Полки делились на роты по 100 человек в каждой во главе с сотниками, при них — есаулы, хорунжие. Всех командиров избирали на войсковом круге. Кандидатуры предлагал Пугачев или кто-либо из предводителей. Их обсуждали и утверждали «с общего согласия». Некоторые полковники по разрешению Пугачева сами «жаловали» в сотники, есаулы.

В войске, отрядах заводились казацкие порядки. Все объявлялись «государственными казаками». В них записывались крестьяне, работные люди и другие, которых остригали по-казацки. В полках и отрядах пытались заводить списки-реестры, но не всегда это удавалось из-за большой текучести их состава.

В главном войске под Оренбургом Пугачев проводил «учения», соревнования в воинском искусстве — устраивал скачки, стрельбы из ружей, пистолетов, орудий.

Из пушек хорошо стреляли некоторые канониры, имевшиеся в войске, особенно же Волков, которому Пугачев за хорошую службу дал звание сотника и большое вознаграждение. Сам «император» метко палил из орудий, стрелял из ружья; по отзывам, «он на всем скаку пробивал из ружья на предельном расстоянии кольчугу, набитую сеном, или попадал в шапку, поднятую на пиках».

Бердский лагерь Пугачева окружили караулы, дозоры, пикеты. Но паролей не употребляли. Когда дозор окликал кого-либо, кто приближался к лагерю, то достаточно было услышать в ответ: «Казаки». Конечно, пришедших или приехавших допрашивали, выясняли: кто они, откуда, зачем явились? В лагере «вестовая» пушка подавала сигналы подъема и отбоя. По тревоге же поднимали звоном колокола «наподобие набата».

Пугачев, коллегия, командиры требовали соблюдения дисциплины, стремились держать повстанцев в «послушании», «великой строгости», служебном «усердии». Недисциплинированность, особенно дезертирство, измена строго карались. Отпускные «билеты» (или «жестяные билеты») выдавались тем, кто освобождался от службы. В пугачевском лагере «которые хотя в малейшем подозрении к уходу окажутся, тот же час казнены бывают смертию».

Жалованье (то по 1 рублю, то по 5—6 рублей на человека в разное время, в зависимости от наличия денег в казне у Шигаева) раздавали пугачевцам сотники, есаулы.

Такие же порядки существовали в местных отрядах, подчас довольно многочисленных, называемых иногда повстанцами «армиями». Особо следует выделить среди них отряды, которые возглавляли Иван Наумович Бело-бородов, бывший артиллерист, канонир, «главный атаман и походный полковник»; Иван Никифорович Чика-Зарубин («граф Чернышев»), предводитель повстанческой армии под Уфой; Иван Степанович Кузнецов, бригадир, «главный российского и азиатского войска предводитель»; Салават Юлаев, «походный полковник» и бригадир; Иван Никифорович Грязнов, «главной армии» полковник. Свой отряд («корпус») Белобородое разделил на сотни — русскую (командир С. Варенцов), башкирскую (Е. Азбаев), марийскую (О. Оскин). Его «сибирский корпус», в котором командир поддерживал строгую дисциплину, пять месяцев воевал с врагами самостоятельно. Белобородов знал Пугачева только по манифестам, которые подняли на борьбу заводских крестьян Урала; ее и возглавил этот отважный и умелый предводитель, командир. В конце февраля 1774 года он послал делегацию к Пугачеву, а 6 мая соединился с ним у крепости Магнитной. Пугачев и его люди приняли «сибирский корпус» за регулярное правительственное войско — до того стройно он выглядел во время марша.

Командный состав главной армии Пугачева, Военной коллегии, отрядов насчитывал до двух сотен человек; среди них более четверти (52 человека) — казаки, затем идут крепостные крестьяне (38 человек), заводские работники (35 человек), башкиры (30 человек), татары (20 человек), калмыки (12 человек). Среди командиров ведущее место занимали казаки, так как они выступали инициаторами, организаторами движения. Казаки имели навыки в военном деле, что отсутствовало у крестьян, работных людей, у большинства участников Крестьянской войны. Но по общей численности казаки и в главной армии, и в отрядах составляли, конечно, незначительную часть. В борьбу с карателями были втянуты в той или иной мере десятки, даже сотни тысяч людей; прежде всего это, конечно, крестьяне крепостные, государственные (в том числе ясачные — из башкир, татар и других нерусских народов), работные люди и прочий люд. Казаков же (в собственном смысле слова, не по названию) насчитывалось, несомненно, не более нескольких тысяч.

Войско и отряды собирались из «охотников». Рекрутские наборы Пугачев, зная о ненависти к ним населения, отменил. «Охотники» шли к повстанцам целыми «командами», то есть группами, отрядами, или поодиночке. Нередко жители сами просились к Пугачеву, в его войско, «давали… вооруженных людей», «самопроизвольно», «охотою». Канзафару Усаеву, одному из активных борцов, полковнику, Пугачев указывал «из приклонившегося ж народу набирать, всячески, стараясь достаточное число войска». И он и другие так и поступали. На следствии Емельян Иванович показал: «Я и так столько людей имел, сколько для меня потребно, только люд нерегулярный».

Его помощники, полковники тоже проводили такую политику в сборе людей. И.С. Кузнецов брал к себе только «верно приклонившихся». К Бахтиару Канкаеву в Казанском уезде «люди вседушне весьма охотно… желают в службу стари и маловозрастани».

Такой подход, сопровождавшийся обещаниями «всех крестьянских выгод», приводил к тому, что в Берду со всех сторон люди шли «всякий день толпами». В ноябре 1773 года «скопились для принятия службы всякого сорту людей около пяти тысяч».

Постепенно, с ростом потребностей в людях, наступлением карателей, расширением района восстания, повстанческие власти, сам Пугачев прибегают к принудительным мобилизациям («набирал людей силою»). Но одновременно имел место и добровольный приток «охотников», продолжавшийся до конца существования главного войска и отрядов.

Восставшие считали, что борются за общее народное дело, и потому все способные сражаться должны вступать в их ряды. Таково было настроение большинства жителей в тех местах, где происходила Крестьянская война, хотя имелись, конечно, и несогласные, и равнодушные к их делу люди.

Пугачевцы воевали под знаменами, на которых имелись изображения раскольничьего креста, Николая-чудотворца, Иисуса Христа, надписи (например, с текстом призывов пугачевских манифестов). Медали, которыми награждали отличившихся, делали из рублевых серебряных монет с портретом Петра I (медаль на погребение Петра I), их прикрепляли к лентам и носили на левой стороне груди. Они имели разные размеры — «побольше» и «поменьше», всего их Пугачев вручил «с двадцать» экземпляров. На монетах одни изображения и надписи оставляли, другие удаляли, делали новые, припаивали к ним серебряное ушко, чтобы продеть ленту.

Войско Пугачева, отряды включали пехоту, конницу, артиллерию. Помимо захваченных в разных местах пушек, восставшие употребляли орудия собственного литья («злодейского литья», как квалифицируют его правительственные документы). Делали их уральские горнорабочие разных заводов — Авзяно-Петровского, Воскресенского, Саткинского и других. Предназначались они для разных целей (осада, полевые действия), имели разный калибр, вес (гаубицы, мортиры, единороги и др.). Лили пушки из меди, чугуна, бронзы. Работные люди с большой охотой выполняли поручения, наказы Пугачева. В песне оренбургских казаков «Уж ты, ворон сизокрылый», которая навеяна событиями Пугачевского восстания, девушка спрашивает о своем милом ворона, и тот отвечает ей:

Пушки устанавливали на санях, иногда на них приделывали круг, чтобы вести круговой обстрел.

На тех же заводах для Пугачева делали порох, ядра, бомбы, гранаты с картечью. В Бердской слободе создали специальную мастерскую, в которой «ядра и бомбы чинили (то есть начиняли порохом. — В. Б.) и заряды делали». После поражения Пугачева каратели взяли в слободе более 1,1 тысячи ядер, 390 гранат, 18 пудов «дроби» и др., все — «злодейского литья». Качество этих снарядов нередко было плохим — не хватало мастеров, все делалось спешно.