В декабре 1939 года «Эмс» поставили для срочного ремонта и переоборудования к причалу гамбургского завода «Ховальдтсверке». После полугодового заводского переоборудования на заводе «Эмс» превратился во вспомогательный крейсер «Комет» (в дальнейшем у него будет еще несколько названий), предназначенный для активной охоты за вражескими судами в различных районах Мирового океана. Командовал рейдером фрегаттен — капитан Кептель.

В процессе переоборудования на «Эмсе» было установлено шесть 150-миллнметровых орудий, замаскированных откидными щитами, десять торпедных аппаратов (также под маскировочными щитами) и девять зенитных орудий. Перед выходом в плавание на борт было приняты четыреста якорных мин (значительно больше, чем это было положено по штату даже для более крупных рейдеров), быстроходный катер, специально предназначенный для скрытных минных постановок, и большой запас артиллерийских снарядов и торпед.

В специальном корабельном ангаре был также размещен гидросамолет типа «Арадо». Наличие на борту самолета позволяло рейдеру вести дальнюю разведку в море, в том числе и ледовую. Радиосвязь и радиоразведку на корабле обеспечивали шесть высококлассных радистов, свободно владеющих русским и английским языками.

Официально крейсер имел на борту большой запас топлива, который позволял ему осуществить переход по Севморпути на Тихий океан без дозаправки, Другие запасы обеспечивали автономную деятельность рейдера как в арктических, так и в тихоокеанских водах. Кстати, что еще было в трюмах рейдера, вообще неизвестно. Руководителем этой ответственной экспедиции был назначен капитен цур зее Роберт Эйссен, который еще в годы Первой мировой войны на борту вспомогательного крейсера «Метеор» участвовал в нескольких боевых походах к берегам Мурмана, а в июне 1915 года ставил мины в Горле Белого моря. Позднее Р. Эйссен был назначен командиром уже нового «Метеорa», специально построенного для проведения исследований в условиях Арктики- Он хорошо изучил особенности плавания в арктических водах, когда занимался гидрологическими работами у границы льдов Гренландии и Исландии,

Как выяснилось уже после войны, замена судна — банановоза «Иллер» на пароход «Эмс» была связана не столько с различиями в крепости корпуса, сколько с существенной разницей в численности экипажей этих судов.

Так, на банановозе экипаж состоял всего из 35 моряков, а в составе экипажа «Эмс» было 270 человек.

Поэтому тех «спецпассажиров», которых планировалось скрытно доставить куда-то в Арктику, в случае перехода на «Иллере» было практически невозможно скрыть от советских лоцманов (не говоря о сложностях с их размещением на корабле). Иное дело—судно, в корабельных помещениях которого можно свободно разместить до 300 человек. Здесь достаточно большое количество «спецпассажиров» могло легко «затеряться» среди команды, а в нужный момент и в нужном месте незаметно исчезнуть с борта рейдера и заняться тем делом, рада которого Абвер определил их специальный статус!

Практику подобной доставки нацистских «специалистов» в Арктику сотрудники Абвера освоили еще в июне 1939 года, когда некие «пассажиры» (говорившие между собой только на немецком языке) пришли в Карское море на советском зверобойном судне «Мурманец» и были высажены здесь на различные арктические острова. В официальных бумагах такие группы именовалась «научными сотрудниками ленинградского Арктического института», хотя жили в помещении, куда вход советскому экипажу был категорически запрещен. Были ли среди этих «ученых» офицеры немецкой военно-морской разведки — гадать не стоит, так как всех этих «исследователей» высаживали на островах архипелага Норденшельда и шхер Минина. К сожалению, только после окончания войны наши компетентные органы обратили внимание на то, что районы высадки групп этих «научных сотрудников Арктического института» почти всегда располагались вдоль маршрута полета «Графа Цеппелина».

А ведь уже тогда было совершенно очевидно, что сам факт капитального переоборудования «Эмса», как и подготовка его к арктическому плаванию, уже должен был насторожить соответствующие органы СССР» но этого не произошло. И рейдер «Комет» 3 июля 1940 года в сопровождении двух тральщиков вышел из Готенхафена (Гдыни) и направился к норвежскому порту Берген.

Когда рейдер проходил траверз Рюгенского маяка, его догнал специальный гидросамолет Do-18, целью которого было доставить на борт рейдера еще двух «пассажиров»»: обер — лейтенанта Вильгельма Доберштайна (нового командира корабельной радиогруппы) и лейтенанта Вильфри — да Карстена (прибывшего на должность второго штурмана). Однако это было только начало вроде бы незапланированных встреч, о которых в то время советские компетентные органы даже не подозревали.

Действительно, у норвежского побережья «Комет» ожидали подлодка U-56 и танкер «Эссо». Для каких целей потребовалась эта встреча, пока совершенно неясно. Ведь, по официальным данным» двигатели рейдера были столь экономичны, что свободно обеспечивали переход корабля в Тихий океан без дополнительной заправки топливом. Более того, еще была встреча с подводной лодкой, которая вроде бы к арктическому походу вообще не имела никакого отношения.

Девятого июля «Комет», уже как советский ледокольный пароход «Семен Дежнев», вышел из Вергена и направился на восток. Вообще наименование рейдера в зависимости от районов плавания постоянно менялось. Фактически, у него на борту находилось не менее пяти комплектов судовых документов, в том числе для советских пароходов «Семен Дежнев» и «Дунай», германского теплохода «Донау» и японского парохода «Токио-Мару».

В соответствии с утвержденным планом переход «Комета» по арктическим морям должны были обеспечивать ледоколы Главного управления Северного морского пути (ГУ СМП). Для этого уже 15 июля в бухте Варнека (остров Вайгач) рейдер должен был принять на борт советских ледовых лоцманов.

Но срок начала перехода по Севморпути неожиданно изменился. Вероятно, это было связано с тем, что в состав экспедиции особого назначения (ЭОН-10) входила наша подводная лодка Щ-423, которая, возможно» еще не была готова к арктическое переходу.

Поэтому еще в районе Нордкапа Эйссен получил радиограмму от руководства ГУ СМП о задержке выхода в Арктику, «Комету» было предложено зайти в Мурманск, где и дожидаться начала проводки. Но Эйссен категорически отказался от этого предложения, мотивируя невозможность посещения советского заполярного порта нарушением соблюдения секретности перехода «Комет» по Севморпути.

И, как следствие, «Комет» примерно на две недели «задержался» у северного побережья Норвегии, где за это время он успел встретиться еще с одним рейдером — тяжелым крейсером «Адмирал Хиппер», а затем сопроводил в финский порт Петсамо финский же пароход «Эстер Торден».

Формально можно считать, что отказ от захода в Мурманск был вполне мотивирован, так как для перехода «Комет» была изначально подготовлена надежная легенда прикрытия. Она предусматривала, что Норвежское и Баренцево моря германский рейдер будет проходить замаскированным под новый советский ледокольный пароход «Семен Дежнев».

Для этого некоторые отличия силуэта немецкого вспомогательного крейсера от силуэта советского ледокольного парохода устранялись с помощью парусиновых обвесов и других специальных приспособлений, изготовленных еще на верфи «Ховалвдтсверке». Там же были изготовлены другие дополнения в этот «джентльменский набор», которые позволяли весьма существенно изменять силуэт рейдера за счет изменения высоты мачт, формы и высоты дымовой трубы, а также количество колонок грузовых стрел.

Все это позволяло океанскому оборотню полностью менять свой силуэт. Более того, для надежного прикрытия «Лже-Дежнева» в советских водах руководство ГУ СМП вообще убрало из акватории Баренцева моря настоящего «Дежнева», кардинально изменив планы летней эксплуатации этого судна, Действительно, вместо того чтобы работать на трассе Мурманск — Шпицберген в интересах советского треста «Арктикуголь», «Дежнев» был отправлен в Карское море для доставки снабжения на самые отдаленные полярные станции этого региона.