На допросе в Москве Пугачев сказал, что как только «в Берду пришел, то приказал он Овчинникову, чтоб завести для письменных дел Военную коллегию». Применительно к коллегии говорится здесь в общей форме, что она должна была заниматься «письменными делами», то есть как будто только делопроизводством. По существу же, круг вопросов, которые были в ее ведении, — очень широк. Помимо составления манифестов, указов, других документов, судьи держали связь с местными очагами движения, крепостями, заводами, городами, селениями, вводили там органы казацкого самоуправления (круги — общие сходки, атаманы, есаулы и др.), направляли подчас их деятельность. Они же осуществляли функции судебного органа, ведая судом и расправой. С заводов они требовали и получали вооружение и припасы, со всей повстанческой территории — казну, продовольствие, фураж. Вопросы комплектования главного войска, назначение командиров, присвоение воинских званий, которые учредил «государь», наград (медали, денежные и другие поощрения), наблюдение за дисциплиной, пресечение мародерства и прочее — все это также входило в компетенцию главного органа движения. Помещалась Военная коллегия в Бердской слободе. Интересно при этом, что Овчинников, «заводивший», то есть организовывавший по указанию Пугачева Военную коллегию, сам в нее не вошел. То же можно сказать и о других ближайших сподвижниках Пугачева — Зарубине, Белобородове, Подурове, Соколове-Хлопуше.
Вероятно, объясняется это тем, что они в отличие от судей Военной коллегии, являвшихся администраторами, «бюрократами» движения, выступали в роли главных военных предводителей восстания, своего рода военного штаба при Пугачеве. Овчинников, войсковой атаман главного войска, возглавил и так называемую Особую походную канцелярию, руководившую боевыми действиями повстанческой армии.
Впоследствии, после поражения Пугачева и его главных сил под Оренбургом, функции обоих руководящих органов восстания, во-первых, слились; во-вторых, сузились до решения задач, связанных с набором в главное войско, состав которого постоянно в обстановке отступления, боев и поражений менялся, пополнялся и т. д.
Дела в Военной коллегии решались в основном устно. Но командирам давались письменные распоряжения, приказы о привлечении народа в главное войско, в отряды, действовавшие на местах, о доставке провианта, фуража, конфискации вооружения, припасов к нему в крепостях и на заводах, разгроме помещичьих имений и др. В ответ им присылались из отрядов бумаги от атаманов, полковников с сообщениями об исполнении приказов Военной коллегии. Составляли их писари, имевшиеся в отрядах, городах, селах, деревнях, на заводах. Назначали их из числа грамотных людей — писарей, священников, мулл, старост, крестьян, в городах — из купцов, дворян, офицеров. В полках и отрядах вели нередко списки (реестры) «служивых казаков» (с указанием, откуда, из какой деревни, завода и т. д., эти «казаки»).
Делопроизводство Военной коллегии было довольно обширным. Не все, конечно, сохранилось. Но и то, что от него осталось, позволяет заключить об ее известной налаженности. Манифесты и указы писали И. Почиталин и М. Горшков, помогал им Иван Петров — грамотный работный человек с уральского завода, то ли с Воскресенского, то ли с Белорецкого. При их составлении пользовались в качестве образца «книгой», в которой «были переплетены» «лучшие речи из разных печатных и письменных публичных указов», ее «где-то» отыскали Почиталин и Шигаев. Составлявшиеся пугачевскими грамотеями манифесты, по форме очень простые, понятные и безыскусные, имели в народе популярность чрезвычайную. Их везде читали, передавая друг другу, делали с них копии, пересылали в другие места. Распространялись они таким образом очень широко, как того требовал «император Петр Федорович» — «публиковать всенародно», пересылать «из города в город», «из крепости в крепость».
Документы, выходившие из Военной коллегии, соответствующим образом оформляли — они имеют подписи, печати. Иногда в качестве последних использовали печати-гербы отдельных дворянских родов. В других случаях — специально изготовленные печати, имевшие соответствующие надписи, например: «БГППТ. Имп. самодерж. Всерос. 1774» (то есть: «Большая Государственная печать. Петр Третий. Император самодержец Всероссийский. 1774»). Пугачевские атаманы имели свои печати, тамги (последние — в башкирских, татарских и других отрядах).
Деятельность Военной коллегии свидетельствует о попытках предводителей Крестьянской войны придать ей элементы организованности, даже известной централизованности. Но, естественно, они, эти элементы, не были ярко выраженными. Крестьянская война в целом, главном оставалась движением стихийным, слабо организованным во всех отношениях. Даже первые успехи отряда, затем повстанческой армии Пугачева, которые выражались во взятии крепостей и форпостов, удачных стычках и сражениях с правительственными силами, были результатом скорее не отличной организованности восставших, их умелых военных действий, их стратегии и тактики, а следствием массового порыва, отражением недовольства широких народных масс существующим порядком вещей, которые приводили к переходу, полному или частичному, на сторону Пугачева гарнизонов крепостей или воинских частей на поле боя. Во время же серьезных военных действий, как это было в ходе сражений с Каром на подступах к Оренбургу или Валленштерном, Наумовым под его стенами, повстанцы хотя и одерживали верх, заставляли их отступать, однако потери наносили им не очень сильные, ощутимые. Так бывало не раз, и эти успехи пугачевцев, важные сами но себе, не идут все-таки в сравнение с последующими победами над ними карателей, гораздо лучше организованных, вооруженных в отличие от «толпы», каковой нередко и выступают действительно войска, отряды восставших.
Тем не менее та военно-организационная работа, которая проводилась Пугачевым и его сподвижниками, Военной коллегией, походной канцелярией, несмотря на ее естественные недостатки, на невозможность наладить организацию в тех условиях, в которых им всем приходилось действовать (обширная территория, разнородное население, противодействие властей, карателей, отсутствие у восставших опыта, необходимого числа элементарно грамотных людей и многое другое), несмотря на все это, она имела огромное историческое значение. Ее результатом было возникновение своей, пусть несовершенной, неустойчивой, кратковременной, организации, руководства движением, противостоявшего официальным властям. Несмотря на то что этот опыт в дальнейшем не вылился и не мог вылиться в создание власти, которая пришла бы на смену существующему государственному управлению, он вошел в историческую традицию классовой борьбы, которая в своей эволюции выработала в будущем более высокие, качественно новые формы организации, борьбы с феодальным, потом капиталистическим строем.
Собственно говоря, Пугачев и его соратники, пытаясь хоть как-то организовать силы повстанцев, придать им некоторую стройность, боеспособность, укрепить дисциплину, вооружить свою рать, снабдить ее провиантом, фуражом, делали то, что позднее на ином качественном уровне, в других исторических условиях гораздо более успешно делали русские революционеры. Но, не обладая соответствующими знаниями, образованием, опытом, со знанием, они не могли, и объективно и субъективно, организовать дело так, чтобы довести свою борьбу до победы. Отсутствовало главное — социально-экономические и политические условия. В то время, когда они поднимались на восстания, уровень развития экономики в сельском хозяйстве и промышленности, сословно-классовой структуры (отсутствие пролетариата, буржуазии, которые могли бы взять в свои руки руководство движением) был таковым, что крестьяне, работные люди, казаки не могли достичь того, к чему стремились. Ни общая историческая обстановка, ни состояние классов, сословий, уровень их организации, сознания не давали для этого возможности.
Но это отнюдь не говорит о бесперспективности их выступлений, даже их реакционности, как считали в XIX — начале XX века некоторые буржуазные и мелкобуржуазные историки и писатели. Наоборот, их борьба, попытки, пусть слабые, неотчетливые, придать некоторые черты организации своим действиям означали не что иное, как накопление революционных традиций, хотя они не были революционными в том смысле, какой придавали этому слову в эпоху освободительного движения в России — в эпоху декабристов, революционеров-демократов, пролетарских революционеров.
