Приказом НКВД СССР № 1829 от 4 июня 1942 г. С. А Клепов был освобожден от должности начальника ОББ НКВД СССР в связи с назначением на должность начальника УНКВД Орджоникидзевского края, а приказом НКВД СССР № 2331 от 20 июля 1942 г. новым начальником ОББ НКВД СССР назначили бывшего заместителя начальника этого же отдела М.А. Завгороднего.
Приказом НКВД СССР № 992 от 24 апреля 1943 г. новым начальником ОББ НКВД СССР был назначен бывший начальник отдела бывшего 4 управления НКВД СССР В.А Дроздов (в связи с разделением Указом ПВС СССР от 14 апреля 1943 г. НКВД СССР на два наркомата: НКВД и НКГБ СССР, 4 управление было передано в состав НКГБ СССР), а бывший начальник ОББ НКВД СССР М.А. Завгородний приказом НКВД СССР № 001003 от 18 июня 1943 г. был назначен начальником ОББ и заместителем начальника УНКВД Ставропольского края.
Приказом НКВД СССР № 1812 от 2 сентября 1943 г. В.А Дроздов был назначен наркомом внутренних дел Чечено-Ингушской АССР, а приказом НКВД СССР № 1877 от 13 сентября 1943 г. новым начальником ОББ НКВД СССР был назначен бывший начальник Главного управления войск НКВД СССР по охране тыла Действующей Красной Армии A.M. Леонтьев.
В 1942–1943 гг. заместителями начальника ОББ НКВД СССР были назначены: с 10 августа 1942 г. С.Г. Свирин (бывший начальник 3 отделения этого же отдела); с 24 апреля 1943 г. Н.К. Маричев; с 25 мая 1943 г. М.Т. Руденко (бывший начальник отделения 3 отдела 4 управления НКВД СССР; в 1941 г. он возглавлял отряд НКВД СССР по борьбе с парашютным десантом и диверсантами в Москве и ее окрестностях, 10 мая 1944 г. он был освобожден от должности заместителя начальника ОББ НКВД СССР в связи с назначением начальником УНКВД Черновицкой области Украинской ССР); с 25 мая 1943 г. В.З. Карлин (бывший заместитель начальника 1 управления НКВД Украинской ССР, 15 мая 1944 г. он был освобожден от должности заместителя начальника ОББ НКВД СССР в связи с назначением начальником ОББ НКВД Крымской АССР).
Приказом НКВД СССР № 00861 от 15 мая 1943 г. были утверждены новые штаты, а приказом НКВД СССР № 1234 от 31 мая 1943 г. была объявлена штатная расстановка личного состава ОББ НКВД СССР: руководство: начальник Отдела — В.А Дроздов, его заместители: В.З. Карлин, Н.К. Маричев, М.Т. Руденко и С.Г. Свирин; 1 отделение (Азербайджанская, Армянская, Грузинская ССР) (начальник отделения — А.К. Гранский); 2 отделение (Чечено-Ингушская, Кабардино-Балкарская, Дагестанская и Северо-Осетинская АССР) (начальник отделения — вакансия, зам. нач. отделения — Н.Л. Ножницкий); 3 отделение (Казахская, Киргизская, Узбекская, Таджикская и Туркменская ССР) (начальник отделения — Ш.К. Меламедов); 4 отделение (Дальний Восток) (начальник отделения — Г.С. Старинов); 5 отделение (Ставропольский, Краснодарский края, Калмыцкая АССР, Ростовская и Сталинградская области, Украинская ССР (начальник отделения — вакансия, зам. нач. отделения — Н.А. Слепнев); 6 отделение (Ленинградская, Московская, Калининская, Воронежская, Курская, Орловская, Тульская, Рязанская, Смоленская, Вологодская, Мурманская области, Карело-Финская ССР) (начальник отделения — В.Я. Головлев); 7 отделение (Западная Сибирь, Урал, Верхняя и Средняя Волга, Центральная полоса РСФСР) (начальник отделения — вакансия, зам. нач. отделения — А.Е. Гукайло); 8 отделение (борьба с дезертирами и уклоняющимися от мобилизации) (начальник отделения — вакансия, зам. нач. отделения — М.Е. Гоберман); Секретариат ОББ НКВД СССР (П.А. Новиков).
Всего по ОББ — 66 человек по штату.
Приказом НКВД СССР № 1235 от 31 мая 1943 г. была также утверждена расстановка негласного состава ОББ НКВД СССР в количестве 50 человек (9 отделение или отделение разведки ГУББ НКВД СССР во главе с М.В. Офицеровым).
В 1943–1944 гг. в составе ОББ НКВД СССР были образованы еще отделения: по обслуживанию спецпереселенцев-калмыков и по обслуживанию спецпереселенцев с Северного Кавказа.
30 августа 1944 г. начальник ОББ НКВД СССР A.M. Леонтьев подписал доклад на имя заместителя наркома внутренних дел СССР С.Н. Круглова «О результатах борьбы с бандитизмом, дезертирством и уклонением от службы в Красной Армии за три года Отечественной войны (с 1 июля 1941 г. по 1 июля 1944 г.)», в котором говорилось, что за три года войны органами НКВД на территории СССР было ликвидировано: бандгрупп — 7161, участников бандгрупп — 54130 человек, из них: убито — 4076 человек, арестовано — 42529, легализовано — 7525 человек.
На территории западных областей Украины было ликвидировано — 34878 участников банд УПА и ОУН, из них: убито — 16338 человек, взято в плен — 15991, явилось с повинной — 2549 человек. Всего ликвидировано бандитов — 89008 человек.
Изъято дезертиров из Красной Армии -1210 224 человека, уклонившихся от службы в Красной Армии — 456 667 человек.
При проведении операций по изъятию бандитов, дезертиров, уклонившихся от службы в Красной Армии, и другого преступного элемента было убито оперативных работников — 226 человек, офицеров и бойцов войск НКВД — 1085, бойцов истребительных батальонов и добрротрядов — 72, совпартактива — 87, а всего — 1470 человек.
У бандитско-дезертирского элемента и населения, а также на бывших полях военных действий было собрано: 1 самолет, 84 орудия, 1020 минометов, 7186 пулеметов, 18860 автоматов, 200018 винтовок, 23744 револьверов, 132731 граната, 1281 противотанковое ружье, 19638 артснарядов, 86029 мин, 27813060 патронов, 5100 кг взрывчатых веществ.
За отчетный период по СССР было зарегистрировано 11851 бандитское проявление, из них раскрыто — 9774.
В отчете было также записано, что к началу войны наиболее пораженными бандитизмом являлись Западная Украина, Западная Белоруссия и Северный Кавказ. На территории западных областей Украины и Белоруссии действовали группы украинских и белорусских националистов, развернувших активную борьбу против советской власти после воссоединения этих областей с Советским Союзом. На 1 июля 1941 г. по Западной Украине было учтено 94 банды с 476 участниками в них и 1171 других нелегалов. По Западной Белоруссии числилось на учете 17 банд с 90 участниками и 106 нелегалов. Вражеская деятельность этих банд выражалась в совершении террористических актов над советско-партийными работниками и членами их семей, нападениях на командиров и бойцов Красной Армии, работников НКВД и НКГБ, ограблений государственных учреждений и предприятий, а также населения. Только за май-июнь 1941 г. в западных областях Украины и Белоруссии было зарегистрировано 135 террористических актов и убийств и 84 налета и ограбления.
Далее в отчете говорилось: «С началомвоенных действий бандитско-повстанческий элемент повсеместно активизировал свою вражескую деятельность. Ориентируясь на приход немцев, бывшиеучастники вооруженных антисоветских формирований, разгоромленных повстанческих, контрреволюционных организаций, бывшие белоказаки, кулаки, бандиты, участники религиозных сект и т. п. начали группироваться. В целях подрыва военной мощи Советского Союза и оказания помощи немецко-фашистским войскам указанные элементы повели среди населения антисоветскую, пораженческою агитацию, агитацию за дезертирство из Красной Армии и уклонение от военной службы. Привлекая на свою сторону бандитов, дезертиров, уклонившихся и других нелегалов, они начали создавать бандитско-повстанческие группы и формирования, ставя своей задачей организацию вооруженных выступлений в тылу Красной Армии. Подрывная деятельность антисоветских элементов значительно усиливалась с продвижением немецких войск в глубь нашей страны. К октябрю 1941 г. в ряде тыловых районов Советского Союза возникло большое количество бандитских групп. Существовавшие при органах милиции отделы-отделения по борьбе с бандитизмом не обеспечивали успешную ликвидацию действующих банд и предупреждение возникновения новых. Всвязи с этим 30 сентября 1941 г. НКВД СССР был издан приказ за № 001414 об организации в органах НКВД отделов и отделений по борьбе с бандитизмом, а в НКВД СССР был организован Отдел по борьбе с бандитизмом со штатом 22 человека. Организация отделов-отделений по борьбе с бандитизмом дала возможность органам НКВД значительно усилить борьбу с бандитизмом и уже к концу 1941 г. ликвидировать ряд серьезных бандитско-повстанческих формирований».
