Генерал Смит создал также и директорат национальных оценок (будущий разведывательный директорат), призванный составлять аналитические обзоры по разведке в целом и по отдельным конкретным проблемам. Таким образом, структура ЦРУ начала приобретать современные очертания.

В этот период ЦРУ охватило своими тайными операциями весь земной шар. Оружие и денежные средства направлялись засевшим в Бирме недобитым гоминьдановцам (американцы надеялись, что им удастся превратить Бирму в плацдарм борьбы против социалистического Китая). В 1950 году агенты ЦРУ помогли подавить народное восстание на Филиппинах, приведя к власти американского ставленника Рамона Магасасе. В 1952 году агенты ЦРУ свергли египетского короля Фаруха и привели к власти бывшего агента абвера и будущего Героя Советского Союза и любимца Хрущева Гамаля Абделя Насера. В 1953 году эксперт ЦРУ по Ближнему Востоку Кермит Рузвельт организовал операцию по свержению иранского премьера Мохаммеда Мосаддыка и возвращению на трон шаха Мухаммада Реза Пехлеви. В 1954 году ЦРУ провело полувоенную операцию по свержению президента Гватемалы Жакобо Арбенца Гузмана, покусившегося на самое святое — собственность американской компании «Юнайтед фрут».

Велись тайные операции и непосредственно против главного противника — СССР. Начиная с августа 1949 года была организована заброска на территорию СССР прошедших обучение в ЦРУ украинских (и прибалтийских) националистов. Агенты обеспечивались рациями и должны были держать связь со своими американскими руководителями, находившимися в Западной Германии. На протяжении пяти лет ЦРУ забрасывало своих агентов в СССР на парашютах или по Балтийскому морю, однако ни один из них так и не сообщил никакой информации, если не считать сигналов о провале.

В странах Восточной Европы создавались «группы сопротивления коммунизму». Так, в рамках операции под кодовым названием «Красные носки — красная фуражка» была организована спецподготовка польских, румынских, венгерских и чехословацких эмигрантов, которые должны были впоследствии возглавить «движение сопротивления» просоветским режимам в своих странах. На территории Западной Европы были размещены секретные склады оружия (чтобы в случае войны «освободительные» движения не остались с пустыми руками после прихода Советской Армии).

Американские военные самолеты постоянно вторгались в советское воздушное пространство. Вот лишь выдержка из списка потерь, признанных американцами:

— 8 апреля 1950 года над Балтийским морем советскими истребителями был сбит самолет-разведчик ВМС США PB4Y-2 «Прайвэтир»;

— 6 ноября 1951 года вблизи советского побережья исчез патрульный самолет ВМС США P2V-3 «Нептун», обстрелянный перед этим советскими истребителями;

— 13 июня 1952 года над Японским морем исчез совершавший разведывательный полет самолет ВВС США RB-29 «Суперфортрес»;

— 7 октября 1952 года вблизи японского побережья исчез самолет ВВС США RB-29A «Суперфортрес»;

— 29 июля 1953 года над Японским морем советскими истребителями сбит самолет ВВС США RB-50 «Суперфортрес»;

— 4 сентября 1954 года возле советского побережья сбит патрульный самолет ВМС США P2V-5 «Нептун»;

— 7 ноября 1954 года вблизи острова Хоккайдо (Япония) советскими истребителями сбит самолет-фоторазведчик ВВС США RB-29;

— 22 июня 1955 года вблизи острова Св. Лаврентия в Беринговом море советскими истребителями сбит патрульный самолет ВМС США P2V-5 «Нептун».

А начиная с июля 1956 года разработанные под руководством ЦРУ самолеты-шпионы U-2, неуязвимые для тогдашних советских средств ПВО, начали безнаказанно проводить полеты в глубь территории Советского Союза.

В 1953 году Трумэна на посту президента США сменил Эйзенхауэр. В свою очередь Аллен Даллес был назначен директором ЦРУ и стал первым штатским на этом посту. За те неполные девять лет, что Даллес находился у руководства, он превратил ЦРУ в главное оружие Америки периода «холодной войны». Даллес создал в ЦРУ особую культуру, уникальную атмосферу, продержавшуюся на протяжении следующих двух десятилетий. Ее главными положениями были следующие: «мы наделены властью делать все, о чем нас попросит президент» и «для достижения своих целей мы уполномочены использовать любые средства». Например, привлекать к работе бывших руководителей нацистской разведки, таких, как Рейнхард Гелен, создавать подставные организации типа радиостанций «Свобода» и «Свободная Европа», планировать политические убийства, например, кубинского лидера Фиделя Кастро, и т. д. и т. п.

Работавшие в этот период в большом количестве в стенах ЦРУ представители «интеллектуальной элиты американской нации» — отпрыски аристократических или богатых семейств, выпускники престижных университетов, состоящих в так называемой «Лиге Плюща», — наверняка изучали русскую культуру и читали произведения Достоевского. Скорее всего, знакомы они были и со знаменитым высказыванием этого наиболее известного на Западе русского писателя о том, что «если Бога нет, значит все позволено». Однако веря в Бога и участвуя в провозглашенном Даллесом «всемирном крестовом походе» против Советского Союза, эти высоколобые интеллектуалы полагали себя свободными от любых моральных ограничений.

Следует отметить, что американское общество тех лет мало что знало не только о деятельности ЦРУ, но даже о самом факте существования этой организации. Информация о тайных операциях лишь иногда просачивалась в широкую прессу. Однако начиная с 1960 года для ЦРУ наступила эпоха публичных скандалов.

1 мая 1960 года демонстративно «наглый» полет через советскую территорию пилотируемого Фрэнсисом Гэри Пауэрсом самолета U-2 был прерван советской ракетой «земля-воздух» в небе над Свердловском. Поначалу американцы попытались ввести в действие легенду прикрытия, заявив, что это был самолет разведки погоды, который сбился с курса. Однако оставшийся в живых Пауэрс дал показания, что работал на ЦРУ. Разразился международный скандал.

В апреле 1961 года в бухте Кочинос была проведена катастрофическая по своим последствиям высадка «десанта», ставшая своеобразной попыткой военного вторжения на Кубу. Примерно 1400 кубинских эмигрантов, завербованных и прошедших подготовку в ЦРУ, попытались проникнуть на родину и организовать восстание против режима Кастро, но были наголову разгромлены. В результате этого провала, вызванного в первую очередь вопиющими просчетами в организации операции, Даллес был вынужден уйти в отставку.

После этого ЦРУ разработало план «Монгуз», предусматривающий физическое устранение непокорного кубинского лидера. План был утвержден президентом Кеннеди, но, несмотря на бесчисленные покушения (поговаривали даже о занесении его в этой связи в Книгу рекордов Гиннесса), Фидель Кастро остался жив и невредим и до сих пор правит Кубой.

Активное участие принимало ЦРУ и в войне во Вьетнаме. В ходе организованной им операции «Феникс» в 1967–1971 годах были уничтожены десятки тысяч жителей Южного Вьетнама, подозревавшихся в симпатиях к коммунистам. Так же действовало ЦРУ и на территории Лаоса.

Начало 70-х годов ознаменовалось для ЦРУ новой серией скандалов. Но если предыдущие скандалы были связаны с провалами ЦРУ на международной арене, то эти уже касались деятельности управления внутри страны. Первым из них стал в 1972 году знаменитый «Уотергейт» — попытка тайно установить подслушивающие устройства в штаб-квартире Демократической партии США. 22 декабря 1974 года репортер газеты «Нью-Йорк таймс» Сеймур Херш опубликовал список злоупотреблений властью, допущенных ЦРУ, включая длившуюся на протяжении 20 лет операцию по незаконной перлюстрации корреспонденции рядовых американских граждан и организаций. Директор ЦРУ Уильям Е. Колби признал, что подобное действительно имело место, но настаивал на том, что ЦРУ свернуло эту операцию.

Начавшийся процесс разоблачений было весьма сложно остановить. В прессу просочилась информация об экспериментах ученых из ЦРУ по контролю над человеческим сознанием (по крайней мере, один из них закончился смертью подопытного). Появились известия об организациях, контролируемых и служащих прикрытием для операций ЦРУ, например, Национальная студенческая ассоциация США, журналы «Дер Монат» в Германии и «Инкаунтер» в Великобритании. В результате президент Форд учредил так называемую Рокфеллеровскую комиссию и поручил ей провести расследование деятельности ЦРУ на территории Соединенных Штатов.