Кларендонские конституции повысили значимость королевских судов и ограничили юрисдикцию судов церковных. В частности, священнослужители, обвинённые в убийстве, лишались сана, и их дела передавались в королевский суд. Убийцы-клирики, другими словами, могли быть повешены за первое убийство, а не за второе.

Конституции также ограничили право прелатов отлучать от церкви: такая мера отныне не могла применяться к подданным короля без его согласия. Они запрещали клирикам покидать страну или обращаться к папе без разрешения короля (этот запрет был введен при нормандской династии). Что же касается назначений епископов и присяги на верность королю, здесь сохранялась процедура, установленная соглашением 1107 г. при Генрихе I.

В целом это была победа короля, но, как только конституции были обнародованы, папа, упрочивший к этому времени свою позицию, отказался их утвердить, и Томас Бекет сразу заявил, что это освобождает его от данной им клятвы соблюдать договорённость.

Отчаявшийся Генрих ответил ударом на удар. Он начал проверку финансовых операций Бекета на посту канцлера, и собственность экс-канцлера была конфискована, поскольку он отрекся от своих обязательств перед королем. Было ясно, что проверка даст такие результаты (король настаивал на этом), которые позволят Генриху принять самые суровые меры против Бекета, и архиепископ Кентерберийский поспешно покинул страну и отплыл во Францию.

Оказавшись во Франции, Бекет воспользовался самым страшным оружием в борьбе против своего бывшего друга: он обратился к папе с просьбой об отлучении всего английского королевства от церкви (это означало запрет на функционирование всех религиозных институтов королевства — самая ужасная мера, которая имелась в распоряжении церкви).

Папа Александр, хотя и желал поддержать архиепископа, всё же не хотел заходить так далеко. Он всячески стремился примирить короля и Бекета, опасаясь, что разразившийся скандал приведёт к катастрофическим последствиям для церкви в целом. В 1170 г. состоялось формальное примирение, при том что обе стороны не скрывали своей ненависти.

Возвратившийся в Кентербери Бекет получил новый удар по самолюбию, хотя и не связанный с церковной юрисдикцией и Кларендонскими конституциями. Незадолго до его возвращения Генрих II решил короновать своего старшего сына и объявить его своим преемником. Обычно такая коронация проходила при участии архиепископа Кентерберийского. Поскольку в то время Бекет отсутствовал, Генрих поручил коронацию архиепископу Йоркскому.

Разумеется, Бекет не мог вынести такого покушения на свои прерогативы. Сразу по возвращении он отлучил от церкви тех епископов, которые принимали участие в коронации. Это произошло в Рождество 1170 г.

Известие застало Генриха II в его континентальных владениях, и ярость его была неописуема. Значит, примирение привело к таким последствиям? Значит, оно привело к открытому неповиновению и отрицанию законных прав его сына и наследника? Не помня себя, он сыпал угрозами в адрес архиепископа, а затем выкрикнул в ярости: «И ни один из трусов, которых я выкормил за своим столом, — ни один из них не освободит меня от этого смутьяна церковника!»

Намёк был понят, и четыре рыцаря, желая завоевать расположение короля, тотчас отправились в путь. Они не спрашивали позволения Генриха, который мог бы сказать им, что любое беззаконие нанесёт ему непоправимый вред и что он говорил не помня себя.

В конце концов король собирался законным образом арестовать Бекета, и у него имелись для этого основания. Архиепископ был бы законно обвинён и законно понёс наказание, возможно, был бы казнён. Что ещё нужно? Но пока Генрих готовился осуществить свой план, четыре рыцаря прибыли в Кентербери и 29 декабря 1170 г. убили Бекета у алтаря кафедрального собора.

Узнав о случившемся, Генрих ужаснулся. Это было неслыханное злодеяние, которое могло обернуться катастрофой для него лично. И в самом деле, его соперник французский король Людовик VII, не теряя времени, направил папе просьбу отлучить Генриха от церкви за намеренное убийство человека, служившего Господу.

Среди подданных Генриха нашлось бы много людей, которые, узнав об отлучении, сочли бы его порождением дьявола, верность которому является преступлением и с которым они обязаны сражаться. Интриги французского короля подстегнули бы вассалов Генриха, и бароны не упустили бы шанса с благословения Господа добиться для себя большей власти за счет своего господина. Это означало бы возвращение дней Стефана и Матильды.

Для Генриха оставался только один выход. Он должен был убедить общественное мнение в том, что он не отдавал приказа убивать священника; что произошедшее было сделано без его ведома; что это ужаснуло его самого. Он направлял покаянные послания (и деньги) папе, он созвал совет, на котором поклялся самой страшной клятвой в том, что он невиновен. Он сделал все, что в его силах, чтобы подтвердить святость архиепископа, и призывал людей чтить его.

Вскоре стали распространяться слухи о чудесах, происходящих на могиле Бекета, и в 1173 г. он был канонизирован и причислен к лику святых. Его культ распространился по Европе, и стало модным совершать паломничество в Кентербери на его могилу. (В «Кентерберийских рассказах» Джеффри Чосера, написанных двести лет спустя, пилигримы, от имени которых ведется повествование, идут именно туда.)

Всё это было чрезвычайно унизительно для Генриха, однако он достиг своей цели. Он избежал гнева папы, сохранил власть над своими вассалами, целостность королевства, преемственность престолонаследия — однако ему пришлось поступиться многим из того, чего он добился в Кларендоне.

Клириков продолжали судить в церковных судах более мягко, чем если бы их судили королевским судом. Поскольку каждый, кто умел читать и писать, считался связанным с церковью, стало возможным избежать смертной казни за первое убийство, прочитав на суде отрывок из Библии, — это стали называть «преимуществом церковников».

Несмотря на неудачу противоборства с церковью, Генрих, тем не менее, сумел реформировать правовую систему во всех областях, где только мог. По нормам того времени каждый сеньор имел право судить своего вассала. В результате появилось множество местных судов, каждый со своими правилами и с разной степенью суровости. Никто не мог знать всех местных законов, и в конечном счёте такое множество законов стало означать отсутствие всякого закона. Мало где простой человек мог рассчитывать на быстрый и справедливый суд, если вообще на какую-либо справедливость.

Вакарий, познакомив Англию с римским правом, заронил в сознание людей идею общего закона для всех граждан. Эту мысль подхватил Генрих. Ему помогал его главный советник по правовым вопросам Ранульф де Гланвиль, который первым записал и систематизировал нормы английского права.

Генрих не стал отменять местные суды, вместо этого он создал параллельный королевский суд, который предлагал скорое и справедливое рассмотрение дела в соответствии с точными правилами и процедурами. Он назначил судей, которые могли выезжать в различные области королевства, проверять действия шерифов и выслушивать дела в соответствии с «общим правом», то есть с законом, общим для всего королевства.

Поскольку эти судьи не были лично знакомы с обвиняемыми, вошло в обычай собирать местных жителей, которые под присягой приносили свидетельство о нраве и поведении обвиняемого. На основе этой практики в далеком будущем возник английский суд присяжных.

В конце концов королевская система правосудия настолько стала превосходить местные баронские суды, что все стали обращаться к ней. Это способствовало централизации королевства и предотвращению феодальной раздробленности, столь характерной ранее для Англии и процветавшей на континенте.

Неудивительно, что благосостояние страны стало быстро расти. Ещё во времена Генриха I в Англии появился новый монашеский орден. Первоначально он возник на востоке центральной Франции в монастыре в местечке Сито. В память о старом латинском названии этого места монахов стали называть цистерианцами. Основным идеалом цистерианцев был труд на земле, и английские цистерианцы развернули активную работу по улучшению землеустройства, строительству дорог и сооружению мельниц. Они поняли, что разведение овец может стать очень прибыльным делом, и ко времени правления Генриха II Англия стала одним из главных поставщиков и экспортёров шерсти.