Что касается Ханссена, то развязка для него наступила 18 февраля 2001 года. В этот день он, вернувшись с вечерней мессы, высадил жену и детей около дома, а сам поехал в сторону расположенного неподалеку Фокстон-парка. Там он вышел из машины со свертком в руках, прилепил кусочек белого скотча к дереву, после чего скрылся в кустах. Через несколько минут он вернулся к машине, но уже без свертка. В этот момент его и арестовали агенты ФБР.
Об аресте Ханссена и о предъявленном ему обвинении в шпионаже в пользу СССР и России официально было объявлено 20 февраля. Тогда же директор ФБР Луис Фри выступил перед журналистами с заявлением, в котором назвал произошедшее «одним из наиболее серьезных случаев шпионажа в истории США».
21 февраля Ханссен предстал перед окружным судом города Александрии, штат Виргиния, где по традиции рассматриваются все дела о шпионаже. Ему было предъявлено два обвинения в разглашении государственной тайны, а именно: в передаче Москве секретной информации 1 октября 1985 года и 20 марта 1989 года. В начале судебных слушаний Ханссен категорически отказался признать свою вину, после чего были заслушаны данные под присягой показания агента ФБР Стефана Плута, рассказавшего суду следующее:
«Результаты расследования на данный момент указывают на существование обоснованных причин считать, что гражданин США Роберт Филип Ханссен, начиная с 1985 года и до сегодняшнего дня, вместе с агентами Союза Советских Социалистических Республик и его преемника, Российской Федерации, проводили шпионскую деятельность против Соединенных Штатов в пользу иностранного государства, а именно Советского Союза и России.
Собранные доказательства показывают, что с 1985 года и до сегодняшнего года Ханссен, которого КГБ/СВР называло агентом «В», совершил следующее: он выдал нескольких информаторов разведывательных служб США. Трое таких информаторов были выданы Ханссеном и бывшим офицером ЦРУ Олдричем Эймсом, что привело к аресту информаторов и заключению их в тюрьму. Двое из них были расстреляны. Ханссен выдал этих людей для того, чтобы укрепить собственную безопасность и продолжать шпионаж против США.
Он передал агентам иностранного государства большое количество секретных документов США, включая программу 4 (MASINT — Measurement and Signature Intelligence) — гриф «Совершенно секретно», программу США по агентам-двойникам — гриф «Секретно», программу ФБР по агентам-двойникам — гриф «Совершенно секретно», руководство по потребностям разведывательных служб США в будущем — гриф «Совершенно секретно», доклад о вербовочных операциях КГБ против ЦРУ — гриф «Секретно», отчет о деятельности КГБ по сбору информации о некоторых ядерных программах США — гриф «Совершенно секретно», засекреченный доклад с анализом иностранных угроз одной из секретных государственных программ США — гриф «Совершенно секретно».
Он передавал сведения о технических аспектах деятельности разведслужб США. Это включало технологию по электронному слежению и описание самих целей, данные о возможностях разведслужб США, включая описание отдельных объектов, а также сведения о целой технической программе, имеющей огромное значение для обороны США.
Он также передал большой объем данных о деятельности ФБР, оперативной технологии, источниках, методах и мероприятиях против КГБ/СВР. Он консультировал КГБ/СВР в отношении методов защиты от наблюдения ФБР и предупреждал КГБ/СВР о недопустимости проведения мероприятий, за которыми наблюдало ФБР.
Среди его донесений были и материалы секретного расследования ФБР по делу агента Феликса Блока. В результате СВР предупредила об этом Блока, что привело к невозможности завершения расследования.
Деятельность Ханссена продолжается и в настоящее время. Ханссен постоянно наблюдает за сигнальным тайником СВР. Проверки этого тайника он проводил много раз в декабре 2000 года, январе и феврале 2001 года. В ходе недавнего обыска машины Ханссена, в которой были обнаружены секретные документы, сведения о недавнем расследовании и предметы из сигнальных тайников.
Мы также обнаружили, что Ханссен продолжает попытки определить, стало ли им интересоваться ФБР. Он проверяет регистры ФБР, пытаясь найти свое имя, адрес и указания на расположение тайников.
В ходе своей шпионской деятельности Ханссен много раз общался с сотрудниками КГБ/СВР. В этом заключении процитировано 27 писем, которые он послал КГБ/СВР. Приводится описание 33 свертков, которые сотрудники КГБ/СВР оставили для Ханссена в тайниках, а также описание 22 свертков, которые Ханссен оставлял в тайниках для сотрудников КГБ/СВР.
Данный документ приводит запись двух телефонных разговоров, которые Ханссен вел с сотрудниками КГБ. Здесь описано содержание 26 дискет, которые Ханссен передал КГБ/СВР, а также 12 дискет, которые КГБ/СВР передал агенту «В». Ханссен предоставил КГБ/СВР более 6000 страниц документов.
За свои услуги КГБ/СВР Ханссен получил более 600 тыс. долларов, которые были выплачены наличными и в бриллиантах. В течение двух последних лет КГБ/СВР информировало Ханссена, что на его депонентском счету в одном из московских банков лежит около 800 тыс. долларов».
Поскольку Ханссен 21 февраля во время предъявления обвинения так и не признал свою вину, то 5 марта 2001 года состоялись очередные судебные слушания по его делу. На них ФБР представило официальный аффедевит, в котором были перечислены все обвинения против Ханссена. Однако он вновь отказался признавать свою вину, и поэтому судья Тереза Баченен отклонила просьбу адвоката Ханссена Плато Качериса выпустить его подзащитного под залог. Свое решение она мотивировала следующим образом:
«Позиция обвинения в деле против агента Федерального бюро расследования Роберта Ханссена, обвиняемого в шпионаже в пользу России, очень сильна, поэтому нет никаких оснований для его освобождения под залог».
Кроме того, судья Баченен заявила, что, по ее мнению, освобождение Ханссена под залог сопряжено с риском его побега и с угрозой безопасности США. После окончания судебного заседания адвокат Плато Качерис, известный тем, что защищал Олдрича Эймса и Монику Левински, сказал журналистам: «ФБР утверждает, что это — одно из самых крупных дел о шпионаже за всю послевоенную историю Америки. Но мы еще посмотрим, что это за дело».
После второго судебного заседания пресс-атташе посольства России в Вашингтоне Владимир Фролов покинул США. Несмотря на то что за время своей работы в США он зарекомендовал себя среди американских журналистов и экспертов политических организаций как надежный и объективный обозреватель американо-российских отношений, его поспешили объявить сотрудником СВР, работавшим под дипломатическим прикрытием и осуществлявшим связь с Ханссеном.
Тем временем новая администрация США во главе с президентом Джорджем Бушем-младшим решила использовать арест Ханссена для беспрецедентного после окончания «холодной войны» давления на Россию. Утром 21 марта посол России в США Юрий Ушаков был вызван в госдепартамент, где ему объявили о высылке четырех российских дипломатов, которые должны покинуть Америку в течении 48 часов. При этом официальные власти США заявили, что все высылаемые были так или иначе связаны с Ханссеном. А вечером того же дня в российское посольство пришла очередная бумага из госдепартамента, в которой говорилось, что до 1 июля 2001 года покинуть США будет предложено еще 46 российским дипломатам. Комментируя это решение, анонимный представитель администрации США сказал журналистам, что высылаются самые опытные сотрудники российских спецслужб, работающие под дипломатической «крышей», и что общее их число «достигает около 100 или более человек».
Ответные меры со стороны России не заставили себя ждать. Уже 22 марта в МИД РФ был вызван второй по положению сотрудник американского посольства в Москве Джон Ордуэй (сам посол США Джеймс Коллинз в это время находился в плановой поездке по российским регионам). Заместитель главы МИДа Георгий Мамедов вручил ему список из фамилий четырех американских дипломатов, которые должны покинуть территорию России в течение 10 дней. А спустя несколько дней было заявлено, что еще 46 американским дипломатам рекомендовано покинуть Москву до 1 июля. Имя одного из них вскоре было названо — им оказался Пол Холлингсоурт, официально занимавший должность первого секретаря посольства, а на самом деле являвшийся заместителем резидента ЦРУ в Москве. При этом по российскому телевидению была показана видеозапись, сделанная сотрудниками ФСБ, на которой зафиксирована встреча российского гражданина Анатолия Попова с американскими разведчиками.