Местные власти, военные начальники ошибались, полагая, что восстание вот-вот совсем затухнет. Щербатов в письме от 20 апреля Кречетникову, астраханскому губернатору, утверждал, что Пугачев, находясь в Башкирии, «перебегает из одного места в другое», «стережется он от всех сторон воинскими командами, дабы ни к стороне Яика пробраться не мог, ниже вскочить внутрь Башкирии». Уфимская провинция, по его словам, почти полностью приведена в повиновение; башкиры идут к Михельсону с повинной, а их старшины обещают содействие в борьбе со «злодейскими зборищами» и поимке «самого злодея». Действительное положение вещей было далеко от картины, нарисованной главнокомандующим. Правда, многие изъявляли покорность, в первую очередь — старшины. Но не все так поступали, особенно из простого народа. Новые и новые башкирские отряды из нескольких сот, а то и тысяч человек становились под знамя Пугачева; да и немало старшин делали то же самое. Пример Салавата Юлаева и его отца Юлая Азналина особенно красноречив. Так же поступали и другие. Даже те, кто заявлял о покорности, не всегда делали это добровольно. Качкин Самаров после поражения под Уфой пришел к Фрейману и просил «разрешить ему усилить свою команду, обещав Фрейману, что он с этой командой будет преследовать врага отечества Пугачева, куда бы он ни бежал». Но, вернувшись «в свою волость», начал собирать людей для борьбы не с Пугачевым, а с карателями. В воззвании к башкирам, татарам, мишарям он сообщал, что «от нашего… государя императора Петра Федоровича» получил «высочайшие указы… о безжалостном уничтожении врагов его величества».
Со всех «дорог» Башкирии власти получали известия о новых волнениях местного населения, их выступлениях против карателей, желании «присовокупиться… к Пугачеву». Какие-то неопознанные отряды появились под Уфой; от Осы до Красноуфимска стал невозможен «свободный проезд». В карательные отряды жители не идут — «обыватели делаются ослушными и в поход не выступают». Если же Пугачев «требовал людей и лошадей, все оное было ему давано вскорости». Щербатов в эти майские дни дает уже иную оценку положению в Башкирии — «везде жители единодушно и с усердием» готовы Пугачеву «воспомоществовать». Сенат на основании рапорта Рейнсдорпа заключил, что «тот злодей нашел способ башкирский народ вяще поколебать», и он «тотчас попустился в генеральный бунт, от коего такой распространился огонь, что как по линии, так и внутри губернии неописуемые злодейства причинены».
Особенно решительно воевал отряд Салавата Юлаева. В нем весной было до одной тысячи человек. Захватив Симский зазод, он запретил разорять заводские строения, но сжег контору, лавки, кабаки, документы. Местных крестьян от имени «императора Петра III» освободил от крепостной зависимости, объявив об их зачислении в казаки. Они в немалом числе вступили в его отряд. После двухдневного штурма, преодолев сопротивление двухтысячного отряда, Салават захватил Катав-Ивановский завод. Затем вернулся на Симский (2 мая). Его силы насчитывали уже до 3 тысяч человек — башкир и заводских работников, хотя карателям, которых испугали действия юлаевского отряда, мерещилось, что в нем не менее 10 тысяч человек! Важно отметить, что Салават и его отец старались наладить сотрудничество между башкирами и русскими, не допускали антирусских действий. Обращаясь к местным жителям, убеждали их, что башкирам и русским не нужно спорить и враждовать; они должны бороться с общим врагом — заводчиками, помещиками, чиновниками.
В районе Ногайской дороги активные действия вел отряд Караиая Муратова, сотника Бурзянской волости и пугачевского полковника. С ним вместе были Канзафар Усаев, Кусяпкул Азятев. Муратов воевал в районе Ново-Московской дороги, вместе со ставропольскими калмыками — у Стерлитамакской пристани.
В том же мае месяце повстанческие предводители решительно громят заводы Южного Урала. По словам Салавата, «…в мае месяце… Пугачев прислал на имя отца моего и мое да и протчих письменное повеление с тем, чтоб нам все заводы выжечь; а естли того не учиним, то стращал нас искоренением». То же позднее, на допросе, сказал и его отец Юлай. Подобное распоряжение Пугачев разослал, покидая Белорецкий завод, то есть в начале мая. Заводы к тому времени истощили свои запасы. Повстанцы в них не могли теперь задерживаться на более или менее долгое время; со всех сторон двигались отряды карателей: с запада, со стороны Уфы, к Симскому и Саткипскому заводам — Михельсон; с юго-запада — Фрейман; с северо-востока, от Шадринска — Деколонг; к востоку, в крепостях по верхним Яику и Ую, располагались правительственные гарнизоны.
Отряды восставших, чтобы затруднить положение карателей, разрушают мосты, заводы. На первых порах заводские жители им помогали. Но вскоре, по мере того, как повстанцы, особенно башкиры, стали подчистую сжигать и разорять заводы, они меняют к ним свое отношение. Конечно, башкиры, и это понятно, издавна испытывали вполне определенные чувства ненависти к заводам и заводчикам, помещикам, которые захватывали их земли, переселяли сюда своих крестьян, строили заводы. Но стихия разрушений, начавшая бушевать после пугачевских распоряжений, с неизбежностью приводила к нарушению жизненных интересов многих заводских работников — для них работа на заводе давно стала единственным источником существования. Все это приводило к трениям, росту противоречий, насилий, недовольства, осложняло дело восстания, позиции его предводителей, самого Пугачева.
Обстановка, в которой приходилось Пугачеву и повстанцам бороться на втором этапе движения, изменилась весьма заметно. Раньше, находясь под Оренбургом и Яицким городком, Уфой и Челябинском, они действовали в условиях отсутствия значительных карательных сил, могли проявлять собственную инициативу. Теперь же, когда каратели теснили со всех сторон, Пугачев и его атаманы не могли надолго задерживаться где-либо, переходили с места на место, появлялись то тут, то там, стараясь избежать ловушки, поджидавшие на каждом шагу.
5 мая Пугачев с пятитысячным отрядом, без артиллерии, подошел к Магнитной. Ее гарнизон имел всего 100 человек, но при этом 10 орудий. Он отбивал все атаки восставших. В ночь на 6 мая в крепости взорвались пороховые ящики — вероятно, постарался кто-то из осажденных, чтобы помочь пугачевцам, и они в три часа ночи ворвались в крепость. Пугачева легко ранили в руку во время дневного штурма. Хотя победа была одержана над немногочисленным противником, повстанцы были ей очень рады — все-таки после тяжких поражений конца марта — начала апреля удалось штурмом взять крепость. К тому же на следующий день к ней подошел отряд Овчинникова и Перфильева, целый почти месяц догонявший Пугачева. В повстанческое войско влились 300 казаков и 200 заводских крестьян. Прошел еще день, и вблизи крепости показался отряд Белобородова в 700 человек. Шел он стройно, в строгом порядке. Подойдя к Пугачеву, белобородовцы преклонили перед ним знамена. Момент получился торжественный и воодушевляющий.
В Магнитную пришел и есаул Иван Шибаев. В его отряд (300 человек) входили в основном крестьяне и работные люди Златоустовского и других заводов.
В те же дни Емельян Иванович принимал башкирских старшин. Верхоланцев, свидетель приема, сообщает: «На нем была парчевая бекеш, род казацкого троеклина, сапоги красные…»
Маневр Пугачева, повернувшего с Белорецкого завода на юг — юго-восток к Магнитной, ввел в заблуждение местное начальство. Командиры крепостей, лежавших вниз по Яику, вплоть до Орской и Озерной, посчитали, что он собирается вернуться к Оренбургу, просили помощи у Голицына. Пугачев же вышел из Магнитной 8 мая и, обойдя Верхне-Яицкую крепость (атаковать ее не решился), прошел Уральскими горами, уничтожая за собой мосты, переправы, к Карагайской, Петропавловской и Степной крепостям, Подгорному и Санарскому редутам. Гарнизоны Ступишин собрал в Верхне-Яицке. Там же находился Деколонг, пришедший с отрядом из Челябинска через Троицкую и Уйскую крепости.
В крепостях Пугачев не задерживался — расправившись с местными офицерами, отправлялся дальше. 19 мая он захватил Троицкую крепость, потеряв при этом 30 человек. Здесь казнили ее коменданта бригадира де Фейервара, других офицеров, всех, кто оказывал сопротивление. Узнав, что следом за ним идет Деколонг, Пугачев вывел свое войско из крепости, расположив его в полутора верстах от нее. Оно насчитывало до 10 тысяч человек.
