Ющенко проходил фильтрационную проверку в течение весны-лета 1945 года. И уже тогда в отношении него возникли определённые подозрения, о чём свидетельствует тот факт, что Ющенко находился в лагере НКВД, а не во фронтовом проверочном лагере. «Работая писарем в военной комендатуре Штейнау» 59, Ющенко имел доступ к документам и бланкам документов. И, вероятно, мог каким-то образом добыть бланки или подделать необходимые документы, в частности, справку о демобилизации («разрешение ехать на родину»). По прибытии Ющенко в СССР, видимо, предполагалось завершить проверку обстоятельств его пребывания в плену. Но Ющенко совершил побег.
Имея на руках подложные документы (в том числе и «разрешение ехать на родину»), он устроился на работу в сельскую школу. Именно тогда, 17 августа 1945 года, Ющенко по требованию органов госбезопасности и пишет автобиографию (1945), к которой прилагает те самые документы из Штейнау («разрешение ехать на родину»). Ющенко почти сразу становится объектом пристального внимания со стороны органов безопасности. Его вызывают, начинают интересоваться обстоятельствами пребывания в плену и возвращения на родину Ющенко, скорее всего, не был уверен в том, что сможет пройти новую проверку, и через месяц срочно перебирается в другое место. На срочность указывает и то, что учитель Ющенко вдруг покидает школу в середине учебного года. В январе 1946 года переезжает в другое село той же Сумской области, но и там долго не задерживается. Вероятно, и там им заинтересовались органы безопасности. Словно заметая следы, Ющенко перебирается в другую область — на Западную Украину. Чтобы избежать внимания местных органов безопасности, Ющенко в своей автобиографии (1946а), заполненной 7 сентября 1946 года при поступлении на работу, ни словом не обмолвливается о том, что был в плену. Нет и указания на довоенную судимость. В автобиографии (1946а) говорится, что он учился в Харьковском пединституте и в 1939 году с 3-го курса был призван в армию. А из армии якобы был демобилизован «как учитель» в 1945 году.
Однако надежда Ющенко на то, что он сможет избежать внимания со стороны органов безопасности, не оправдалась. Эта автобиография привлекла внимание контрразведчиков — в фильтрационном деле находится рукописная копия этого документа, заверенная офицером госбезопасности. Возможно, что её передал в органы какой-нибудь бдительный кадровик из отдела народного образования, обративший внимание на противоречивость документа — Ющенко по этой автобиографии призван в армию как студент, а демобилизовался уже как «учитель». Это порождало обоснованное подозрение, что автор автобиографии — самозванец, который, не имея ни образования, ни педагогического опыта, обманным путём занимает пост директора школы. И органы госбезопасности вновь занялись Ющенко.
Уже 31 октября 1946 года Ющенко отвечает на анкету (1946), в которой ему приходится подробно отвечать на вопросы, касающиеся его биографии. В анкете Ющенко сообщает, что находился в плену с января 1942 года по июнь 1944 года. То есть фактически скрывает полгода плена в начале войны и почти целый год — в конце. (Выше мы указывали на то, что наиболее логичным объяснением этого может быть стремление скрыть реальные факты сотрудничества с немцами в этот период.) В анкете указаны некоторые лагеря, где находился Ющенко, «Русский отряд при Американской армии в г. Верден» и «фильтрационный лагерь НКВД в г. Майсен». Очевидно, что такая версия ещё больше заинтересовала органы госбезопасности, и через месяц — 31 ноября 1946 года Ющенко вновь заставляют писать автобиографию. В этот раз Ющенко указывает, что в 1939 году закончил Харьковский пединститут, после которого вплоть до призыва в армию работает учителем в Ростовской области. Время пребывания в плену в плену — с января 1941 года по январь 1945 года. В автобиографии не указаны некоторые лагеря, в частности, Шталаг IVВ и «лагерь 318», где он в общей сложности провёл около 2 лет. Можно предположить, что, Ющенко пытался не указывать именно те лагеря, бывшие узники и персонал которых могли опознать его как предателя.
Однако Ющенко не удалось развеять подозрения в свой адрес. И после того, как активность контрразведчиков усилилась, он вновь меняет место работы. В ноябре 1947 года Ющенко внезапно увольняется из Каменской школы, покидает Прикарпатье и переезжает в Сумскую область 60.
Трудно понять, на что рассчитывал Ющенко, когда каждый раз описывал свою биографию по-новому. Возможно, он надеялся на то, что все версии, написанные им для разных районных отделов госбезопасности, никогда не окажутся вместе, и ему удастся убедить контрразведчиков в своей невиновности.
Возможно, часто переезжая с места на место, он рассчитывал, что сможет затеряться, и в результате органы госбезопасности упустят его из виду.
Этого, однако, не произошло. В отношении Ющенко оперативно-следственные действия продолжались несколько лет. Из документов фильтрационного дела, которые имеются в нашем распоряжении, последний датирован 5 января 1950 года. Все его автобиографии, анкеты были сведены в одно общее дело.
Однако нам не известно, к каким выводам пришло расследование, и как оно отразилось на судьбе Ющенко 61. Ясно, что следователи ни минуты не сомневались, что Ющенко лжёт — он сам себя изобличил, давая разные версии своей биографии. Очевидно, что в отношении Ющенко возникли серьёзные подозрения. Очевидно, с целью проверки показаний Ющенко были разосланы запросы в архивы. Так в фильтрационном деле появляются некоторые документы из немецких лагерей.
Но точно установить вину Ющенко органы госбезопасности не смогли. Вероятнее всего, ему не стали предъявить конкретных обвинений в силу недостаточности улик. Следует отметить, что выявление предателей, которые открыто служили в тех или иных формированиях на стороне Германии, было гораздо проще, чем разоблачение агентов разведки и контрразведки.
Пособничество врагу участников коллаборационистских вооруженных формирований, сотрудников полиции и работников немецкой администрации в период их службы на стороне Германии было явным. Они ходили в немецкой форме, открыто получали жалованье, расписывались в ведомостях, их имена сохранились в списках личного состава тех формирований и организаций, в которых они служили врагу. И даже в этом случае имеется масса примеров, когда предатели уходили от ответственности, а некоторых заслуженная кара настигла лишь многие годы спустя. Так, палач Хатыни, начальник штаба 118-го батальона полиции Васюра был разоблачён и осуждён только в 1986 году. А до этого момента он пользовался в Советском Союзе уважением как герой-фронтовик, его имя даже было внесено в список почётных курсантов одного из киевских военных училищ. А эмигрировавший в США Иван Демьянюк так же, как и Ющенко, рассказывал, что в годы войны он был узником нацистских концлагерей, в том числе и Флоссенбурга. И лишь сравнительно недавно было установлено, что во время войны Демьянюк являлся сотрудником «лагерной полиции» и охранником в Собиборе, Треблинке и в том самом Флоссенбурге, где отличался особой жестокостью.
Гораздо сложнее обстояло дело с разоблачением завербованных агентов. Их работа на врага и в период войны осуществлялась тайно. Сам смысл деятельности внедрённых агентов в том чтобы их принимали «за своих». Например, агенты, которые внедрялись в среду военнопленных, сами по документам проходили как военнопленные. Они всячески скрывали свою принадлежность к агентуре немецких спецслужб, их специально обучали методам конспирации. Об их реальной деятельности знал узкий круг осведомлённых лиц, в переписке они фигурировали под кодовыми кличками и псевдонимами. Списки агентуры, как правило, не дублировались, и в случае угрозы эти документы уничтожались в первую очередь. Изобличение таких предателей требовало большого труда, профессионализма, настойчивости со стороны сотрудников госбезопасности и даже везения. Не всегда их усилия приводили к результату. Поэтому, если предположить, что Ющенко во время войны сотрудничал с немцами в качестве внедрённого агента, то нет ничего удивительного в том, что органы госбезопасности при всех подозрениях не смогли изобличить его.
