В 1988 г. появились первые массовые политические организации с антисоветскими и антисоюзными платформами — «Народные фронты» в республиках Прибалтики. Они возникли при поддержке руководства ЦК КПСС и вначале декларировали цель защиты «гласности», постепенно, но быстро переходя к лозунгам сначала экономического («республиканский хозрасчет»), а потом и политического сепаратизма.

Антисоветская оппозиция на I съезде народных депутатов организационно оформилась как Межрегиональная депутатская группа, программа которой была изложена в «Тезисах к платформе МДГ» в сентябре 1989 г. МДГ сразу стала использовать «антиимперскую» риторику и вступила в союз с лидерами сепаратистов. Два главных требования МДГ сыграли большую роль в дальнейшем процессе — отмена 6-й статьи Конституции СССР (о «руководящей роли КПСС») и легализация забастовок. Был также выдвинут лозунг «Вся власть Советам!» как средство подрыва гегемонии КПСС (впоследствии Советы были объявлены прибежищем партократов и стали ликвидироваться). Вопрос об отмене 6-й статьи не был включен в повестку дня II Съезда народных депутатов СССР Верховным Советом СССР (не хватило нескольких голосов). Перед открытием Съезда 12 декабря 1989 г. МДГ обратилась с призывом ко всеобщей политической забастовке в поддержку требований об отмене 6-й статьи. Но большинство на Съезде также отказалось включить вопрос в повестку дня.

Парадоксальное положение сложилось с принятием Закона о конституционном надзоре и выборами в Комитет конституционного надзора. Против этого важного шага в сторону правового государства выступили демократы — прежде всего потому, что статья 74 Конституции СССР провозглашала приоритет союзного закона над республиканским. Обращение к праву затруднило бы сепаратистскую деятельность демократов. Таким образом, уже в 1989 г. речь шла не о реформировании, а о сломе советского государства.

На III Съезд сама КПСС, согласно решению состоявшегося накануне Пленума ЦК КПСС, внесла «в порядке законодательной инициативы» проект «Закона СССР об изменениях и дополнениях Конституции СССР по вопросам политической системы (статьи 6 и 7 Конституции СССР)». Отмена 6-й статьи была «упакована» в один пакет с необычным изменением (введением поста Президента). «Послушное большинство» приняло Закон, правовая основа, на которую опиралась руководящая роль КПСС, была устранена, что вынуло стержень из всей политической системы государства.

Президент СССР (бывший одновременно Генеральным секретарем КПСС) вышел из-под контроля партии. Ее Политбюро и ЦК были сразу практически отстранены от участия в выработке решений. Упразднение в 1989 г. номенклатуры вместе с лишением КПСС правовых оснований для влияния на кадровую политику, освободило от контроля партии республиканские и местные элиты. Государственный аппарат превратился в сложный конгломерат сотрудничающих или противоборствующих групп и кланов.

Легализация забастовок дала мощное средство шантажа союзной власти и поддержки политических требований антисоветской оппозиции — лидеры МДГ прямо призывали шахтеров Кузбасса бастовать, и эти забастовки сыграли большую роль в подрыве государства.

В январе 1990 г. было создано радикальное движение «Демократическая Россия» («демократы»), которое положило в основу своей идеологии антикоммунизм, а в области государственного строительства выдвигало идею сильной авторитарно-олигархической власти (нередко с прямой апологетикой авторитаризма и диктатуры исполнительной власти).

Другим типом антисоветских и антисоюзных движений были возникающие националистические организации, которые готовили почву для конфликта как с союзным центром, так и с национальными меньшинствами внутри республик.

Консервативная оппозиция ни в органах власти, ни в КПСС организоваться не смогла. Те народные депутаты, которые были не согласны с изменениями («агрессивно-послушное большинство»), образовали рыхлую «парламентскую» группу «Союз». Она, однако, не выработала ни платформы, ни программы действий, выражалась туманными намеками. Воспитанные в советской системе люди не могли перейти психологический барьер и открыто выступить против руководства КПСС.

Реорганизация этих институтов государства проходила в обстановке жесткой идеологической кампании против КГБ, МВД и армии. Считая их наиболее консервативной частью советского государства, идеологи перестройки стремились их психологически разоружить. На деле проводилась акция по разрушению положительного образа всех вооруженных сил в общественном сознании и по подрыву самоуважения офицерского корпуса.

Большое разрушительное значение для армии имело утверждение приоритета демократических идеалов перед воинской дисциплиной (в 1991 г. интенсивно внедрялась мысль, что солдат не должен выполнять приказы, идущие вразрез с «общечеловеческими ценностями» — такие заявления вынуждены были делать даже высшие должностные лица Министерства обороны). Нарастали требования о прохождении службы призывниками только в своих республиках — подготовка к расчленению Советской армии по национальному признаку.

Основные процессы, сказавшиеся на армии, были связаны с объявленным прекращением холодной войны, крупным разоружением и сокращением вооруженных сил, ликвидацией Варшавского договора и выводом советских войск из стран Восточной Европы; конверсией оборонной промышленности СССР. Большое влияние оказывал и нарастающий экономический кризис, затруднивший снабжение и перевооружение армии, социальное обустройство увольняемых офицеров. Кроме того, обострялись политические и межнациональные конфликты, в которые вовлекалась армия.

Важные изменения проходили не столько в структуре, сколько в процессе принятия государственных решений, которые определяли место того или иного института в государстве. Военное руководство было отстранено от участия в решении важнейших военно-политических вопросов. Так, поразившее весь мир заявление М.С.Горбачева 15 января 1986 г. о программе полного ядерного разоружения СССР в течение 15 лет, было неожиданностью для военных.

В 1986 г. была создана межведомственная комиссия по разоружению (из руководителей МИД, Министерства обороны, КГБ, военно-промышленной комиссии Совета министров и ряда отделов ЦК КПСС — «большая пятерка»). В ней нарастала напряженность, дошедшая 10 марта 1990 г. до открытого конфликта, из-за того, что договоренности с США по разоружению не только не согласовывались, но даже не доводились до сведения комиссии. Так, не удалось обнаружить никаких сведений о подготовке решения об уничтожении лучшего в мире ракетного комплекса «Ока», о котором открыто вообще не было речи на переговорах. Начальник Генштаба М.А.Моисеев доложил, что в результате маневров Э.А.Шеварднадзе США получили право иметь 11 тыс. боеголовок против 6 тыс. для СССР. После этого конфликта комиссия были ликвидирована.

В связи с переходом к рыночной экономике стали создаваться новые органы, в которых не было необходимости при советской системе хозяйства. В 1986 г. образовано как общесоюзный орган Главное управление государственного таможенного контроля, преобразованное в 1991 г. в Таможенный комитет СССР (в 1991 г. был утвержден новый Таможенный кодекс СССР). В январе 1990 г. учреждена Главная государственная налоговая инспекция.

В 1987 г. в составе УВД стали создаваться отряды милиции особого назначения (ОМОН), предназначенные для охраны общественного порядка во время митингов и демонстраций. В 1989 г. на вооружение милиции была принята резиновая дубинка, что имело большое символическое значение. В 1989-1991 гг. произошло внешне малозаметное, но важное изменение всех правоохранительных органов (МВД, КГБ, суда и прокуратуры) — уход большой части квалифицированных кадров. К этому побуждали две причины: сильное давление прессы, которая дискредитировала эти органы, и быстрое относительное понижение зарплаты, которое в этих органах невозможно компенсировать побочными заработками.