Период христианизации славян растянулся на весьма продолжительный период, вследствие различий для разных славянских сообществ в контактах с другими народами. Естественно, что территории, вошедшие в регион политических интересов Византии и Рима, достаточно рано (в V – VII вв.) если не обратились в христианство, то как минимум оказались знакомы с ним, что впоследствии оказало существенную помощь в деятельности как отдельных миссионеров, так и церкви в целом. В VIII в. расширение католического (де-факто) франкского государства на восток принесло католицизм словенцам и хорватам, что впоследствии способствовало распространению христианства в Великоморавской державе.

Трудности внедрения христианства в славянских землях отчасти были вызваны языковыми проблемами; частично они были решены в 863 г., когда византийские проповедники Кирилл и Мефодий ввели в Великоморавском государстве богослужение на местных языках.

Несмотря на географическую близость Болгарии к Византии, христианство по византийскому образцу в Болгарии было принято сравнительно поздно – в 865 г., в правление хана Бориса. В отличие от восточнославянских земель, произошло это относительно добровольно, так как южные славяне были близко знакомы с христианством на протяжении веков, и принятию христианства препятствовали лишь постоянные войны с Византией. Даже попытка реставрации политеизма, предпринятая в 889 г. болгарским князем Владимиром, полностью провалилась, хотя и привела к междоусобице, ставшей еще одной каплей в распаде западнославянской общности на мелкие уделы.

На христианизацию Болгарии специфическое влияние оказало переселение во Фракию массы евфратских павликан. В этот период Сергий (Тихик) внес значительные изменения в павликанство, что дало свои плоды во время иконоборческого конфликта: радикализм павликан привел к тому, что даже сами иконоборцы стремились от них отмежеваться. В 970 г. Иоанн Цимисхий поселил большую колонию павликан во Фракии около Филиппополя для охраны границы, гарантировав им полную религиозную свободу. Эта колония существовала более 100 лет, до тех пор, пока император Алексей Комнин не попытался обратить их в византийскую веру силой оружия.

С X в. в южных и западных славянских землях началось системное укрепление христианства, связанное с укреплением государств и верховной власти. В 921 г. в Чехии пришел к власти Вацлав I, давший карт-бланш христианской церкви. В 966 г. польский князь Мешко I принял христианство на территории Древнепольского государства. В 977 г. венгерский князь, впоследствии король, ввел христианство на территории Венгрии.

В это же время на территории Болгарии в среде ультраконсервативных монахов под влиянием павликанских и эвхитских идей зародилась богомильская ересь, оказавшая значительное влияние на всю славянскую религиозную жизнь вплоть до наших дней. Несмотря на жесткие репрессии, проведенные византийским императором Алексеем Комниным в отношении богомильского руководства, богомильство утвердилось в Византии, а оттуда распространилось на запад. Пройдя через Далмацию и Италию, оно в начале XII века достигло Франции, откуда вскоре было вытеснено другими ересями. Из Болгарии богомильские идеи проникли в Россию, где получили широкое распространение в малограмотной народной среде, преимущественно в форме христианских легенд. В силу особого развития в богомильской мифологии представлений о Сатанаиле как первородном сыне Бога, страшные сказки с участием Сатаны, зачастую противоречащие Священному писанию, были восприняты как простым народом, так и, впоследствии, многочисленными европейскими писателями.

Принятие христианства Россией в 988 г., имевшее сугубо политическое значение объединения славянских и неславянских народов и установления союза с Византией, оказало значительное влияние на сопредельные территории и поставило барьер распространению католицизма на восток. При этом, однако, принятие христианства по византийскому образцу произошло лишь де-юре, де-факто же поклонение отдельными политеистическим божествам и сохранение элементов политеистического религиозного сознания у восточных славян оставалось и остается по сей день.

После раскола церквей в 1054 г. западное христианство было принято во вновь созданных королевствах Центральной Европы: Польше, Венгрии и Богемии.

К концу XI в. христианство стало государственной религией практически на всех славянских территориях. Отдельные группы славян, не принявшие христианство, подвергались систематической агрессии со стороны соседних государств; так, в 1147 г. немецкие феодалы организовали большой крестовый поход против славян.

В начале XII в. в западной Европе начались альбигойские войны, задевшие и западные славянские земли. Генетическая связь катаров и альбигойцев с богомильской ересью, существовавшей в форме секты до XVII в., некоторым образом способствовала распространению византийского христианства на запад, однако жесткие действия католической инквизиции оказали этому продвижению серьезное противодействие.

Начало XIII в. связано с захватом части славянских земель крестоносцами. В 1224 г. орден меченосцев захватил г. Тарту (территория современной Эстонии), создав мощный центр католического влияния в Прибалтике. В 1226 г. мазовецкий князь Конрад в целях борьбы с пруссами призвал в Польшу Тевтонский орден.

В 1234 г. на р.Эмайыге под г.Тарту новгородский князь Ярослав Всеволодович одержал победу над войсками ордена меченосцев, остановив продвижение рыцарей на восток. В 1237 г. остатки ордена меченосцев объединились с Тевтонским орденом, образовав обширное католическое государство, включившее в себя большую часть Прибалтики.

В 1241 г. монголо-татарские кочевники достигли границ Польши, Чехии и Болгарии, а затем Венгрии, разгромив практически все армии этих государств.

Вторжение османских войск в конце XIV в. в Сербию, Албанию и Болгарию нанесло серьезный удар по славянскому православию. Как естественная (через ассимиляцию населения), так и насильственная (через образование и введение цензов) исламизация населения этих стран привела в конечном итоге к формированию среди южных и юго-восточных славян уникальной в религиозном отношении общности, в которой смешаны православные, католики, протестанты и мусульмане-сунниты. Исключением в данном процессе является Албания, где, вследствие жестокой дискриминации христианского населения, большая часть населения приняла ислам. Лишь в малодоступных горных районах население сохранило христианские верования – православие на юге и католицизм на севере.

В первой половине XV в. в Чехии и Словении возникло мощное движение гуситов. Их наиболее радикальное крыло, табориты, имело четко выраженные антифеодальные и демократические настроения. Табориты толковали «тысячелетнее царство божье на земле» хиалистически, как царство всеобщего равенства, отрицали церковные таинства, католический культ, а наиболее радикальная часть – все христианские святыни и обряды. Противоречия таборитов с чашниками привели к открытой войне между ними. Отдельные отряды таборитов продолжали борьбу до 1437 г., пока не пала их последняя крепость Сион.

Пикарды, представлявшие собой крайне левое радикальное крыло таборитов, стояли на позиции жесткой физической борьбы с церковью, полностью отрицали всю церковную обрядность, таинства и святыни. В 1421 г. умеренные табориты-чашники расправились с вождями пикартов. Сами чашники исходили из демократических принципов организации церкви и предполагали равноправие прихожан и клира в причащении под обоими видами, т.е. хлебом и вином. Гуситы предполагали сделать вероучение чашников чешской государственной религией. В 1433 г. чашники заключили соглашение с католиками («Пражские компактаты») и объединенными силами нанесли решающее поражение таборитам у Липаи.

В XVI в. часть чашников сблизилась с католиками, другая объединилась с чешскими братьями и лютеранами. Тем не менее, контрреформация и последующая миссионерская деятельность католической церкви привела к значительному превосходству католиков среди современных чехов.