной части Области, и было решено начать формирование повстанческих отрядов.

Неожиданно судьба полковника сделала странный зигзаг, который едва не привел его на службу к большевикам и при определенных обстоятельствах мог бы, пожалуй, даже примирить с Советской властью. Находясь в Кисловодске, он случайно на базаре повстречал своего бывшего фельдшера Гуменного, который и привел его прямо в Штаб Главнокомандующего Кубанской Советской Республики, бывшего офицера А. И. Автономова. Тот еще в апреле 1918 года руководил обороной Екатеринодара от подошедшей Добровольческой Армии, а затем сделался, как тогда говорили, «красным наместником Кавказа». Заняв столь высокий пост, он взялся за организацию совершенно новой армии, построенной на началах сотрудничества с бывшими офицерами и генералами. Автономовым широко пропагандировалась идея борьбы не против красных или белых, а против немецких и турецких оккупантов, отряды которых, в соответствии с подписанным большевиками Брест-Литовским мирным договором, заняли Дон, Украину и уже продвигались к границам Кубани. Показателен и тот факт, что Автономов не исключал возможности объединения с Добровольческой Армией на общей патриотической позиции. Им велись переговоры и с известными генералами Н. В. Рузским и Р. Д. Радко-Дмитриевым с целью использования их авторитета для привлечения в ряды армии всех колеблющихся.