В конце 1916 года Вернадский выступает в Совете КЕПС с программой создания сети государственных научно-исследовательских институтов, так были организованы институты - Платиновый, Керамический, Физико-химического анализа и ряд других.

Как это обычно бывает, в студенческие годы создаётся ряд кружков и объединений по интересам, так из студенческого кружка в феврале 1886 года организовалось «братство», из которого вышли выдающиеся общественные деятели, впоследствии ставшие членами «Союза Освобождения» и партии конституционных демократов (кадетов). В состав братства вошли Ольденбурги, Гревсы, Вернадский, Шаховской, Корнилов.

Член братства князь Шаховской так сформулировал задачи кружка: 1) работай как можно больше; 2) потребляй на себя как можно меньше; 3) на чужие беды смотри, как на свои.

Братство находилось в оппозиции к существующему строю, при этом оно стремилось «служить народу знаниями, способствовать просвещению его, а уж он сам найдёт способы улучшить своё экономическое     и     нравственное     состояние» (Г.Аксёнов).

Вскоре к этому кружку присоединились и девушки, среди которых была и Наталья Старицкая - дочь сенатора и члена Государственного Совета, одного из участников реформ 60-х годов. В сентябре 1886 года Вернадский женился на Старицкой.

Члены братства принимали активное участие в ликвидации неграмотности населения России. Фёдор Ольденбург и Дмитрий Шаховской выпустили книгу о всеобщем начальном образовании под земским управлением. Сергей Ольденбург и Иван Гревс вошли в состав Петербургского комитета грамотности и открыли две бесплатные народные читальни в Петербурге. Вернадский принимал участие в создании частного университета Шанявского, Краснов в Харькове открыл университет для рабочих.

Вернадский избирается председателем Совета общественных землячеств, продолжает ходить на заседания Научно-литературного общества, секретарём которого стал Александр Ульянов и которое было закрыто после ареста Ульянова с товарищами.

После этого к Вернадскому «прибежал Сергей (Ольденбург — из братства — В.Б.) и сказал, что у него лежит оставленный Ульяновым ящик с каким-то порошком... Друзья взяли лодку, вывезли ящик на середину Невы и утопили, и как оказалось, вовремя. К Олъденбургу нагрянули с обыском...». Вскоре после этого произошла встреча Сергея Ольденбурга с Владимиром Ульяновым, что позволило впоследствии Ольденбургу обратиться к Ульянову с просьбой об оказании помощи Академии Наук.

После ареста Александра Ульянова Вернадскому грозили большие неприятности, но его тесть пришёл на помощь, а Докучаев предложил отправить Вернадского за границу для подготовки к профессорскому званию, но перед этим Вернадский выехал исследовать фосфориты в Смоленскую губернию.

Вернадский не ограничивался преподавательской и научной деятельностью, им было начато совершенно новое дело: организован комитет помощи голодающим весной 1892 года. В Вернадовке были созданы общественные столовые, на которые также пожертвовал 30000 рублей Великий князь Николай Михайлович, просивший своё имя при этом не называть.

Это обстоятельство кажется весьма странным на фоне современной действительности, когда крупные чиновники, главы разного рода администраций стараются не только не помогать бедствующему населению, а, наоборот, украсть у него как можно больше!

В ноябре дело помощи голодающим в Вернадовке возглавил Корнилов, с приездом новых добровольцев открылись дополнительные столовые, и в начале лета следующего года в них уже питалось двадцать пять тысяч человек.

В московской оппозиции того времени наблюдалось два направления: земская деятельность, то есть местное самоуправление и пропаганда конституционных идей в печати. Члены братства активно работали и в том, и в другом направлении.

Земства того времени принесли с собой выборы, выбираемые комиссии для решения спорных вопросов давали возможность проявить благотворительность. В Тамбовском земстве выдвинулся Вернадский, получивший известность во время борьбы с голодом, и 25 октября он был избран гласным Моршанского уездного собрания и почётным мировым судьёй. Вскоре он был избран гласным теперь уже губернского Тамбовского земского собрания.

Но уже в конце 1900 года Вернадский записывает: «Политическая роль земства постепенно сглаживается, и сама идея самоуправления оказывается несовместимой с государственной бюрократической машиной».

Вернадский тем не менее не остаётся в стороне от политической жизни России, с организацией «Союза Освобождения» он входит в состав редакции, планируемой к изданию газеты «Московская неделя».

На третьем съезде «Союза» (март 1905 года) была принята программа, позднее ставшая основой программы конституционно-демократической партии (кадетов). Основные положения программы: провозглашение прав человека, необходимость создания государства с ограниченной монархией, необходимость культурной автономии для наций и отмена смертной казни. Кроме того, предлагалось запретить агрессию, уничтожить косвенные налоги, установить восьмичасовой рабочий день.

Вернадский также входит в состав Бюро земских съездов, где выступает за западный, правовой путь развития России. В Бюро было принято решение созвать общерусский съезд в ноябре 1904 года, который и состоялся в Петербурге. Общее мнение делегатов съезда выразил Н.Н.Львов: «Учредительное собрание должно быть созвано не вследствие полного падения авторитета власти, а для предотвращения разрушительного натиска революции...» (цитируется по книге Г.Аксёнова; курсив мой - В.Б.). Это была попытка предотвратить революцию созданием народного представительства для того, чтобы «вывести наше отечество на новый путь государственного развития в духе установления начал права и взаимодействия государственной власти и народа».

«Кроме земской деятельности, переросшей неожиданно в политическую борьбу, Вернадский вёл ещё одну упорную кампанию - за автономию университета» (Г.Аксёнов).

Ещё в 1884 году правительство ввело в действие университетский устав, урезавший права университетов, отменялась всякая выборность, запрещалась студенческая самодеятельная жизнь, усиливалась власть попечителя учебного округа, где находился университет, вводилась инспекция, обязанная «оказывать нравственное и умственное влияние на студентов».

Особый протест в университетских кругах вызывал полицейский характер инспекции, что привело к студенческим волнениям в ряде университетов России. В результате, в Петербурге студент П.Карпович смертельно ранил министра просвещения Н.П.Боголепова.

В этот Период Вернадский предлагает: а) ввести полную автономию университетской профессорской корпорации; б) строго определить границы власти попечителя учебного округа; в) разрешить студенческие организации; г) ликвидировать инспекцию.

Он публикует статью «О профессорском съезде», где предлагает провести этот съезд без всякого на то разрешения и создать свой профессиональный союз. В марте 1905 года собрался съезд, заложивший основы Академического союза, на котором от Московского университета выступил Вернадский.

По результатам съезда, после доклада царю, в сентябре месяце состоялись первые выборы ректора Московского университета. Им был избран князь С.Н.Трубецкой, вскоре скончавшийся.

Но революция шла своим чередом — студенты разгромили химическую лабораторию Вернадского, который возмущённый этим хотел написать статью в газету, но его отговорили от жалобы на славную молодёжь.

Лето 1905 года «проходит в водовороте событий. Одна за другой выходят публицистические статьи Вернадского на злобу дня» (Г.Аксёнов).