Острым оружием в борьбе сталинского руководства с националистическим подпольем были депортации. В книге известного специалиста по депортациям в СССР В.Н. Земскова, в частности, записано: «В мае — июне 1941 г. было осуществлено выселение „антисоветского элемента“ из Литвы, Латвии, Эстонии, Молдавии, Западной Украины, Западной Белоруссии. Вместе с семьями выселялись бывшие помещики, фабриканты, крупные торговцы, домовладельцы, чиновники, офицеры, жандармы, активисты распущенных политических партий, депутаты сеймов и т. д. В какой-то мере это напоминало изгнание в 1935 г. „бывших людей“ из Ленинграда. Среди депортированных в мае-июне 1941 г. из указанных регионов имелись представители самых различных национальностей (включая русских, евреев, гагаузов и др.), и национальный признак при проведении этой акции не обозначался, но на практике она приобретала черты частичной этнической чистки: подавляющее большинство выселенных из Литвы составляли литовцы, из Латвии — латыши, из Эстонии — эстонцы, из Молдавии, молдаване, из Западных областей Украины и Белоруссии — соответственно украинцы и белорусы. В принципе, так получилось естественным образом, поскольку перечисленные национальности составляли основное население регионов, откуда производилась данная депортация.

Выселение „антисоветского элемента“ из западных областей УССР и БССР осуществлялось на основании специального Постановления СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 14 мая 1941 г., а относительно Литвы, Латвии, Эстонии и Молдавии в одном из документов 9 управления МГБ СССР, составленном в 1953 г., записано так: „Выселение произведено по распоряжению товарища Берия от 14.06.41, данного им в соответствии с указанием Правительства“.

Всего, по данным на 15сентября 1941 г., в ссылку на поселение поступило 85716 человек „антисоветского элемента“, из них: 27887 было выселено из Западной Белоруссии, 22648 — Молдавии, 12682 — Литвы, 9595 — Западной Украины, 9236 — Латвии и 3668 — из Эстонии».

С момента включения Литвы, Латвии, Эстонии, Западной Украины, Западной Белоруссии, Правобережной Молдавии и Северной Буковины в состав СССР и до начала Великой Отечественной войны из этих регионов было депортировано около 470000 человек, из них около 380000-385000 поляков и польских граждан и более 85000 «антисоветского элемента» независимо от национальности.[172]

В 1944–1947 гг. на спецпоселение поступило 100310 оуновцев. 10 сентября 1947 г. было принято Постановление Совета Министров СССР № 3214-1050сс о выселении членов семей оуновцев и активных бандитов, как арестованных, так и убитых при столкновениях. 4 октября 1948 г. Постановление СМ СССР № 3728-1524сс о выселении в порядке ответных мер членов семей оуновцев и активных бандитов в северные районы страны. К началу 1953 г. на спецпоселении находилось более 175 000 человек оуновцев.

За 1945–1949 гг. из Прибалтики было выселено более 143600 человек, из них: свыше 81200 — из Литвы, почти 41900 — из Латвии, более 20500 — из Эстонии.

На основании Постановления СМ СССР № 1290-467сс от 6 апреля 1949 г. о выселении из Молдавской ССР бывших кулаков, крупных помещиков, немецких пособников, белогвардейцев, участников профашистских организаций, а также семей этих лиц, было выселено 35796 человек.

Часть лиц, находящихся на спецпоселении, была направлена туда по решениям Особого совещания при НКВД-МВД-МГБ СССР. Так, по состоянию на 1 июля 1952 г. на спецпоселении числилось 2771767 человек, из них — 420119 человек (15,2 %) были направлены на спецпоселёние по решениям ОСО, из них: 173410 оуновцев, 139379 прибалтов, 12435 выселенных в 1949 г. из Молдавии.

По состоянию на 1 января 1953 г. на спецпоселении числилось 2753356 человек, из них: оуновцев — 175063, выселенных из Прибалтики в 1945–1949 гг. — 139957 человек, из них: литовцев — 81158, латышей — 39279, эстонцев — 19520, выселенных из Молдавии в 1949 г. — 35838, кулаки из Литвы, выселенные в 1951 г. — 18 104, выселенные из Прибалтики в 1940–1941 гг. -14301, выселенные из Молдавии в 1940–1941 гг. -9793, выселенные из Западной Украины и Белоруссии в 1940–1941 гг. — 5592, выселенные кулаки из Западной Белоруссии в 1952 г. — 4431, выселеннные кулаки из Западной Украины в 1951 г. — 1445, выселеннные кулаки из Измаильской области в 1948 г.-1157.[173]

По состоянию на 1 января 1952 г. в ИТЛ и НТК МВД СССР числилось 2504514 заключенных, из них: русских — 1382801 человек или 55,2 %; украинцев — 492982 или 19,7 %; белорусов — 102045 или 4,1 %; молдован — 20685 или 0,8 %; литовцев — 47124 или 1,9 %; латышей — 30321 или 1,2 %; эстонцев — 26678 или 1,1 %.[174]

Указом ПВС СССР от 24 августа 1949 г. за работу по выселению из Прибалтики, Молдавии и Черноморского побережья Кавказа была награждена большая группа работников МВД СССР и МГБ СССР:

орденом Красного Знамени были награждены — МВД Литовской ССР генерал-майор Иосиф Марцианович Барташунас; заместитель МГБ Латвийской ССР полковник Ян Янович Веверс;

МГБ Литовской ССР генерал-майор Петр Михайлович Капралов; заместитель МГБ Латвийской ССР полковник Виктор Николаевич Козин; заместитель МВД Латвийской ССР по милиции комиссар милиции 3 ранга Алексей Алексеевич Кошелев; МГБ Эстонской ССР генерал-майор Борис Ганцевич Кумм; заместитель МГБ Литовской ССР полковник Андрей Павлович Леонов; заместитель начальника Отдела спецпоселений МВД СССР полковник Николай Васильевич Лютый; начальник ОКР МГБ Приволжского военного округа — уполномоченный МГБ СССР по Белецкому оперативному сектору в Молдавской ССР генерал-майор Александр Петрович Мисюрев; МГБ Молдавской ССР генерал-майор Иосиф Лаврентьевич Мордовец; МГБ Латвийской ССР генерал-майор Альфонс Андреевич Новик; заместитель МГБ Эстонской ССР полковник Павел Пантелеймонович Пастельняк; начальник управления 2-Н МГБ Литовской ССР полковник Илья Борисович Почкай; МВД Эстонской ССР генерал-майор Александр Иоганессович Резев; начальник 4 управления МГБ СССР — уполномоченный МГБ СССР по Бендерскому оперативному сектору в Молдавской ССР генерал-майор Вячеслав Павлович Рогов; заместитель МВД СССР генерал-лейтенант Василий Степанович Рясной; заместитель МГБ СССР по кадрам генерал-майор Михаил Георгиевич Свинелупов; заместитель МГБ СССР генерал-лейтенант Николай Николаевич Селивановский; начальник УМГБ Каунасской области Литовской ССР полковник Яков Федорович Синицын; МВД Молдавской ССР генерал-лейтенант Федор Яковлевич Тутушкин; начальник Отдела спецпоселений МВД СССР полковник Василий Васильевич Шиян; МВД Латвийской ССР генерал-майор Август Петрович Эглит;

орденом Отечественной войны I степени — заместитель МГБ СССР генерал-лейтенант Афанасий Сергеевич Блинов; начальник Управления конвойных войск МВД СССР генерал-лейтенант Виктор Михайлович Бочков; бывший МГБ Литовской ССР генерал-лейтенант Николай Дмитриевич Горлинский; начальник 4 отдела МГБ Литовской ССР полковник Матвей Федорович Дубровин; заместитель МГБ Латвийской ССР полковник Андрей Яковлевич Ефимов; 1-й заместитель МВД Литовской полковник ССР Петр Георгиевич Ефремов; начальник УМГБ Вильнюсской области

Литовской ССР полковник Михаил Егорович Захаров; заместитель МГБ Молдавской ССР по кадрам полковник Александр Алексеевич Колотушкин; начальник 2 управления ГУЛАГа МВД СССР — уполномоченный МВД СССР по выселению из Литовской ССР генерал-майор Иван Иванович Матевосов; начальник Пярнусского горотдела МГБ Эстонской ССР полковник Борис Гаврилович Назаров; 1-й заместитель МГБ СССР генерал-лейтенант Сергей Иванович Огольцов; заместитель МВД Латвийской ССР полковник Альберт Яковлевич Сиекс;

орденом «Отечественной войны II степени» — начальник управления охраны МГБ СССР Эстонской ж.-д. полковник Алексей Дмитриевич Григорьев; начальник Клай-педского горотдела МВД Литовской ССР полковник Николай Леонтьевич Ножницкий; заместитель МВД Молдавской ССР генерал-майор Павел Александрович Орлов; начальник 4 отдела ГУББ МВД СССР полковник Иван Васильевич Поляков; начальник ОББ МВД Литовской ССР полковник Алексей Алексеевич Соколов; заместитель начальника 2 главного управления МГБ СССР полковник Федор Григорьевич Шубняков;