Необходимость создания военной флотилии на Чудском озере возникла в тот момент, когда Вермахт занял Ригу и вышел на рубеж реки Западная Двина. 3 июля приказом командующего Морской обороной Ленинграда и Озерного района (МОЛИОР) контр-адмирала Самойлова на базе дивизиона учебных кораблей высшего военно-морского инженерного училища была сформирована Чудская военная флотилия (ЧВФ). Ее командующим был назначен капитан 1-го ранга Н. Ю. Авраамов. В целом новое формирование было подчинено МОЛИОРу, а в оперативном отношении – командованию сухопутных войск. Этот же приказ предписывал изъять все плавсредства у их владельцев и перевести из западной части озера в восточную.

Чудское озеро имеет площадь 2670 кв. км, средняя глубина в нем 7,1 м, а наибольшие «впадины» достигают 15 метров. На юге оно соединено с небольшим Теплым озером, которое, в свою очередь, также на юге соединяется с Псковском озером. И общая площадь объединенного водоема составляет уже 3550 кв. км.

Главной задачей импровизированной флотилии являлась поддержка своих войск огнем, переправа их с берега на берег и, в свою очередь, препятствование переправе немцев. Главной базой ЧВФ был определен город Гдов, на восточном берегу Чудского озера. Надо сказать, что вновь созданный «флот» собирался с миру по нитке. В Ленинграде удалось наскрести 427 человек личного состава, но совершенно отсутствовали орудия, снаряды, пулеметы и прочая необходимая техника. В конце концов штаб МОЛИОР сумел раздобыть две 76-мм пушки с легендарного крейсера «Аврора», девять «сорокапяток», некоторое количество винтовок, мин, пулеметов, продуктов и обмундирования.

9 июля все это хозяйство на 18 автомашинах отправилось от станции Лигово, под Ленинградом, в Гдов. По дороге «путников» атаковала германская авиация, и в итоге до места назначения добрались только 13 грузовиков. За 28 часов колонна преодолела 250 км, и 11 июля достигла озерной «военно-морской базы». Туда также прибыл представитель штаба МОЛИОРа батальонный комиссар А. Т. Караваев, и нельзя сказать, что увиденное сильно обрадовало его. Он знал, что еще в феврале 1941 г. нарком ВМФ Кузнецовразрешил передать училищу суда бывшей эстонской пограничной флотилии, которые предназначались для подготовки и морской практики курсантов. Корабли, доставшиеся от эстонцев, были отремонтированы и с начала июня начали плавать по озеру. На них было всего четыре станковых пулемета и несколько винтовок. Таким образом, все стоявшее на плесе Чудского озера около Гдова никак не могло оправдать даже самых скромных ожиданий прибывшего политработника.

Ядро Чудской флотилии составили три учебных корабля – «Нарва», «Эмбах» и «Исса», которые по этому поводу срочно переименовали в канонерские лодки. «Нарва» водоизмещением в 110 тонн, как и плавбаза «Плюсса» водоизмещением 150 тонн, была колесным пароходом. При этом на плавбазе машины были столь изношены, что она не могла самостоятельно передвигаться. Винтовые «Исса» водоизмещением 110 тонн и «Эмбах» водоизмещением 115 тонн[30] имели бронированные рубки и площадки для установки двух орудий. Однако артиллерийского вооружения на них не было вовсе, а в качестве топлива использовались дрова!

Кроме того, в состав флотилии вошли посыльное судно «Уку», семь озерных и речных пароходов, 13 моторных катеров и несколько барж. Вспомогательные силы флотилии состояли из госпитального судна «Нептун» и нескольких старых буксиров, которые силами курсантов были приведены в более или менее сносное состояние. Защита экипажей катеров от осколков осуществлялась мешками со шмотьем, брошенным при эвакуации! Вот с таким «флотом» предстояло «препятствовать переправе вражеских войск». Мир, наверное, еще не знал столь жалкой и смешной эскадры.

Орудия, доставленные из Ленинграда, было решено установить следующим образом: на канонерке «Нарва» – три 45-мм пушки, на «Эмбахе» и «Плюссе» – по две и на пароходе «Тарту» – одну. «Исса» стала настоящим флагманом флотилии, вооруженным двумя 76-мм и одной 45-мм пушками. Их командам выдали оружие времен Первой мировой войны, хранившееся в арсенале в Тарту.

Далее началась военная подготовка. Караваев вспоминал: «За неделю базирования в Гдове курсанты и красноармейцы, назначенные комендорами, сумели научиться стрелять из орудий по береговым и воздушным целям… Тренировки частенько прерывались воздушными налетами, и тогда начинались боевые стрельбы. Огонь по берегу отрабатывали на реальных целях».

Тем временем войска немецкой группы армий «Север» продолжали наступать и к середине июля уже продвигались по берегам Чудского озера. Незанятыми оставались лишь северный и северозападный берег. 17 июля флотилия отошла в исток реки Нарва, к поселку Васкнарва. Впрочем, где именно находится противник, никто не знал. По воспоминаниям Караваева, положение на фронте представлялось весьма туманно. Фактически моряки действовали по принципу «Увидел на берегу немца – пали!». Корабли обстреливали прибрежные дороги и деревни, хотя из-за малого количества стволов этот огонь был малозаметен. 17 и 18 июля канонерки и пароходы участвовали в эвакуации из района Гдова окруженных частей 118-й стрелковой дивизии.

19 июля кораблям пришлось отойти к эстонскому городку Муст-веэ, расположенному на северо-западном берегу озера. При этом из-за мелководья там к причалам смогли подойти только катера, все остальные же бросили якоря на рейде. 20 июля канонерские лодки «Нарва», «Эмбах» и «Исса» обстреливали прибрежное шоссе, на котором «наблюдалось оживленное движение автотранспорта противника». Проверить результаты стрельб не представлялось возможным. Другие корабли и катера в эти дни вели разведку побережья, занятого немцами, и доставляли оружие партизанам. Батальонный комиссар Караваев затем рассказывал: «Можно понять, как ценилась каждая возможность задержать продвижение противника хотя бы до того момента, пока к Луге и Кингисеппу будут выдвинуты наши войска, а на ближних подступах к Ленинграду не возведут оборонительные рубежи».

В это время Чудская военная флотилия фактически оказалась в тылу противника. Германское командование видимо обеспокоилось поступавшими от пехоты данными, что у берегов появляются какие-то уродливые корабли и палят по тыловым частям и обозам, мешают солдатам купаться. Поскольку создавать свою флотилию на озере немецкое командование не торопилось, то разделаться с русскими было поручено авиации.

Утром 22 июля над рейдом гавани Муствеэ появился самолет-разведчик, а чуть позднее три группы бомбардировщиков одна за другой атаковали корабли ЧВФ. Затем после 12.00 рейд бомбили и обстреливали шесть Bf-110F. В результате были потоплены две баржи с продовольствием, а все три канонерские лодки получили сильные повреждения. На «Иссе» и «Нарве» погибли все артиллерийские расчеты, а на «Эмбахе» полег весь комсостав. Еще на трех кораблях флотилии были убиты командиры и многие артиллеристы. По самолетам вели огонь из 45-мм пушек и винтовок, но эта пальба не причинила тем никакого вреда.

После завершения налетов командующий флотилией капитан 1-го ранга Н. Ю. Авраамов, не надеясь больше на свою слабую ПВО, приказал рассредоточить корабли в устьях речек, замаскировав их ветками и рыболовными сетями. В последующие дни налеты повторились. 23 июля были потоплены канонерская лодка «Нарва» и посыльное судно «Уку», на остальных были разбиты все палубные надстройки, повреждены рулевые устройства, борта пробиты десятками осколков. На «Иссе» после двух суток бомбардировок из 48 человек личного состава в строю остались всего семеро.

Продвижение германских войск и налеты авиации заставили командование флотилии принять решение о затоплении вспомогательных судов и плавсредств и отходе остатков основных сил из Муствеэ. Канонерки «Исса» и «Эмбах», а также плавбаза «Плюсса» на буксире перешли на 20 км к северо-западу к устью реки Ранна-Пунгерн. Кроме них, в составе флотилии еще оставались два буксира, баржа с бензином и несколько катеров.