4 января в Самару прибыл Гринев с командой. Он, Муфель и Державин два дня наводили в городе порядок. Всех виновных во встрече повстанцев (в соответствии с предписанием Бибикова Державину от 29 декабря) велено было направлять в Казань, «а некоторых для страху жестоко на площади наказать плетьми при собрании народа, приговаривая, что они против злодеев должны пребыть в твердости и живота своего, как верные подданные, щадить не долженствуют». Жителей приводили к присяге, брали у них подписки о верности императрице, о том, что Пугачева и восставших будут почитать за злодеев, изменников и разбойников. Местных священников (девять человек), виновных в склонности к мятежникам, Державин арестовывать не стал, поскольку это остановило бы церковную службу. Он опасался, что арестом «не подложить бы в волнующийся народ, обольщенный разными коварствами, сильнейшего огня к зловредному разглашению, что мы, наказуя попов, стесняем веру». Главнокомандующий одобрил подобный шаг, и по его требованию Вениамин, архиепископ Казанский, послал в Самару новых священнослужителей. И только тогда самарских попов отослали в Казань.
В ночь на 7 января Гринев с отрядом двинулся к Алексеевску. Утром его встретили восставшие (2 тысячи человек) во главе с Араповым и Чулошниковым. Бой шел весь день 8 января. Повстанцы атаковали врага со всех сторон. И те и другие стреляли из пушек. Каратели, отбивая атаки, продвигались вперед. Нанеся немалые потери защитникам «пригорода», они в конце концов взяли Алексеевск, захватив три орудия. Последовали наказания плетьми, приведение к присяге.
9 января в три часа утра Гринев двинул свои части еще дальше к северу — на Черный Яр, где как будто собрались ставропольские калмыки. Но оказалось, что они вместе с ханшей Дербетевой, атаманами Араповым и Чулошниковым ушли вверх по реке Кинель.
Вскоре в Самару прибыл генерал-майор Мансуров, принявший общее командование над четырьмя полевыми командами (22, 23, 24, 25-й). По указанию главнокомандующего он направил увещание к калмыкам, написанное все тем же Державиным, способности и талант которого власти не раз использовали в борьбе с повстанцами. В подробном обращении, призывавшем калмыков прийти в раскаяние, их упрекали: «Стыдно вам… слушаться мужика, беглого с Дона казака, Емельяна Пугачева и почитать его за царя, который сам хуже вас всех, для того, что он разбойник, а вы люди честные. Стыдно вам повиноваться тому, который, может быть, от неприятелей наших турок подкуплен лить кровь нашу, стараться помрачить славу российскую, и после сам вас погубит своим злодейством». Точно так же старался Державин опорочить и Арапова: «Не хотите вы терпеть господ, то не стыдно ли вам в то же самое время почитать крестьянина Арапова за своего господина, атамана и во всем его слушаться? А особенно княгине вашей (ханше Дербетевой. — В. Б.) не стыдно ли иметь с ним дружбу?» Далее следуют угрозы наказания — «строгой казни», гибели жен, детей, имущества; «многочисленные полки ея (императрицы. — В. Б.), приблизясь, всех вас перебьют».
Но воззвание, несмотря на литературный талант составителя, не возымело действия. Калмыки продолжали поддерживать Пугачева. Более того, 20 января отряд Ф.И. Дербетева захватил Ставрополь. Коменданта бригадира фон Фегезака, местных чиновников повстанцы-калмыки взяли, уходя из города, с собой и вскоре расправились с ними. Около Красного Яра Дербетев встретил отряд Гринева, напал на него, но был разбит и отступил, потеряв 120 человек убитыми, 40 пленными.
Следующая встреча состоялась под Сергиевском у деревни Захаркиной. Здесь Дербетев с двумя тысячами калмыков сражался с частями майора Елагина, полковника Хорвата. Он снова потерпел поражение. Калмыки, оставшиеся в живых, рассеялись в разные стороны. В начале февраля Хорват занял Бугуруслан. К концу месяца сюда же прибыл корпус генерала князя Голицына, который, будучи занят сбором продовольствия, а также из-за бездорожья, глубоких снегов, продвигался очень медленно. Он шел по Ново-Московской дороге на юг, к Самарской линии крепостей. А по самой линии, от Самары на юго-восток, двигался генерал Мансуров с четырьмя полевыми командами и бахмутскими гусарами, слева от него шел отряд Гринева. 10 февраля Мансуров вошел в Борскую крепость. Потом направился к Бузулукской крепости — пункту предполагаемого соединения сил обоих генералов. Здесь находились продовольственные склады. Защищал крепость тот же Арапов с двумя тысячами повстанцев. Отряды Мансурова и Гринева с двух сторон подошли к ней. Восставшие встретили карателей около крепости сильным орудийным огнем, по потерпели поражение и отступили к Тоцкой крепости. Потеряли при этом более 500 человек убитыми и пленными, 15 орудий, 165 человек сдались. Мансуров потерял до полутора десятков человек.
Голицын 28 февраля вышел из Бугуруслана по направлению к Сорочинской крепости на Самарской линии, где, по его сведениям, находились главные силы восставших. Авангарды пугачевцев стояли в Тоцкой крепости и деревне Пронкиной. На помощь им шли Овчинников и Пугачев с 1,5 тысячи человек и 10 орудиями. Мансурову Голицын приказал занять Тоцкую.
В деревню Пронкину вошел высланный Голицыным отряд майора Елагина из Владимирского полка. 6 марта он расположился на ночлег. Пугачев, находившийся в 37 верстах, в Сорочинской крепости, сделал быстрый бросок и с трехтысячным отрядом неожиданно ворвался в деревню ночью, под покровом снежной бури. Произошло, но рапорту Голицына, «некоторое неустройство» — от рук повстанцев во время ночного боя погибли Елагин, многие солдаты. Но все-таки офицеры, оставшиеся в живых (секунд-майор Пушкин, капитаны Квашнин-Самарин, Олсуфьев) сумели привести свои силы в порядок, организовать удар с тыла по повстанцам, и они отступили, потеряв более ста человек. Пугачев уехал в Берду. Остался за главного Овчинников.
Восставшие оставили Тоцкую и Сорочинскую крепости. Во второй из них 11 марта объединились части Голицына, принявшего главное командование в этом районе, и Мансурова. Менее чем через неделю, 17 марта, они были уже в Новосергиевской крепости, недалеко от Яика и Оренбурга.
К северу от этого района аналогичные события разворачивались в Пермском крае. Главными центрами движения здесь были Кунгур и Красноуфимск. Повстанческие отряды и их предводители не сумели преодолеть возникшие у них трудности. Салават Юлаев из-за ранения отсутствовал. Канзафара Усаева и Кузнецова занимали взаимные разногласия, причина которых — недисциплинированность первого из них. Новый предводитель, красноуфимский писарь Михаил Мальцев, оказался заурядным пьяницей.
Бибиков выслал к Кунгуру отряд в 200 человек во главе с секунд-майором Нарвского пехотного полка Гагриным, и тот 25 января вступил в город. Повстанцы при его приближении отступили. Гагрин, присоединив отряд премьер-майора Попова, находившийся в Кунгуре, и местное ополчение (его силы увеличились до более чем одной тысячи человек), направился против восставших, которые собрались (до двух тысяч человек) в селе Ординском (Ильинский острожек), верстах около 30 от города. Сражение продолжалось здесь семь часов и окончилось победой карателей — они убили до 100 повстанцев, более 60 взяли в плен. Гагрин потерял 4 человека убитыми, 12 ранеными.
Он вернулся в Кунгур. Затем пошел к Красноуфимску, где собралось до 4 тысяч восставших, в том числе и остатки разбитых под Кунгуром. Узнав о таких силах, Гагрин повернул в Кунгур, но, получив подкрепление (до 600 человек), снова направился к Красноуфимску. Восставших возглавлял новый предводитель — есаул Красноуфимской станичной избы Матвей Дмитриевич Чигвинцов. Он выставил посты, организовал разведку. Запросил помощь у Белобородова. Тот, занятый под Екатеринбургом, не мог этого сделать.
19 февраля Гагрин взял штурмом Красноуфимск. После трехчасового боя восставшие отступили, потеряв 40 человек убитыми и 55 пленными (в том числе в плен попали Мальцев, Чигвинцов и др.). Затем каратели взяли Ачитскую крепость, «замиряли» и другие места по Каме — селения и заводы, приводили к присяге жителей. Многие из восставших, понимая, что бороться с регулярными командами невозможно, расходились по домам или окрестным лесам, спасаясь от возмездия.
