Переселение в Голландию вызвано было не одним только желанием уйти от многочисленных парижских знакомых и любовью к уединению. Были и другие еще мотивы. В Голландии существовали свободные учреждения, в ней получил признание принцип веротерпимости. Как замечает профессор Любимов, «хотя Декарт заботливо выделял область веры из своих исследований, всегда показывал себя и был верным сыном церкви, однако, оставаясь во Франции, он едва ли избежал бы… преследований». Таковы были те «наезженные пути», к которым так примирительно относился Декарт и по которым, однако, он предоставлял ходить другим; сам он, верный сын католической церкви и верноподданный французского короля, предпочитал жить в протестантской и республиканской Голландии. Как свидетельствует в своих письмах Декарт, он был далеко не единственным французом, проживавшим в Голландии. Голландия в это время, по его словам, была refuge des catholiques – убежищем католиков и французов, которым нелегко жилось под становившейся все более тяжелой рукой христианнейшего короля.

В Голландии Декарту нравился сам строй жизни деятельного народа, «более заботящегося о своих делах, чем любопытного к чужим». Он убеждает своего приятеля, писателя Бальзака, приехать в Голландию, и в письме, язык которого выгодно отличается от тяжеловесного языка сочинений Декарта, рисует ему прелести амстердамской жизни:

«Я не нахожу ничего странного, – пишет он, – в том, что ум такой широты и благородства, как Ваш, не может примириться с рабскими стеснениями contraintes serviles, господствующими при дворах. Я советовал бы Вам избрать своим убежищем Амстердам и предпочесть его не только всем капуцинским и картезианским монастырям, но и красивейшим местам Франции и Италии и даже тому уединению, в котором Вы были прошлым годом. Как бы ни была хорошо устроена деревенская усадьба, в ней всегда недостает множества удобств, какие можно найти в городе, а уединение никогда не бывает полным. Вы найдете там поток, могущий привести в мечтательное настроение самого отчаянного болтуна, уединенную долину, вызывающую восхищение и радость. Но можете ли Вы оградить себя от кучи соседей, являющихся надоедать Вам и посещения которых еще неприятнее, чем визиты парижских знакомых? А между тем здесь, в Амстердаме, кроме меня, нет человека, не занятого торговлей, и все так озабочены наживой, что я мог бы прожить всю жизнь, никем не замеченный. Каждый день я прогуливаюсь среди толкотни многолюдного населения с такой же свободой и спокойствием, как Вы в Ваших аллеях. На встречающихся мне людей я смотрю, как смотрел бы на деревья в Ваших лесах; сам шум их забот не более прерывает мои мечтания, чем прервал бы их шум потока… Когда я размышляю об их действиях, то получаю такое же удовольствие, какое ощущаете Вы при виде крестьян, обрабатывающих Ваши поля; я вижу, что труд их служит к украшению моего жилища и к тому, чтобы я ни в чем не нуждался. Вам приятно видеть, как зреют плоды в Ваших садах, и чувствовать себя среди изобилия. Но разве менее приятно видеть приходящие корабли, обильно несущие все, что производит Индия, все, что редко в Европе? Где в другом месте на земле так легко было бы найти все удобства жизни и все редкости? В какой другой стране можно наслаждаться такой полной свободой? Где можно спать так спокойно? Где всегда готова вооруженная сила, предназначенная исключительно для Вашего охранения? Где менее известны заключения в тюрьму, измены, клевета и где более сохранились остатки невинности наших предков? Не понимаю, как можете Вы так любить Италию с ее воздухом, так часто носящим в себе заразу, Италию, где дневной зной невыносим, вечерняя свежесть нездорова, а темнота ночи скрывает разбойников и убийц? Вы боитесь зимы? Но какая же тень, какой веер, какие фонтаны охранят Вас в Риме так хорошо от зноя, как здесь натопленная печь охраняет от холода?»

Переезд свой в Голландию Декарт обставил рядом предосторожностей. Он тогда уже интересовался медициной и начинал руководствоваться гигиеническими правилами, игравшими потом в его жизни немаловажную роль. Теплый климат Парижа он считал для себя вредным, тем более, что по его убеждению он страдал «горячностью печени»; воздух Парижа при этих условиях содержал в себе для него «очень тонкий и весьма опасный яд, поддерживавший в нем тщеславие и порождавший в его мозгу химеры». В этом Декарт убедился, когда принялся писать в Париже «О Божестве». Но, прежде чем переехать в Голландию, Декарт счел нужным приучить себя к более холодному климату и провел целую зиму в неизвестной нам местности на севере Франции. Затем Декарт избрал своим девизом: «Qui bene latuit, bene vixit» (счастлив тот, кто прожил свою жизнь скрытым от всех) и в течение двадцати лет своего пребывания в Голландии пятнадцать раз менял место своего жительства. Жил он большею частью в предместьях больших городов или в деревне, тщательно скрывая свой адрес от своих корреспондентов. Из французских друзей адрес Декарта был известен только Мерсенну, который был возведен в звание «резидента Декарта во Франции», как называли доброго францисканского монаха шутники. Все письма, предназначавшиеся для Декарта, посылались Мерсенну, и он уже доставлял их адресату. На Мерсенне лежала также обязанность уведомлять Декарта обо всех новостях из научного мира, и Мерсенн, бывший в переписке со всеми крупнейшими учеными эпохи: Галилеем, Гассенди, Гоббсом и другими, соединявший в своем лице роль «Академии наук» и научного органа печати, добросовестно исполнял эту обязанность. На ответных письмах Декарт вместо действительного своего места жительства всегда проставлял какой-нибудь крупный центр, чтобы лишить своих корреспондентов возможности не только узнать его адрес, но и проверить точность его показаний. Девиз свой Декарт осуществил с таким успехом, что некоторые французские ученые, путешествовавшие по Голландии и желавшие видеться с Декартом, никак не могли его разыскать. Оградив себя таким образом от надоедливых посетителей, Декарт не был, однако, совершенно одинок. Он завязал связи со многими голландскими государственными деятелями и учеными, и это обстоятельство имело потом большое влияние на распространение его теорий в Голландии.

Первое время Декарт продолжает работать над начатым в Париже трактатом «О Божестве», но, несмотря на перемену климата, работа у него идет неуспешно, он забрасывает ее и переходит к естественнонаучным занятиям. Любопытный феномен, наблюдавшийся в Риме в 1629 году и состоявший в появлении вокруг Солнца пяти ложных солнц (паргелиев), – о чем сообщил Декарту Мерсенн, – опять оживляет в нем интерес к оптике и направляет на изучение радуги, так как Декарт совершенно правильно ищет причину паргелиев в явлениях преломления и отражения света. От оптики он переходит к астрономии и медицине – точнее, к анатомии. Высшая цель философии состоит, по его мнению, в принесении пользы человечеству; он дорожит в этом отношении особенно медициной и химией и ожидает блестящих результатов от приложения к этим наукам математического метода. Анатомию Декарт изучает не по атласам и книгам, а сам анатомирует в большом числе животных. Изучение естественных наук при помощи самостоятельных исследований было так мало распространено в то время (не привилось оно еще вполне и в нашей школе, сохранившей много остатков схоластики, и теперь еще можно встретить «психологов», знакомых с нервной системой «по атласу»…), что анатомические занятия Декарта вызвали рад насмешек. Между прочим, распространился слух, будто Декарт «ходит по деревням и присутствует при убое свиней». Добродушный Балье энергично протестует против этой клеветы и заявляет, что Декарт никогда с этой целью по деревням не ходил. Но, проживая в Амстердаме, он всякий день (а в других местах – часто) отправлялся на бойню, рассматривал органы только что убитых животных и некоторые органы, более его интересовавшие, заставлял приносить себе на дом для более обстоятельного изучения.